120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0963 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0963  hypothetical protein  100 
 
 
239 aa  479  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.151638  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1041  hypothetical protein  84.1 
 
 
239 aa  413  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0114575  normal  0.584816 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0933  hypothetical protein  73.36 
 
 
244 aa  360  1e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.281157  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1111  hypothetical protein  61.32 
 
 
240 aa  290  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0309164  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2930  hypothetical protein  56.38 
 
 
240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000617689  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3109  hypothetical protein  56.38 
 
 
240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052504  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3012  hypothetical protein  55.97 
 
 
240 aa  252  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0896353  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1149  hypothetical protein  54.73 
 
 
240 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0395177  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3206  hypothetical protein  53.91 
 
 
240 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1089  hypothetical protein  53.5 
 
 
240 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0210765  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3025  hypothetical protein  53.09 
 
 
240 aa  242  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00392442  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1183  hypothetical protein  53.5 
 
 
240 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3502  hypothetical protein  54.32 
 
 
280 aa  242  5e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2652  hypothetical protein  53.28 
 
 
242 aa  240  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000484219  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1081  hypothetical protein  53.09 
 
 
240 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000020952  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2028  hypothetical protein  42.08 
 
 
234 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2041  hypothetical protein  41.95 
 
 
231 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0564933  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4680  hypothetical protein  39.81 
 
 
221 aa  116  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467996  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3533  hypothetical protein  37.22 
 
 
228 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0429  hypothetical protein  35.22 
 
 
230 aa  106  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0599  hypothetical protein  34.62 
 
 
230 aa  105  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02514  hypothetical protein  34.06 
 
 
227 aa  104  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0052  hypothetical protein  31.47 
 
 
257 aa  99.4  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0060351  normal  0.567667 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0547  hypothetical protein  34.82 
 
 
230 aa  96.7  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3732  hypothetical protein  33.03 
 
 
230 aa  96.7  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.817538  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0506  hypothetical protein  35.43 
 
 
230 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255853  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4354  hypothetical protein  37.02 
 
 
229 aa  95.1  8e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0546  hypothetical protein  35.71 
 
 
230 aa  95.1  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3159  hypothetical protein  35.93 
 
 
229 aa  93.6  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3818  hypothetical protein  35.43 
 
 
230 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3762  hypothetical protein  35.43 
 
 
230 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.852713 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3944  hypothetical protein  35.43 
 
 
230 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.291724  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3483  hypothetical protein  34.63 
 
 
230 aa  91.7  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0547  hypothetical protein  34.2 
 
 
230 aa  91.3  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0239  hypothetical protein  31.98 
 
 
266 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220267  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3326  hypothetical protein  35.21 
 
 
230 aa  89.4  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0595  putative transmembrane protein  32.6 
 
 
234 aa  89  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812754  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0290  hypothetical protein  30.61 
 
 
265 aa  85.1  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1084  hypothetical protein  33 
 
 
272 aa  84.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0585166  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2231  hypothetical protein  29.41 
 
 
280 aa  84.3  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0239  hypothetical protein  32.91 
 
 
256 aa  84.3  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3039  hypothetical protein  35.35 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46580  hypothetical protein  33.01 
 
 
252 aa  83.6  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4008  hypothetical protein  33.04 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.161963  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2962  hypothetical protein  30.69 
 
 
265 aa  82  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00504  hypothetical protein  31.86 
 
 
273 aa  82  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2615  hypothetical protein  28.52 
 
 
281 aa  81.6  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.360147  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3575  hypothetical protein  35.9 
 
 
219 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.580348  hitchhiker  0.00969465 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1944  hypothetical protein  40 
 
 
235 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0137324  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1194  hypothetical protein  32.43 
 
 
234 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0143956  hitchhiker  0.0000261256 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2358  hypothetical protein  30.38 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1336  hypothetical protein  32.26 
 
 
234 aa  78.2  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1847  hypothetical protein  34.36 
 
 
251 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.562939  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0294  hypothetical protein  31.39 
 
 
223 aa  77.4  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.385476  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0717  hypothetical protein  41.27 
 
 
267 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000102421  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3587  hypothetical protein  28.5 
 
 
268 aa  75.9  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00011907  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3711  hypothetical protein  33.56 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.167645  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0194  hypothetical protein  36.36 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.743567 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1664  hypothetical protein  30.66 
 
 
281 aa  75.5  0.0000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.886499  normal  0.578123 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3265  putative transmembrane protein  28.5 
 
 
268 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0162  hypothetical protein  33.03 
 
 
243 aa  74.3  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.844011 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0478  hypothetical protein  32.54 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1117  hypothetical protein  31.44 
 
 
234 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0274  hypothetical protein  42 
 
 
232 aa  72.4  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0180  hypothetical protein  32.67 
 
 
243 aa  71.2  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223462  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1005  hypothetical protein  44.07 
 
 
234 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.433057  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3379  putative transmembrane protein  26.51 
 
 
269 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3155  hypothetical protein  28.18 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.751817  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2602  hypothetical protein  28.51 
 
 
255 aa  70.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.245239  normal  0.167948 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1890  hypothetical protein  30.65 
 
 
225 aa  70.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3778  hypothetical protein  28.63 
 
 
249 aa  70.1  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.919699 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0660  hypothetical protein  32.31 
 
 
241 aa  69.7  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0216  signal peptide protein  28.29 
 
 
271 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000480093 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0341  signal peptide protein  29.21 
 
 
268 aa  68.6  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0197  hypothetical protein  27.8 
 
 
271 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.680563 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0805  hypothetical protein  28.93 
 
 
231 aa  67.8  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.201838  normal  0.0153835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0232  hypothetical protein  31.31 
 
 
241 aa  67  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0546  hypothetical protein  29.95 
 
 
279 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0802876  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02644  putative periplasmic protein  29.39 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0301  hypothetical protein  29.82 
 
 
243 aa  65.5  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1482  hypothetical protein  37.39 
 
 
232 aa  64.7  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1958  putative signal peptide protein  28.02 
 
 
278 aa  63.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1353  hypothetical protein  40.78 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1750  hypothetical protein  27.56 
 
 
219 aa  62.8  0.000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.034244  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1600  hypothetical protein  39.22 
 
 
241 aa  62.4  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.400677  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5833  hypothetical protein  32.64 
 
 
298 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2512  hypothetical protein  34.95 
 
 
263 aa  62  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0104508  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1317  hypothetical protein  39.81 
 
 
239 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2403  hypothetical protein  29.41 
 
 
220 aa  61.2  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3033  hypothetical protein  39.81 
 
 
234 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.501077  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3079  hypothetical protein  31.54 
 
 
256 aa  60.5  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1327  hypothetical protein  38.83 
 
 
239 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2540  hypothetical protein  29.38 
 
 
227 aa  59.3  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.386612  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0182  hypothetical protein  31.1 
 
 
265 aa  59.3  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.56754  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3758  hypothetical protein  30.98 
 
 
241 aa  58.5  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3315  hypothetical protein  31.31 
 
 
236 aa  58.2  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266873  normal  0.0899377 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3552  hypothetical protein  26.43 
 
 
244 aa  56.2  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0030  hypothetical protein  25.85 
 
 
251 aa  56.6  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00621032  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5922  hypothetical protein  32.03 
 
 
287 aa  55.1  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4047  hypothetical protein  29.06 
 
 
248 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>