More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1188 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1188  ABC transporter related  100 
 
 		 511 aa  1033    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.909394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3604  ABC transporter related  62.65 
 
 		 513 aa  625  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.88039  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5155  ABC transporter related  62.07 
 
 		 512 aa  615  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3073  ABC transporter related  59.84 
 
 		 508 aa  591  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0372  ABC transporter related  56.28 
 
 		 509 aa  553  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2266  ABC transporter related  49.4 
 
 		 499 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000122283  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0391  ABC transporter related protein  47.82 
 
 		 499 aa  487  1e-136  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.302991  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  44.33 
 
 		 496 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2304  ABC transporter related protein  47.2 
 
 		 505 aa  450  1e-125  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2863  ABC transporter related  45.88 
 
 		 518 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.18747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0873  ABC transporter related  47.31 
 
 		 514 aa  443  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.304732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2904  ABC transporter related  45.18 
 
 		 503 aa  437  1e-121  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  44.33 
 
 		 503 aa  436  1e-121  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000110391  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3088  ABC transporter related  47.12 
 
 		 512 aa  435  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0116674  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3347  ABC transporter related  45.38 
 
 		 513 aa  437  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0920182  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2172  ABC transporter-like  44.29 
 
 		 517 aa  429  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.327318  normal  0.453102 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3003  ABC transporter related  45.27 
 
 		 495 aa  430  1e-119  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00261146  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22700  ABC transporter related  42.28 
 
 		 501 aa  426  1e-118  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00201717  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  45.14 
 
 		 520 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3406  ABC transporter related  44.05 
 
 		 507 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.551553  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  43.43 
 
 		 497 aa  424  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6345  ABC transporter related  46.09 
 
 		 516 aa  425  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.144091 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4768  ABC transporter related  45.29 
 
 		 503 aa  422  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957059  normal  0.347139 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02652  conserved hypothetical protein  42.14 
 
 		 499 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1242  sugar ATP-binding ABC transporter protein  43.03 
 
 		 518 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02613  hypothetical protein  42.14 
 
 		 499 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5275  ABC transporter related  45.59 
 
 		 508 aa  419  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0254262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0943  ABC transporter related  42.83 
 
 		 524 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  45.38 
 
 		 514 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2725  ABC transporter related  44.53 
 
 		 501 aa  421  1e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  45.38 
 
 		 514 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1425  ABC transporter related  42.83 
 
 		 524 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0484861  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  45.38 
 
 		 514 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0544  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  44.58 
 
 		 521 aa  421  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0542  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  44.27 
 
 		 511 aa  417  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146804  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4569  ABC sugar transporter, ATPase subunit  42.83 
 
 		 527 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1254  ABC transporter related  44.6 
 
 		 515 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0580  ABC transporter related  41.93 
 
 		 508 aa  417  9.999999999999999e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.677056  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2808  ABC transporter ATP-binding protein  42.57 
 
 		 510 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5135  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  43.29 
 
 		 524 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1403  ABC transporter related  42.83 
 
 		 524 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4658  ABC transporter related  44.53 
 
 		 497 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1049  ABC transporter related protein  43.15 
 
 		 496 aa  413  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1890  ABC transporter related  42.83 
 
 		 524 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.232644 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3310  ABC transporter related  43.08 
 
 		 505 aa  414  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.156818  hitchhiker  0.00192862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1228  ABC transporter related  44.31 
 
 		 517 aa  415  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1305  ABC transporter related  42.63 
 
 		 524 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0411  ABC transporter related  43.7 
 
 		 494 aa  415  1e-114  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.046808  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1800  ABC-type sugar transport system, ATPase component  43.41 
 
 		 492 aa  415  1e-114  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225071  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3540  ABC transporter related protein  41.53 
 
 		 504 aa  413  1e-114  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.285144  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1344  ABC transporter related  42.63 
 
 		 524 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2905  ABC transporter related  44.24 
 
