125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2378 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2378  urease accessory protein UreF  100 
 
 
223 aa  445  1e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.173139 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3303  Urease accessory protein UreF  60.09 
 
 
223 aa  245  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.31623 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3047  Urease accessory protein UreF  59.64 
 
 
223 aa  233  2e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159294  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0272  urease accessory protein UreF, putative  56.68 
 
 
228 aa  216  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0286  putative urease accessory protein UreF  56.22 
 
 
232 aa  214  9e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0337  urease accessory protein UreF, putative  51.83 
 
 
228 aa  210  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3469  urease accessory protein  47.56 
 
 
230 aa  195  4e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1868  urease accessory protein UreF  47.75 
 
 
237 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.113809  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7006  urease accessory protein UreF  46.88 
 
 
240 aa  166  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3690  urease accessory protein UreF  46.12 
 
 
241 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3497  urease accessory protein UreF  46.85 
 
 
288 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2686  urease accessory protein UreF  43.05 
 
 
223 aa  155  5e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885864  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4179  Urease accessory protein UreF  47.3 
 
 
240 aa  152  3e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4159  urease accessory protein UreF  42.34 
 
 
309 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2866  urease accessory protein UreF  42.73 
 
 
229 aa  135  6e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669452  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3203  Urease accessory protein UreF  42.73 
 
 
224 aa  134  1e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0381  urease accessory protein UreF  39.09 
 
 
214 aa  125  4e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11359  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3014  urease accessory protein UreF  42.27 
 
 
244 aa  125  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.347135  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3239  Urease accessory protein UreF  41.82 
 
 
238 aa  125  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.525319 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2120  urease accessory protein UreF  40.45 
 
 
250 aa  119  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1092  Urease accessory protein UreF  40.87 
 
 
239 aa  118  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827823  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1029  urease accessory protein UreF  37.12 
 
 
231 aa  118  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.185094 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3260  urease accessory protein UreF  40.71 
 
 
228 aa  118  8e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1702  Urease accessory protein UreF  37.17 
 
 
225 aa  116  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000278425 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2362  putative urease accessory protein  37.67 
 
 
210 aa  110  1e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.875021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1755  urease accessory protein UreF  37.33 
 
 
220 aa  109  4e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10715  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2009  Urease accessory protein UreF  40.37 
 
 
231 aa  108  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1947  urease accessory protein UreF  36.77 
 
 
210 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0303  urease accessory protein UreF  36.32 
 
 
210 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0991  urease accessory protein UreF  35.48 
 
 
210 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1206  urease accessory protein UreF  37.16 
 
 
215 aa  89  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0751  urease accessory protein UreF  29.49 
 
 
232 aa  80.9  1e-14  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2878  urease accessory protein UreF  29.86 
 
 
224 aa  78.2  9e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09390  Urease accessory protein UreF  32.88 
 
 
224 aa  77.4  2e-13  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4247  Urease accessory protein UreF  28.96 
 
 
223 aa  75.5  6e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3660  urease accessory protein UreF  27.16 
 
 
232 aa  74.7  1e-12  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.098957  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1765  urease accessory protein UreF  30.43 
 
 
227 aa  73.9  2e-12  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.858852  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1814  urease accessory protein UreF  25.11 
 
 
240 aa  72  7e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4635  urease accessory protein UreF  26.42 
 
 
229 aa  71.6  9e-12  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00483851  normal  0.066113 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3696  putative urease accessory protein UreF  34.63 
 
 
226 aa  70.9  1e-11  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.378168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0223  urease accessory protein UreF  28.7 
 
 
221 aa  70.5  2e-11  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1348  urease accessory protein UreF  31.17 
 
 
233 aa  70.5  2e-11  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1476  Urease accessory protein UreF  26.99 
 
 
228 aa  69.7  3e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0566307  normal  0.716543 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3106  Urease accessory protein UreF  30.87 
 
 
253 aa  68.9  6e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2267  Urease accessory protein UreF  27.27 
 
 
227 aa  68.9  6e-11  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4833  urease accessory protein UreF  24.54 
 
 
228 aa  68.6  8e-11  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0665  urease accessory protein UreF  31.53 
 
 
224 aa  67.8  1e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.675417  normal  0.0233838 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0186  urease accessory protein UreF  29.17 
 
 
228 aa  67  2e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4910  urease accessory protein UreF  29.73 
 
 
224 aa  67.4  2e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2303  urease accessory protein UreF  30.32 
 
 
230 aa  67.4  2e-10  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4452  urease accessory protein UreF  30.18 
 
 
224 aa  67.4  2e-10  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0562  urease accessory protein UreF  29.73 
 
