136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1056 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1056  ATP citrate synthase, subunit 1  100 
 
 
435 aa  880    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00742266  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0570  ATP-dependent citrate lyase beta subunit  56.66 
 
 
444 aa  506  9.999999999999999e-143  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_54477  atp-citrate synthase  43.28 
 
 
1082 aa  356  3.9999999999999996e-97  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02435  citrate lyase subunit (Eurofung)  45.09 
 
 
485 aa  345  1e-93  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.031235  normal 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00800  conserved hypothetical protein  40.12 
 
 
1149 aa  324  2e-87  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1232  ATP-grasp domain protein  36.14 
 
 
398 aa  180  4e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1392  ATP-grasp domain protein  35.48 
 
 
398 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.254868  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1350  ATP-grasp domain protein  35.66 
 
 
398 aa  173  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1061  citrate lyase, subunit 1  36.14 
 
 
398 aa  172  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0796  citrate lyase, subunit 1  35.24 
 
 
398 aa  171  2e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.620183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1089  ATP-grasp domain protein  34.75 
 
 
399 aa  171  2e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.520899  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1307  ATP citrate lyase subunit 1  35.56 
 
 
398 aa  171  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.810397  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2763  ATP-grasp domain protein  25.48 
 
 
431 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254472  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6014  ATP-grasp domain-containing protein  23.49 
 
 
432 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1267  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  26.56 
 
 
423 aa  80.5  0.00000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3639  ATP-grasp domain-containing protein  23.82 
 
 
424 aa  75.1  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00395408  normal  0.409997 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0305  ATP citrate lyase subunit 1  25.4 
 
 
423 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0479  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  27.98 
 
 
362 aa  66.2  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.65 
 
 
389 aa  66.2  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0357  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  28.06 
 
 
362 aa  64.3  0.000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0021079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1562  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  27.52 
 
 
362 aa  63.9  0.000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0430  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  27.42 
 
 
362 aa  63.2  0.000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.147024  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1582  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  26.98 
 
 
337 aa  61.2  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0310843  decreased coverage  0.00561469 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  29.18 
 
 
388 aa  60.8  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  29.18 
 
 
388 aa  60.8  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0293  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  26.65 
 
 
337 aa  60.1  0.00000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.637875  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.81 
 
 
390 aa  59.3  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.27 
 
 
382 aa  58.5  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.09 
 
 
390 aa  58.2  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0869  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.14 
 
 
386 aa  57.4  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3364  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.22 
 
 
386 aa  57  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6556  malate--CoA ligase subunit beta  25.53 
 
 
392 aa  57  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.0575552 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1378  succinate--CoA ligase (ADP-forming)  24.49 
 
 
355 aa  56.6  0.0000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00172923  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2396  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  24.38 
 
 
375 aa  56.6  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000351393  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0469  succinyl-CoA synthetase subunit beta  28.21 
 
 
388 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0919  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.8 
 
 
386 aa  55.8  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0516  Fis family transcriptional regulator  25.48 
 
 
372 aa  56.2  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3945  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.67 
 
 
388 aa  55.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385374  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.17 
 
 
386 aa  55.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.14 
 
 
389 aa  55.1  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.16 
 
 
386 aa  55.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.16 
 
 
386 aa  55.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0981  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  23.88 
 
 
405 aa  54.7  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23259  normal  0.387246 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0654  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.02 
 
 
393 aa  54.3  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  0.308517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  24.47 
 
 
392 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  28.2 
 
 
388 aa  54.3  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.09 
 
 
386 aa  53.9  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0043  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  24.93 
 
 
360 aa  53.9  0.000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0911  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.74 
 
 
385 aa  53.5  0.000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.793217  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1831  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.46 
 
 
389 aa  53.5  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.410462  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3666  malate--CoA ligase subunit beta  24.41 
 
 
392 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127325  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.79 
 
 
379 aa  53.5  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.399837 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0495  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.32 
 
 
386 aa  53.1  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000993882 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2699  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.32 
 
 
386 aa  53.1  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0793427 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  22.97 
 
 
386 aa  52.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3257  malate--CoA ligase subunit beta  24.59 
 
 
389 aa  53.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.75 
 
 
388 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.15 
 
 
389 aa  52.8  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00163339  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  28.97 
 
 
410 aa  51.6  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0319  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  24.63 
 
 
382 aa  52.4  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.83 
 
 
386 aa  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0646  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.78 
 
 
388 aa  51.2  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017874  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.78 
 
 
398 aa  51.6  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0275  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.78 
 
 
388 aa  50.8  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0975  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.78 
 
 
388 aa  50.8  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2675  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.78 
 
 
388 aa  50.8  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2401  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.78 
 
 
388 aa  50.8  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.78 
 
 
388 aa  50.8  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0817  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.78 
 
 
388 aa  50.8  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357003  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0014  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.78 
 
 
388 aa  50.8  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3292  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.56 
 
 
389 aa  51.2  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251012  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3089  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  24.35 
 
 
425 aa  50.8  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000498843  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  28.15 
 
 
398 aa  50.8  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.56 
 
 
389 aa  50.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  28.15 
 
 
398 aa  50.8  0.00005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1751  malate--CoA ligase subunit beta  24.06 
 
 
390 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.635696 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0554  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.69 
 
 
388 aa  50.4  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.39 
 
 
388 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1243  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  24.19 
 
 
393 aa  49.7  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.766366  hitchhiker  0.00547287 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0604  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.79 
 
 
392 aa  49.7  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.575557  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.96 
 
 
388 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0558  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.52 
 
 
387 aa  49.3  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.679932  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0487  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  25.74 
 
 
361 aa  49.3  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1799  malate--CoA ligase subunit beta  24.06 
 
 
390 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.313721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2135  malate--CoA ligase subunit beta  24.06 
 
 
390 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.313278 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.89 
 
 
387 aa  49.3  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.89 
 
 
387 aa  49.3  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0474  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.23 
 
 
388 aa  49.3  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0208  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.12 
 
 
386 aa  48.9  0.0002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3018  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.39 
 
 
396 aa  48.5  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.632407  hitchhiker  0.0091052 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  23.96 
 
 
388 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.08 
 
 
386 aa  48.5  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  24.92 
 
 
395 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0458  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.67 
 
 
388 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.539778  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4221  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.14 
 
 
396 aa  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.687915  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0637  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.52 
 
 
387 aa  47.8  0.0004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0397  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  23.53 
 
 
417 aa  47.8  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.254112  normal  0.0232854 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08536  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  23.51 
 
 
397 aa  47.8  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.79 
 
 
407 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1703  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.97 
 
 
388 aa  47.4  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.213189  normal  0.378528 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>