More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4647 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 231 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  95.15 
 
 		 227 aa  443  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  94.71 
 
 		 227 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  95.15 
 
 		 227 aa  442  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  88.74 
 
 		 231 aa  424  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4344  two component transcriptional regulator  89.61 
 
 		 231 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000925591  normal  0.608954 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4212  two component transcriptional regulator  89.18 
 
 		 231 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000202187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4140  two component transcriptional regulator, winged helix family  89.61 
 
 		 231 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0944225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  82.89 
 
 		 230 aa  388  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  80.18 
 
 		 230 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  79.65 
 
 		 231 aa  380  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  76.99 
 
 		 227 aa  368  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  80.54 
 
 		 226 aa  364  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  77.73 
 
 		 243 aa  363  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2935  two component transcriptional regulator  84.55 
 
 		 229 aa  365  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000047512  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  75.45 
 
 		 224 aa  349  3e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  70.45 
 
 		 224 aa  306  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  61.36 
 
 		 224 aa  268  5e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  61.36 
 
 		 226 aa  259  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.95 
 
 		 227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  56.36 
 
 		 225 aa  251  8.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  54.13 
 
 		 223 aa  245  4e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  54.05 
 
 		 226 aa  242  3.9999999999999997e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  54.3 
 
 		 224 aa  241  5e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  53.95 
 
 		 223 aa  241  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  55.45 
 
 		 221 aa  241  5e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  51.98 
 
 		 227 aa  241  1e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  51.98 
 
 		 227 aa  241  1e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.75 
 
 		 223 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  54.22 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  52.49 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  52.49 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  51.95 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.3 
 
 		 223 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 222 aa  236  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 		 224 aa  234  7e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 257 aa  234  8e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.55 
 
 		 224 aa  234  9e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  53.18 
 
 		 223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  53.18 
 
 		 223 aa  231  5e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  52.44 
 
 		 223 aa  229  3e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  53.18 
 
 		 220 aa  228  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  52.27 
 
 		 225 aa  229  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  51.36 
 
 		 221 aa  225  4e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.66 
 
 		 236 aa  225  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.19 
 
 		 225 aa  224  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  51.54 
 
 		 225 aa  223  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  52.75 
 
 		 227 aa  223  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.54 
 
 		 225 aa  221  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 238 aa  221  7e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.54 
 
 		 225 aa  221  8e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  51.54 
 
 		 225 aa  221  8e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  55 
 
 		 235 aa  220  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  55.26 
 
 		 226 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  55 
 
 		 229 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  55 
 
 		 223 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0166  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.33 
 
 		 226 aa  212  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2255  two component transcriptional regulator  51.35 
 
 		 224 aa  210  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39138  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 229 aa  209  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1580  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 227 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.128837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1655  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 227 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.014875  hitchhiker  0.000274191 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 223 aa  209  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1724  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 227 aa  209  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235921 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1946  transcriptional regulatory protein PhoP  50.45 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1542  response regulator receiver protein  50.45 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.71 
 
 		 222 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2804  two component transcriptional regulator  49.1 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000183823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 224 aa  205  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  46.82 
 
 		 219 aa  205  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3709  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.25 
 
 		 225 aa  205  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140607 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 221 aa  205  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  47.25 
 
 		 225 aa  204  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 221 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1850  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 224 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0826767  hitchhiker  0.000859255 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2501  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2494  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.178511  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2614  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  46.79 
 
 		 225 aa  202  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  46.79 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 222 aa  202  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.5 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  45.91 
 
 		 219 aa  201  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  44.5 
 
 		 221 aa  201  9e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.5 
 
 		 221 aa  201  9e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  46.36 
 
 		 219 aa  200  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.7 
 
 		 221 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 241 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  44.2 
 
 		 219 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1198  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  46.12 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.3 
 
 		 220 aa  196  3e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 		 240 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 216 aa  196  3e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>