167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03408 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03408  hypothetical protein  100 
 
 		 337 aa  664    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  80.47 
 
 		 336 aa  523  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0588  major outer membrane protein OmpU  69.53 
 
 		 333 aa  444  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116995  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0162  outer membrane protein OmpU  67.71 
 
 		 350 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502396  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001232  outer membrane protein OmpU  62.65 
 
 		 319 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0870457  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05099  porin  61.52 
 
 		 321 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  34.18 
 
 		 312 aa  173  5e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3613  porin  33.43 
 
 		 310 aa  155  8e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  32.59 
 
 		 331 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06287  hypothetical protein  33.05 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001436  non-specific porin  31.93 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.154506  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  26.8 
 
 		 371 aa  93.2  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  26.8 
 
 		 371 aa  92.8  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  26.79 
 
 		 371 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  28.72 
 
 		 359 aa  90.1  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  27.01 
 
 		 351 aa  89  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  29.09 
 
 		 362 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  29.09 
 
 		 362 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  29.09 
 
 		 362 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  27.6 
 
 		 350 aa  89  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  27.53 
 
 		 360 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  28.83 
 
 		 362 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  26.74 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  26.67 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  26.74 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  26.74 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  26.93 
 
 		 383 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  26.67 
 
 		 351 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  27.85 
 
 		 387 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0360  outer membrane phosphoporin protein E  29.16 
 
 		 350 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  25.57 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0369  outer membrane phosphoporin protein E  29.16 
 
 		 350 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  27.04 
 
 		 372 aa  85.5  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0351  outer membrane phosphoporin protein E  29.16 
 
 		 350 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0354  outer membrane phosphoporin protein E  29.16 
 
 		 350 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.52263  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  26.56 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000261923  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  26.56 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000040387  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0361  outer membrane phosphoporin protein E  28.38 
 
 		 350 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000741681 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  27.27 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  26.47 
 
 		 351 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  27.27 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  28.72 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  27.01 
 
 		 369 aa  82.8  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  27.15 
 
 		 366 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  25.59 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  27.41 
 
 		 388 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  27.18 
 
 		 378 aa  79.7  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  27.86 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1702  porin family protein  26.19 
 
 		 366 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0189246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  25 
 
 		 371 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  28.66 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  25 
 
 		 371 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  25 
 
 		 371 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  26.58 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  26.68 
 
 		 383 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  30.28 
 
 		 378 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  28.09 
 
 		 370 aa  75.9  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1701  outer membrane protein N  27.37 
 
 		 372 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  27.63 
 
 		 367 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  27.37 
 
 		 372 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1641  outer membrane protein N  27.37 
 
 		 372 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00375551  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1642  outer membrane protein N  27.37 
 
 		 372 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1806  outer membrane protein N  27.37 
 
 		 372 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0174534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1572  outer membrane protein N  26.52 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0737338 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1784  porin Gram-negative type  27.55 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00154811  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  28.05 
 
 		 364 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  26.9 
 
 		 378 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  26.17 
 
 		 376 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  26.17 
 
 		 376 aa  72.8  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  29.52 
 
 		 378 aa  72.8  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  29.52 
 
 		 378 aa  72.8  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  29.52 
 
 		 378 aa  72.8  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2159  outer membrane protein N  29.27 
 
 		 398 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.142593 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  32.4 
 
 		 360 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1037  outer membrane protein F  27.13 
 
 		 362 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000488881  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  26.46 
 
 		 368 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  32.4 
 
 		 360 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  32.4 
 
 		 360 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2667  outer membrane protein F  27.13 
 
 		 362 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000513703  normal  0.141925 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  28.35 
 
 		 357 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00933  outer membrane porin 1a (Ia;b;F)  26.6 
 
 		 362 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000151629  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2714  porin Gram-negative type  26.6 
 
 		 362 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000119637  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00940  hypothetical protein  26.6 
 
 		 362 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2389  outer membrane protein F  26.6 
 
 		 362 aa  70.5  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00716646  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1029  outer membrane protein F  26.6 
 
 		 362 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117634  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1090  outer membrane protein F  26.6 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000211589  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  26.67 
 
 		 363 aa  69.7  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  26.67 
 
 		 363 aa  69.7  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  26.67 
 
 		 363 aa  69.7  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  28.01 
 
 		 363 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000192905  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  26.67 
 
 		 363 aa  69.7  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01348  outer membrane pore protein N, non-specific  27.81 
 
 		 377 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1463  outer membrane protein N  27.81 
 
 		 377 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.510785  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1560  outer membrane protein N  27.81 
 
 		 377 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01360  hypothetical protein  27.81 
 
 		 377 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2279  porin  27.81 
 
 		 377 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2269  porin Gram-negative type  27.54 
 
 		 377 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.421789  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  26.67 
 
 		 363 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2056  porin Gram-negative type  34.81 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2212  outer membrane protein N  28.66 
 
 		 398 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466216  normal  0.580794 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>