More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_0956 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 235 aa  477  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.63 
 
 		 257 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  69.23 
 
 		 252 aa  299  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  63.18 
 
 		 252 aa  293  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  61.41 
 
 		 259 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.11 
 
 		 238 aa  291  7e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  62.39 
 
 		 244 aa  291  8e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  62.71 
 
 		 246 aa  287  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.88 
 
 		 243 aa  286  2e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  62.29 
 
 		 246 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.94 
 
 		 243 aa  285  2.9999999999999996e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  60.83 
 
 		 252 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  60 
 
 		 254 aa  275  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  60 
 
 		 235 aa  274  7e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.59 
 
 		 267 aa  274  8e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.39 
 
 		 238 aa  274  8e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  60.42 
 
 		 252 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  60.42 
 
 		 252 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.52 
 
 		 237 aa  271  6e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.3 
 
 		 243 aa  271  9e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.51 
 
 		 239 aa  270  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.08 
 
 		 237 aa  267  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.91 
 
 		 253 aa  266  1e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.76 
 
 		 236 aa  265  5e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  56.39 
 
 		 233 aa  265  5.999999999999999e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  56.39 
 
 		 233 aa  263  2e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  55.74 
 
 		 246 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  55.74 
 
 		 246 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  55.74 
 
 		 246 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  55.84 
 
 		 245 aa  260  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  55.74 
 
 		 246 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2838  DNA polymerase III subunit epsilon  54.98 
 
 		 244 aa  259  3e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  55.33 
 
 		 246 aa  258  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.67 
 
 		 231 aa  255  4e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  57.08 
 
 		 242 aa  255  4e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  55.84 
 
 		 244 aa  254  6e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  53.28 
 
 		 243 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.19 
 
 		 242 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.74 
 
 		 242 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  53.28 
 
 		 243 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  53.28 
 
 		 243 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  52.87 
 
 		 246 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  56.52 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  53.28 
 
 		 243 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  52.87 
 
 		 243 aa  252  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.44 
 
 		 239 aa  252  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  53.91 
 
 		 245 aa  252  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  52.87 
 
 		 243 aa  252  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  52.87 
 
 		 246 aa  252  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.46 
 
 		 246 aa  252  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  53.68 
 
 		 245 aa  251  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.11 
 
 		 232 aa  251  7e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  53.85 
 
 		 236 aa  251  7e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  56.76 
 
 		 254 aa  251  7e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  56.76 
 
 		 254 aa  251  7e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  56.76 
 
 		 254 aa  251  7e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03210  DNA polymerase III subunit epsilon  53.81 
 
 		 238 aa  250  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.9 
 
 		 242 aa  249  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  53.33 
 
 		 243 aa  249  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  56.31 
 
 		 247 aa  249  4e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  52.65 
 
 		 246 aa  244  9e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  54.47 
 
 		 238 aa  244  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.71 
 
 		 242 aa  241  7e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.71 
 
 		 242 aa  241  7e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.28 
 
 		 242 aa  240  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.27 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.84 
 
 		 242 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.54 
 
 		 242 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  52.84 
 
 		 242 aa  238  4e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.84 
 
 		 242 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.7 
 
 		 234 aa  238  6.999999999999999e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  52.65 
 
 		 239 aa  237  1e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.07 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1361  DNA polymerase III subunit epsilon  53.1 
 
 		 239 aa  237  1e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.4 
 
 		 236 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.22 
 
 		 232 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.84 
 
 		 242 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.84 
 
 		 242 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.88 
 
 		 248 aa  232  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.84 
 
 		 242 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.84 
 
 		 242 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.88 
 
 		 248 aa  232  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.33 
 
 		 242 aa  233  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.07 
 
 		 243 aa  231  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.95 
 
 		 240 aa  229  3e-59  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0845  DNA polymerase III subunit epsilon  54.19 
 
 		 243 aa  228  7e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.3 
 
 		 239 aa  228  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  51.29 
 
 		 252 aa  228  8e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  54.08 
 
 		 240 aa  226  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  53.07 
 
 		 241 aa  226  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  53.95 
 
 		 244 aa  224  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02468  DNA polymerase III subunit epsilon  52.65 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.650155  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  59.59 
 
 		 242 aa  222  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.54 
 
 		 240 aa  221  4.9999999999999996e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.53 
 
 		 237 aa  221  6e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.75 
 
 		 237 aa  221  7e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  52.42 
 
 		 244 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.17 
 
 		 234 aa  220  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  55.67 
 
 		 242 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  51.56 
 
 		 244 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>