 
224 aa  67  2e-10  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1494  urease accessory protein UreF  31.44 
 
 
236 aa  66.2  4e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36478  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03460  urease accessory protein UreF  30.09 
 
 
238 aa  65.5  6e-10  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3407  urease accessory protein UreF  28.63 
 
 
225 aa  65.5  7e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1070  urease accessory protein UreF  32.08 
 
 
250 aa  65.1  8e-10  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0394  Urease accessory protein UreF  26.15 
 
 
227 aa  64.7  1e-09  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0685  urease accessory protein UreF  25 
 
 
228 aa  63.5  2e-09  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2439  urease accessory protein UreF  29.13 
 
 
227 aa  64.3  2e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.280457  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1425  urease accessory protein UreF  27.78 
 
 
228 aa  62.8  4e-09  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0245  urease accessory protein UreF  26.89 
 
 
225 aa  62.8  4e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2555  urease accessory protein UreF  31.44 
 
 
226 aa  62.4  5e-09  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2186  urease accessory protein UreF  31.44 
 
 
226 aa  62.4  5e-09  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3078  urease accessory protein UreF  31.44 
 
 
236 aa  62.4  5e-09  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3114  urease accessory protein UreF  31.44 
 
 
236 aa  62.4  5e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0721  urease accessory protein UreF  31.44 
 
 
236 aa  62.4  5e-09  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3137  urease accessory protein  31.44 
 
 
236 aa  62.4  5e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2059  urease accessory protein UreF  31.44 
 
 
236 aa  62.4  5e-09  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.917688  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3532  urease accessory protein UreF  28.07 
 
 
251 aa  62  7e-09  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510813  normal  0.516432 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0926  Urease accessory protein UreF  34.35 
 
 
226 aa  62  8e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1243  urease accessory protein UreF  28.24 
 
 
226 aa  61.2  1e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0722  Urease accessory protein UreF  25 
 
 
240 aa  61.2  1e-08  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00891  Urease accessory protein UreF  25.84 
 
 
208 aa  60.5  2e-08  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.42714  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4416  Urease accessory protein UreF  29.86 
 
 
232 aa  60.1  2e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3941  Urease accessory protein UreF  32.43 
 
 
259 aa  60.5  2e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552118  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0997  urease accessory protein UreF  29.82 
 
 
230 aa  60.1  3e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371175  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2492  urease accessory protein UreF  32.16 
 
 
226 aa  59.7  3e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1180  urease accessory protein UreF  30.77 
 
 
238 aa  59.3  5e-08  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801104  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4004  urease accessory protein UreF  31.58 
 
 
226 aa  58.5  7e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.471956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2991  urease accessory protein UreF  26.91 
 
 
231 aa  58.5  7e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.901747  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0664  urease accessory protein  31.88 
 
 
237 aa  57.8  1e-07  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0972  urease accessory protein UreF  26.32 
 
 
232 aa  57.8  1e-07  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1191  urease accessory protein UreF  28.26 
 
 
230 aa  57  2e-07  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.424033  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2262  urease accessory protein UreF  33.19 
 
 
226 aa  56.6  3e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2359  urease accessory protein UreF  22.67 
 
 
229 aa  56.2  3e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2316  urease accessory protein UreF  22.67 
 
 
229 aa  56.2  3e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.495239  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3468  urease accessory protein UreF  28.33 
 
 
224 aa  55.8  5e-07  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000115011  normal  0.208076 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0419  urease accessory protein UreF  31.28 
 
 
226 aa  55.8  5e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0898  urease accessory protein UreF  31.28 
 
 
226 aa  55.8  5e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4737  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0868  urease accessory protein UreF  31.28 
 
 
226 aa  55.5  6e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.947799  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0788  urease accessory protein UreF  31.03 
 
 
226 aa  54.7  1e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0884  urease accessory protein UreF  26.32 
 
 
235 aa  53.9  2e-06  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.782823  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2769  Urease accessory protein UreF  26.67 
 
 
225 aa  54.3  2e-06  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0777  urease accessory protein UreF  29.96 
 
 
226 aa  53.5  2e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1325  UreF  29.36 
 
 
224 aa  53.9  2e-06  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29761  urease accessory protein UreF  28.21 
 
 
227 aa  53.9  2e-06  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0958  urease accessory protein UreF  26.09 
 
 
230 aa  53.5  2e-06  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2996  urease accessory protein UreF  25.53 
 
 
232 aa  53.1  3e-06  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2622  urease accessory protein F  28.88 
 
 
223 aa  52.8  4e-06  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0673782  normal  0.796864 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1553  Urease accessory protein UreF  26.64 
 
 
266 aa  52.4  5e-06  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>