270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3458 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009800  EcHS_A3126  ornithine decarboxylase  86.92 
 
 
711 aa  1312  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4171  ornithine decarboxylase  68.94 
 
 
720 aa  1053  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3355  ornithine decarboxylase  99.3 
 
 
711 aa  1468  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.86478 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0159  ornithine decarboxylase  72.56 
 
 
720 aa  1093  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  1.71989e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3334  ornithine decarboxylase  67.45 
 
 
720 aa  1026  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0822  ornithine decarboxylase  68.15 
 
 
732 aa  1031  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3289  ornithine decarboxylase  99.16 
 
 
711 aa  1463  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00321092 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3363  ornithine decarboxylase  99.02 
 
 
711 aa  1461  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.134652  normal  0.661844 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1066  ornithine decarboxylase  60.99 
 
 
730 aa  927  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0761  ornithine decarboxylase  68.15 
 
 
732 aa  1031  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.905284 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3033  ornithine decarboxylase  71.33 
 
 
717 aa  1057  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0811  ornithine decarboxylase  72.42 
 
 
720 aa  1089  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.901366  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2075  ornithine decarboxylase  60.72 
 
 
726 aa  905  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.29642  normal  0.752518 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0785  ornithine decarboxylase  67.73 
 
 
735 aa  1026  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4047  ornithine decarboxylase  72.6 
 
 
720 aa  1062  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.388924  normal  0.452479 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0509  ornithine decarboxylase  72.6 
 
 
723 aa  1110  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0278  ornithine decarboxylase  69.5 
 
 
720 aa  1062  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0858  ornithine decarboxylase  68.15 
 
 
732 aa  1031  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3975  ornithine decarboxylase  68.94 
 
 
720 aa  1053  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1573  ornithine decarboxylase  64.76 
 
 
719 aa  984  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04833  ornithine decarboxylase  64.57 
 
 
726 aa  936  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4269  ornithine decarboxylase  87.06 
 
 
711 aa  1314  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.783257  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4008  ornithine decarboxylase  60.84 
 
 
739 aa  900  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0718  ornithine decarboxylase  67.32 
 
 
735 aa  1020  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.76053e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4358  ornithine decarboxylase  60.84 
 
 
739 aa  900  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3311  ornithine decarboxylase  86.64 
 
 
711 aa  1310  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0811  ornithine decarboxylase  72.42 
 
 
720 aa  1089  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3871  ornithine decarboxylase  69.5 
 
 
720 aa  1064  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0955234 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0749  ornithine decarboxylase  86.78 
 
 
711 aa  1312  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0757526 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2963  ornithine decarboxylase  67.32 
 
 
732 aa  1016  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.988103  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3679  ornithine decarboxylase  69.36 
 
 
720 aa  1062  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3667  ornithine decarboxylase  69.5 
 
 
720 aa  1063  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3515  ornithine decarboxylase  60.86 
 
 
726 aa  902  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.207065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3380  ornithine decarboxylase  85.09 
 
 
711 aa  1282  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.961325  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6445  ornithine decarboxylase  48.35 
 
 
787 aa  695  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.621476  normal  0.414615 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001092  ornithine decarboxylase  64.86 
 
 
715 aa  943  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2944  Ornithine decarboxylase  67.18 
 
 
732 aa  1014  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0730  Ornithine decarboxylase  86.78 
 
 
711 aa  1312  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1205  ornithine decarboxylase  66.06 
 
 
742 aa  1009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  5.4905e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3278  ornithine decarboxylase  99.3 
 
 
711 aa  1465  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02795  ornithine decarboxylase, constitutive  87.2 
 
 
711 aa  1315  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0111619  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00649  ornithine decarboxylase isozyme, inducible  67.18 
 
 
732 aa  1013  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889551  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0314  ornithine decarboxylase  69.22 
 
 
720 aa  1057  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3418  ornithine decarboxylase  71.87 
 
 
717 aa  1050  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.18204  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0872  ornithine decarboxylase  72.01 
 
 
717 aa  1051  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.507937  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5195  ornithine decarboxylase  51.19 
 
 
787 aa  705  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208108  normal  0.398466 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0748  ornithine decarboxylase  68.15 
 
 
732 aa  1031  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1157  ornithine decarboxylase  59.08 
 
