More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3477 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  627  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  99.34 
 
 		 303 aa  625  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  93.69 
 
 		 303 aa  590  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  89.11 
 
 		 303 aa  568  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  88.33 
 
 		 331 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  69.87 
 
 		 303 aa  448  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  69.87 
 
 		 303 aa  449  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1877  LysR family transcriptional regulator  69.87 
 
 		 321 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1900  LysR family transcriptional regulator  70 
 
 		 303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000669534 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1786  LysR family transcriptional regulator  69.21 
 
 		 303 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1814  LysR family transcriptional regulator  69.21 
 
 		 303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.841651  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6202  LysR family transcriptional regulator  69.87 
 
 		 321 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  68.67 
 
 		 303 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  69.67 
 
 		 303 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  69.67 
 
 		 303 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  69.67 
 
 		 303 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  69.1 
 
 		 304 aa  437  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 304 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  69 
 
 		 303 aa  432  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  61.46 
 
 		 302 aa  398  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  61.33 
 
 		 301 aa  397  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  59.47 
 
 		 301 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 300 aa  333  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 300 aa  331  7.000000000000001e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 327 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 300 aa  326  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 307 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 301 aa  325  6e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 301 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 301 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 327 aa  325  6e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 327 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 301 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 301 aa  324  9e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 301 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  51.5 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  51.5 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 304 aa  316  3e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  51.83 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  49 
 
 		 304 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 310 aa  308  5.9999999999999995e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 324 aa  297  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 312 aa  293  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  45.78 
 
 		 312 aa  293  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  44.51 
 
 		 321 aa  291  9e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 		 314 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 313 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 313 aa  229  6e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.08 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 313 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 300 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.39 
 
 		 309 aa  219  6e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.45 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.64 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.1 
 
 		 293 aa  212  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 313 aa  211  9e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 310 aa  211  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.97 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 289 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 321 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 314 aa  209  5e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 317 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>