240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0776 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0776  Zinc finger-domain-containing protein  100 
 
 
447 aa  908    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0781581 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2155  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  59.28 
 
 
471 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00011339  normal  0.022313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1994  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  58.52 
 
 
481 aa  559  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00859833  hitchhiker  0.00113965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1981  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  58.74 
 
 
481 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00156524  hitchhiker  0.000367008 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2081  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  58.52 
 
 
481 aa  558  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0834729  hitchhiker  0.000000228967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2052  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  58.94 
 
 
471 aa  553  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1391  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  54.32 
 
 
461 aa  473  1e-132  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4282  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  52.08 
 
 
444 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.368763  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4311  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  51.85 
 
 
444 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4394  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  51.85 
 
 
444 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0181186  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4463  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  52.08 
 
 
444 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4396  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  51.85 
 
 
444 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1395  hypothetical protein  39.05 
 
 
443 aa  325  7e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525698 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3732  sugar:cation symporter family protein  38.46 
 
 
443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0657  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  37.64 
 
 
465 aa  301  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242235  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3708  sugar:cation symporter family protein  37.18 
 
 
442 aa  295  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1315  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.05 
 
 
442 aa  295  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1130  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.83 
 
 
441 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1215  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  37.06 
 
 
441 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.525269  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3175  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  36.6 
 
 
442 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664881  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0170  Na+/galactoside symporter  36.97 
 
 
468 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.671323  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0162  Na+/galactoside symporter  36.97 
 
 
468 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0163  Na+/galactoside symporter  36.97 
 
 
468 aa  294  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0162  Na+/galactoside symporter  36.75 
 
 
468 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0167  Na+/galactoside symporter  38.08 
 
 
468 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774115  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1182  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.6 
 
 
441 aa  293  6e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.020658  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4014  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  38.68 
 
 
466 aa  292  7e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85917  normal  0.255078 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1146  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  38.55 
 
 
442 aa  291  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0701  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  36.2 
 
 
478 aa  279  9e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.657348  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2608  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.36 
 
 
442 aa  277  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0936  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  35.35 
 
 
478 aa  278  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3350  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  36.19 
 
 
477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  34.68 
 
 
460 aa  270  5e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736057  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0456  putative symporter YagG  33.71 
 
 
459 aa  268  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1401  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  34.27 
 
 
444 aa  254  3e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.738999  normal  0.0455356 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03515  predicted transporter  33.18 
 
 
460 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.371706  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03467  hypothetical protein  33.18 
 
 
460 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.333065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0048  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  33.18 
 
 
460 aa  252  8.000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0054  putative transporter  33.18 
 
 
460 aa  252  8.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.320086 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4161  putative transporter  33.18 
 
 
479 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4000  putative transporter  33.18 
 
 
460 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.947516  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3868  putative transporter  33.18 
 
 
479 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4954  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  32.89 
 
 
463 aa  251  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0843133  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0070  putative transporter  34.5 
 
 
464 aa  251  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.602143  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4030  putative transporter  33.78 
 
 
460 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3967  putative transporter  33.78 
 
 
460 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.286007  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4076  putative transporter  33.78 
 
 
460 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3957  putative transporter  33.78 
 
 
460 aa  249  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3697  sugar:cation symporter family protein  34.55 
 
 
467 aa  249  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.455392  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4108  putative transporter  32.96 
 
 
479 aa  248  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5030  putative transporter  32.96 
 
 
460 aa  248  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2284  putative cation symporter  31.07 
 
 
461 aa  232  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974122 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1614  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  32.03 
 
 
448 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0329184  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1269  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  31.66 
 
 
465 aa  227  3e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3985  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  31.06 
 
 
476 aa  227  3e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.439786  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2505  putative symporter YagG  28.97 
 
 
442 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2993  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.6 
 
 
475 aa  213  7.999999999999999e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.624539  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2992  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  31.35 
 
 
472 aa  211  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1997  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.75 
 
 
477 aa  207  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02748  cation symporter  31.45 
 
 
462 aa  207  3e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4524  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.54 
 
 
465 aa  196  5.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03868  transport protein  29.52 
 
 
514 aa  194  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5398  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  30.65 
 
 
471 aa  192  9e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.243683  normal  0.179969 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03437  putative permease  31.87 
 
 
466 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03388  hypothetical protein  31.87 
 
 
466 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4951  sugar transporter, glycoside-pentoside-hexuronide family  31.87 
 
 
466 aa  188  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.841107 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3275  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.58 
 
 
513 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3908  sugar glycoside-pentoside-hexuronide family protein  33.24 
 
 
466 aa  187  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.845629  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3869  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.82 
 
 
486 aa  184  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0748  sodium:glactoside symporter family protein  31.47 
 
 
454 aa  177  4e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.329176  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0907  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  35.51 
 
 
538 aa  176  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225717  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0764  sugar glycoside-pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  29.62 
 
 
454 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00819234  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3707  sugar:cation symporter family protein  29.82 
 
 
511 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2372  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  29.2 
 
 
457 aa  171  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.100315  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1144  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.22 
 
 
468 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1026  ribosomal protein L9  28.66 
 
 
522 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.814155  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2498  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  29.11 
 
 
480 aa  159  8e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.358109  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3565  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.28 
 
 
447 aa  158  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.117988  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4313  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.29 
 
 
497 aa  155  1e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0453293  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3314  glucuronide transporter  26.96 
 
 
457 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01585  glucuronide transporter  27.93 
 
 
457 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01575  hypothetical protein  27.93 
 
 
457 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.845658  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2327  glucuronide transporter  27.93 
 
 
457 aa  151  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4227  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.09 
 
 
473 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1691  glucuronide transporter  27.93 
 
 
457 aa  151  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1824  glucuronide transporter  27.93 
 
 
457 aa  152  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4405  glucuronide carrier protein  28.48 
 
 
473 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.196167  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4293  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.29 
 
 
472 aa  150  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0966548  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4339  putative permease  28.29 
 
 
474 aa  150  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1583  glucuronide transporter  28.09 
 
 
457 aa  150  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4248  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.29 
 
 
472 aa  150  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2026  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  27.7 
 
 
457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232812  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4109  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  27.81 
 
 
461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0020  xylose-proton symporter  25.98 
 
 
457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000106497  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1193  Na+/xyloside symporter or related transporter  27.66 
 
 
437 aa  147  4.0000000000000006e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.255847  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03762  predicted transporter  27.59 
 
 
468 aa  146  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03711  hypothetical protein  27.59 
 
 
468 aa  146  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03761  predicted transporter  27.43 
 
 
467 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5322  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter family protein  27.43 
 
 
467 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.357419 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4262  sugar transporter family protein  27.37 
 
 
461 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>