 
753 aa  882  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00332446  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00641  hypothetical protein  67.18 
 
 
732 aa  1013  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.94656  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0715  ornithine decarboxylase  67.04 
 
 
732 aa  1014  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139092  normal  0.847041 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0179  ornithine decarboxylase  68.43 
 
 
720 aa  1041  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3458  ornithine decarboxylase  100 
 
 
711 aa  1478  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.829522  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3109  ornithine decarboxylase  86.78 
 
 
711 aa  1311  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.015732 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02758  hypothetical protein  87.2 
 
 
711 aa  1315  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00836669  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0809  ornithine decarboxylase  68.15 
 
 
732 aa  1031  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4084  ornithine decarboxylase  68.94 
 
 
720 aa  1054  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3210  ornithine decarboxylase  71.89 
 
 
717 aa  1064  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148119  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4053  ornithine decarboxylase  68.94 
 
 
720 aa  1054  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0286  Orn/Lys/Arg decarboxylase major region  44.81 
 
 
786 aa  595  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134594  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1881  arginine/lysine/ornithine decarboxylase  43.48 
 
 
699 aa  594  1e-168  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  7.41442e-11 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0934  Ornithine decarboxylase  44.73 
 
 
785 aa  588  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.839278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0956  Ornithine decarboxylase  44.52 
 
 
781 aa  589  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.790787 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0993  ornithine decarboxylase  44.52 
 
 
781 aa  588  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.683317 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4404  ornithine decarboxylase  44.38 
 
 
781 aa  584  1e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.155721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0640  ornithine decarboxylase  43.8 
 
 
785 aa  573  1e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3377  ornithine decarboxylase protein  44.37 
 
 
785 aa  574  1e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2341  Ornithine decarboxylase  43.64 
 
 
785 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.788512  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0224  Ornithine decarboxylase  44.46 
 
 
779 aa  565  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.514878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3132  ornithine decarboxylase  43.58 
 
 
785 aa  562  1e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297887  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0928  ornithine decarboxylase  43.46 
 
 
785 aa  560  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.335055  normal  0.352812 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0745  ornithine decarboxylase  44.4 
 
 
778 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184647 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  36.38 
 
 
762 aa  383  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  34.31 
 
 
767 aa  381  1e-104  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  34.52 
 
 
769 aa  381  1e-104  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  37.06 
 
 
751 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  37.48 
 
 
751 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  35.59 
 
 
754 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  36.48 
 
 
749 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3465  lysine decarboxylase  36.59 
 
 
749 aa  365  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583785  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2068  lysine decarboxylase  36.22 
 
 
747 aa  365  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.014755  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2188  ornithine decarboxylase  36.67 
 
 
751 aa  364  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4614  biodegradative arginine decarboxylase  32.73 
 
 
756 aa  363  5e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  35.59 
 
 
742 aa  362  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03988  biodegradative arginine decarboxylase  34.13 
 
 
756 aa  361  3e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03949  hypothetical protein  34.13 
 
 
756 aa  361  3e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4671  biodegradative arginine decarboxylase  34.13 
 
 
756 aa  360  5e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4358  biodegradative arginine decarboxylase  34.13 
 
 
756 aa  360  5e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.959174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4691  biodegradative arginine decarboxylase  31.67 
 
 
756 aa  360  6e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4642  biodegradative arginine decarboxylase  31.67 
 
 
756 aa  360  6e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1020  Lysine decarboxylase  35.54 
 
 
761 aa  360  6e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4560  biodegradative arginine decarboxylase  31.67 
 
 
756 aa  360  6e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3712  lysine decarboxylase  36.48 
 
 
757 aa  360  7e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709841  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  35.23 
 
 
756 aa  360  7e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4583  biodegradative arginine decarboxylase  34.13 
 
 
756 aa  359  8e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3875  Arginine decarboxylase  34.13 
 
 
756 aa  359  9e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4551  biodegradative arginine decarboxylase  31.67 
 
 
756 aa  359  1e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5631  biodegradative arginine decarboxylase  34.13 
 
 
756 aa  359  1e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4642  biodegradative arginine decarboxylase  31.67 
 
 
756 aa  359  1e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3910  arginine decarboxylase  34.13 
 
 
756 aa  359  1e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.143171  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3477  ornithine decarboxylase  35.55 
 
 
761 aa  358  2e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>