More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2792 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  609  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 306 aa  387  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  64.12 
 
 		 304 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  64.65 
 
 		 304 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  67.46 
 
 		 304 aa  360  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 309 aa  349  3e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  62.02 
 
 		 308 aa  331  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  44.92 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 312 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 327 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  41.08 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 320 aa  209  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  39.37 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  42.86 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  40.27 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1422  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.628384  normal  0.116647 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  40.27 
 
 		 296 aa  206  6e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 320 aa  205  8e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2780  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 308 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  42.43 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0609  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.663107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  39.06 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  42.43 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  39.06 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.53 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.53 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.53 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.86 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.53 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.53 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  40.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  36.81 
 
 		 317 aa  199  6e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 304 aa  199  7e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.52 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 298 aa  197  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 308 aa  195  6e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 311 aa  195  9e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.54 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.24 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 319 aa  192  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  36.84 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.84 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.84 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  38.38 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 323 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  44.8 
 
 		 304 aa  192  9e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.51 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.51 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 319 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.51 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.51 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.04 
 
 		 319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  40.4 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.07 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 315 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 316 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>