76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0615 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0615  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  433  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.169768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0298  PadR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 248 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0288  PadR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 248 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0279  PadR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1362  transcriptional regulator, PadR-like family  38.59 
 
 		 223 aa  112  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323106  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4568  PadR-like family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 227 aa  108  6e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.167049 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2867  PadR-like family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 215 aa  105  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.435148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 325 aa  78.2  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  30.47 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  32.76 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  30.6 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0916  PadR-like family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 171 aa  66.2  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 195 aa  64.7  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0979  transcriptional regulator PadR family protein  32.95 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.334428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  30.17 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  29.91 
 
 		 184 aa  62.4  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  31.67 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  28.57 
 
 		 179 aa  62.4  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1177  transcriptional regulator, PadR-like family  28.34 
 
 		 186 aa  62.4  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0592255  hitchhiker  0.00870551 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 201 aa  62  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 242 aa  61.6  0.000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2019  transcriptional regulator, PadR-like family  23.93 
 
 		 160 aa  61.2  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.41981 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1645  transcriptional regulator  23.16 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1946  transcriptional regulator, PadR family  23.16 
 
 		 179 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  39.39 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  29.52 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1669  PadR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.107785  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1910  PadR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  32.97 
 
 		 179 aa  58.2  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  32.5 
 
 		 196 aa  58.2  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  33.59 
 
 		 187 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3512  transcriptional repressor PadR  24.55 
 
 		 179 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5605  PadR-like family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0554701  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  30.83 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  29.19 
 
 		 176 aa  53.1  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  38.55 
 
 		 174 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  37.31 
 
 		 190 aa  52.8  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3145  PadR-like family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 184 aa  52  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  31.69 
 
 		 176 aa  51.6  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  35.62 
 
 		 185 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 179 aa  50.4  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 184 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  25.89 
 
 		 191 aa  50.8  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 173 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 173 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 173 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  38.24 
 
 		 189 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 174 aa  47  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 175 aa  47  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2655  hypothetical protein  30.99 
 
 		 165 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2669  hypothetical protein  30.99 
 
 		 165 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.010535 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 187 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2179  PadR-like family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 186 aa  45.4  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2509  PadR-like family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 165 aa  45.1  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0736667  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  37.5 
 
 		 203 aa  45.4  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4651  PadR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 191 aa  45.1  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0244523  normal  0.199079 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2451  hypothetical protein  29.58 
 
 		 165 aa  45.1  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.073124  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2413  hypothetical protein  29.58 
 
 		 165 aa  45.1  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000015361  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2649  hypothetical protein  29.58 
 
 		 165 aa  45.1  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000115894 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2631  hypothetical protein  29.58 
 
 		 165 aa  45.1  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2376  hypothetical protein  29.58 
 
 		 165 aa  45.1  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.247862  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  27.54 
 
 		 190 aa  44.3  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 168 aa  45.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1864  hypothetical protein  27.52 
 
 		 148 aa  44.3  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00461724  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 188 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  37.33 
 
 		 168 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  31.08 
 
 		 172 aa  43.5  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0184  PadR-like family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05950  predicted transcriptional regulator  25.93 
 
 		 188 aa  43.5  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.836167 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2658  hypothetical protein  28.17 
 
 		 165 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287076  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 182 aa  42  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10046  hypothetical protein  34.09 
 
 		 180 aa  42  0.007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3146  PadR-like family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 185 aa  41.6  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280559 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>