More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2323 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  595  1e-169  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  48.14 
 
 		 311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  47.8 
 
 		 311 aa  265  8.999999999999999e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  47.85 
 
 		 336 aa  250  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 313 aa  249  5e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  48.99 
 
 		 320 aa  248  7e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  49.32 
 
 		 313 aa  248  7e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  48.49 
 
 		 300 aa  247  2e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  46.86 
 
 		 323 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  46.53 
 
 		 323 aa  246  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  48.97 
 
 		 311 aa  245  4.9999999999999997e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 311 aa  245  6.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 302 aa  245  8e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 308 aa  242  7e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.57 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.3 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  42.35 
 
 		 321 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 308 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.05 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 308 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.05 
 
 		 305 aa  232  7.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 313 aa  231  8.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.71 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.71 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 319 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.71 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.19 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.71 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 321 aa  229  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.71 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.1 
 
 		 307 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 321 aa  229  6e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 319 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 319 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 319 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 319 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.47 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.47 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.47 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.81 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.47 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  42.01 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  41.69 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.47 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  40.75 
 
 		 307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 317 aa  225  6e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 321 aa  225  8e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  42.01 
 
 		 296 aa  225  8e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  40.54 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  41.14 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 331 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.14 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.14 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.78 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.78 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.78 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  42.72 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0653  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105703  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.92 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 309 aa  216  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  38.39 
 
 		 319 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  41.53 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  40.2 
 
 		 317 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 320 aa  215  7e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 319 aa  215  8e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.93 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 		 323 aa  215  9e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>