34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4544 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  100 
 
 		 105 aa  216  6e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  100 
 
 		 105 aa  216  6e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  51.43 
 
 		 109 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  51.43 
 
 		 109 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  51.43 
 
 		 109 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  51.43 
 
 		 109 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  51.43 
 
 		 160 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  50.48 
 
 		 160 aa  114  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  48.57 
 
 		 212 aa  107  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4529  hypothetical protein  43.96 
 
 		 113 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.469544  normal  0.0452511 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4396  hypothetical protein  43.96 
 
 		 113 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.505361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  39.05 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3575  sigma 54 modulation protein, putative  40.43 
 
 		 112 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4651  sigma 54 modulation protein, putative  40.43 
 
 		 112 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.64 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.69 
 
 		 195 aa  70.5  0.000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  36.63 
 
 		 119 aa  67.8  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  36.17 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  30.21 
 
 		 183 aa  60.8  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  33.02 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  30.21 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.32 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  35.04 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  32.08 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.32 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  31.19 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.32 
 
 		 188 aa  54.3  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4649  hypothetical protein  31.37 
 
 		 142 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3573  hypothetical protein  31.37 
 
 		 142 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.298179 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.29 
 
 		 189 aa  50.1  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  26.92 
 
 		 176 aa  50.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  29.47 
 
 		 192 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  27.93 
 
 		 207 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25 
 
 		 109 aa  40.4  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>