188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0512 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 270 aa  548  1e-155  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 301 aa  186  2e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  41.85 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  44.66 
 
 		 282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  37.97 
 
 		 410 aa  182  5.0000000000000004e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  40.89 
 
 		 287 aa  181  9.000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  40.86 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  37.69 
 
 		 285 aa  175  5e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  41.38 
 
 		 284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  37.69 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  39.33 
 
 		 283 aa  165  9e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  39.77 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  37.8 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.82 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  39.85 
 
 		 280 aa  159  6e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 291 aa  158  7e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 284 aa  157  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  39.47 
 
 		 280 aa  156  3e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  38.27 
 
 		 278 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  38.34 
 
 		 291 aa  155  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  36.4 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  35.83 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  35.16 
 
 		 284 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  35.07 
 
 		 288 aa  152  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  38.55 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  36.94 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  37.01 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  37.4 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 278 aa  148  7e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  36.5 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  39.23 
 
 		 281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 287 aa  146  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  37.8 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  32.96 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  34.25 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.57 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  38.93 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  35.02 
 
 		 303 aa  142  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.78 
 
 		 283 aa  142  8e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  33.95 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  39.31 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  32.97 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  36.8 
 
 		 286 aa  139  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  33.46 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  36.22 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 282 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  36.06 
 
 		 286 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  38.85 
 
 		 281 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  35.66 
 
 		 300 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  31.72 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  32.43 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 287 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0579  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  35.95 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  35.57 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  33.46 
 
 		 302 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  34.5 
 
 		 278 aa  129  7.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  31.72 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.9 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1472  hypothetical protein  31.25 
 
 		 287 aa  126  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  33.98 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  32.82 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  41.34 
 
 		 212 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  30.36 
 
 		 295 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1944  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00923208  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  35.75 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  33.59 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  33.09 
 
 		 293 aa  115  6e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  37.45 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  31.37 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  35.83 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.59 
 
 		 278 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0418  transcriptional regulator, XRE family  32.36 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  36.4 
 
 		 290 aa  112  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  31.56 
 
 		 279 aa  112  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  34.02 
 
 		 262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  32.1 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1446  transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 		 276 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0731579  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  28.29 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  32.35 
 
 		 301 aa  105  7e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.3 
 
 		 281 aa  105  9e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 309 aa  103  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0414  helix-turn-helix domain protein  31.72 
 
 		 284 aa  102  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254314  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1351  putative DNA-binding protein  33.01 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298494  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5238  helix-turn-helix domain protein  33.1 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000759311 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  29.24 
 
 		 293 aa  99.4  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>