 		 497 aa  412  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.077452 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4096  sugar transport ATP-binding protein  43.66 
 
 		 507 aa  409  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0843  ABC transporter related  46.04 
 
 		 496 aa  411  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  0.0750454 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0125  ABC transporter related  43.78 
 
 		 507 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4183  ABC transporter related  42.05 
 
 		 513 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0061  ABC transporter related  42.6 
 
 		 516 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7809  ABC transporter related  43.64 
 
 		 512 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3218  ribose import ATP-binding protein RbsA  41.48 
 
 		 501 aa  410  1e-113  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4174  D-ribose transporter ATP binding protein  42.37 
 
 		 501 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.283711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4218  ABC transporter related protein  42.14 
 
 		 501 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3855  ABC transporter related  42.37 
 
 		 513 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.585208  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5185  D-ribose transporter ATP binding protein  42.14 
 
 		 501 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0631054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4117  D-ribose transporter ATP binding protein  42.14 
 
 		 501 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.159229 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  42.14 
 
 		 501 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0289  ABC transporter related  43.69 
 
 		 506 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.266417 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3965  D-ribose transporter ATP binding protein  42.14 
 
 		 501 aa  405  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03635  fused D-ribose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  42.14 
 
 		 501 aa  405  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.483932  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1962  ABC transporter-related protein  42.39 
 
 		 494 aa  405  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4030  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.46 
 
 		 507 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1620  ABC transporter related  41.5 
 
 		 493 aa  403  1e-111  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4109  D-ribose transporter ATP binding protein  42.25 
 
 		 516 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114584  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4094  D-ribose transporter ATP binding protein  42.25 
 
 		 516 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5597  ABC transporter related  43.64 
 
 		 503 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.609428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2458  ABC transporter-related protein  43.65 
 
 		 498 aa  405  1e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50310  ABC transporter ATP-binding protein  43.4 
 
 		 523 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.433727  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4245  D-ribose transporter ATP binding protein  41.94 
 
 		 501 aa  403  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0036959 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4215  D-ribose transporter ATP binding protein  42.25 
 
 		 516 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.777457 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4850  ABC transporter related  43.8 
 
 		 503 aa  402  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.616228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4274  D-ribose transporter ATP binding protein  42.25 
 
 		 516 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5601  ribose import ATP-binding protein RbsA  42.32 
 
 		 506 aa  404  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0291  ABC transporter related  43.49 
 
 		 514 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0562  ABC transporter-related protein  40.69 
 
 		 496 aa  403  1e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000997744  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03580  hypothetical protein  42.14 
 
 		 501 aa  405  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.550483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6710  ABC transporter, ATP binding subunit (putative high-affinity D-ribose transport)  43.11 
 
 		 507 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11533  normal  0.0914748 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0157  ABC transporter related  40.86 
 
 		 507 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0116  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  41.38 
 
 		 492 aa  399  9.999999999999999e-111  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1653  ABC transporter related  43.66 
 
 		 519 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0555167  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0813  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  42.77 
 
 		 499 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4683  ABC sugar transporter, ATPase subunit  43.54 
 
 		 517 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.532161  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3977  D-ribose transporter ATP binding protein  41.77 
 
 		 501 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.443134  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1859  ABC transporter related  40.28 
 
 		 499 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1350  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  44.13 
 
 		 504 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2823  ABC transporter related  42.17 
 
 		 511 aa  400  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4900  D-ribose transporter ATP binding protein  41.77 
 
 		 501 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.200163  hitchhiker  0.000000993507 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0724  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  41.45 
 
 		 494 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79429e-30 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0813  ABC transporter related  42.77 
 
 		 499 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4115  D-ribose transporter ATP binding protein  42.14 
 
 		 501 aa  400  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684938  normal  0.0182067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2929  ABC transporter related  41.78 
 
 		 521 aa  401  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180289 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1029  ABC transporter-related protein  42.58 
 
 		 506 aa  402  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.724261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>