More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4957 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4957  oxidoreductase molybdopterin binding  100 
 
 
431 aa  891    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4368  twin-arginine translocation pathway signal  87.94 
 
 
425 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4252  twin-arginine translocation pathway signal  87.01 
 
 
425 aa  772    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.82541  normal  0.253409 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3676  sulfur dehydrogenase subunit SoxC  74.74 
 
 
427 aa  620  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229371  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1518  oxidoreductase molybdopterin binding  72.49 
 
 
440 aa  618  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.883795  normal  0.831721 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4161  oxidoreductase molybdopterin binding  73.61 
 
 
430 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3913  hypothetical protein  65.12 
 
 
420 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.44156 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2802  oxidoreductase  61.79 
 
 
425 aa  523  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.207777 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4155  oxidoreductase, molybdopterin binding  62.34 
 
 
430 aa  517  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.405582  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0148  oxidoreductase molybdopterin binding  59.85 
 
 
437 aa  496  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0156  Mo-Co oxidoreductase dimerisation subunit  51.37 
 
 
453 aa  459  9.999999999999999e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433271  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2286  molybdopterin-binding oxidoreductase  54.92 
 
 
451 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0386813  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1665  oxidoreductase molybdopterin binding  54.66 
 
 
449 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879866  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1589  oxidoreductase molybdopterin binding  54.31 
 
 
445 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.45002  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3258  oxidoreductase molybdopterin binding subunit  53.59 
 
 
449 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0801  oxidoreductase, molybdopterin binding  50.36 
 
 
451 aa  429  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.325021  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2631  Mo-Co oxidoreductase dimerisation subunit  53.33 
 
 
443 aa  426  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492263  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3041  oxidoreductase, molybdopterin binding  50.74 
 
 
414 aa  419  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3134  oxidoreductase molybdopterin binding subunit  51.27 
 
 
448 aa  415  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0673188  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2060  twin-arginine translocation pathway signal  46.7 
 
 
445 aa  408  1e-113  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000389133  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2166  putative sulfite oxidase, dehydrogenase subunit(SoxC)  51.48 
 
 
424 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0587  oxidoreductase molybdopterin binding protein  48.7 
 
 
456 aa  408  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.271361  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3784  oxidoreductase molybdopterin binding  50.9 
 
 
457 aa  402  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1238  oxidoreductase, molybdopterin binding  51.36 
 
 
418 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6594  oxidoreductase, molybdopterin binding  51.36 
 
 
418 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0853456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4886  putative sulfite oxidase (soxC)  52.25 
 
 
409 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.592405 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0151  putative sulfite oxidase  52.62 
 
 
419 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6198  oxidoreductase molybdopterin binding  51.11 
 
 
418 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7230  oxidoreductase molybdopterin binding  48.18 
 
 
406 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2438  putative sulfite oxidase molybdopterin subunit  48.61 
 
 
457 aa  390  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5873  oxidoreductase molybdopterin binding  49.6 
 
 
414 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.342004  normal  0.20315 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8677  oxidoreductase molybdopterin binding  49.6 
 
 
429 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.12671  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0911  putative sulfite oxidase  48.66 
 
 
437 aa  382  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.911487  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1093  twin-arginine translocation pathway signal  47.21 
 
 
425 aa  379  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3212  oxidoreductase molybdopterin binding  46.83 
 
 
423 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2988  oxidoreductase, molybdopterin binding  46.15 
 
 
425 aa  365  1e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.548293  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1504  sulfite oxidase SoxC, putative  45.73 
 
 
419 aa  363  2e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.545192  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3339  oxidoreductase molybdopterin binding  49.47 
 
 
406 aa  363  3e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.617225  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3664  oxidoreductase molybdopterin binding  49.47 
 
 
402 aa  362  6e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.185653  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3202  LigA protein  44.29 
 
 
428 aa  353  5e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.152966  unclonable  0.00000538057 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3445  cytochrome c class I  44.29 
 
 
428 aa  353  5e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2867  Nitrate reductase (NADH)  43.94 
 
 
431 aa  351  1e-95  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2086  sulfite oxidase SoxC, putative  47.65 
 
 
431 aa  347  3e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.29998  normal  0.615224 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1615  oxidoreductase molybdopterin binding  45.97 
 
 
414 aa  335  1e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2735  oxidoreductase molybdopterin binding protein  43.63 
 
 
415 aa  332  6e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.313353  hitchhiker  0.0000568946 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0561  sulfite dehydrogenase  50 
 
 
414 aa  326  5e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0340  oxidoreductase molybdopterin binding  43.41 
 
 
405 aa  320  3e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1894  twin-arginine translocation pathway signal precursor  42.52 
 
 
427 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2351  oxidoreductase, molybdopterin binding protein  37.62 
 
 
376 aa  177  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6027  oxidoreductase molybdopterin binding  34.48 
 
 
369 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0144452 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4894  oxidoreductase molybdopterin binding  34.48 
 
 
369 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.344343 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0686  oxidoreductase molybdopterin binding  34.48 
 
 
369 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.300119 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2626  Sulfite oxidase  33.53 
 
 
370 aa  149  8e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2981  putative molydopterin binding oxidoreductase  33.41 
 
 
420 aa  143  5e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6453  oxidoreductase molybdopterin binding  31.89 
 
 
401 aa  143  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.662727 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2981  oxidoreductase molybdopterin binding protein  32.18 
 
 
415 aa  142  9e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000198483  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2704  oxidoreductase molybdopterin binding  30.02 
 
 
402 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3394  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
402 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4891  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit A  30.98 
 
 
410 aa  140  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.935481  normal  0.0507087 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5008  oxidoreductase molybdopterin binding  33.99 
 
 
338 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8369  oxidoreductase molybdopterin binding  28.61 
 
 
403 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3098  sulfite oxidase and related enzyme  31.76 
 
 
451 aa  139  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.57715  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2672  oxidoreductase molybdopterin binding  30.75 
 
 
405 aa  139  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.125752 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0255  oxidoreductase molybdopterin binding  30.75 
 
 
405 aa  139  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6301  oxidoreductase molybdopterin binding protein  32.48 
 
 
400 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.386808  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4627  oxidoreductase molybdopterin binding  33.44 
 
 
414 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4055  Nitrate reductase (NADH)  32.91 
 
 
414 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0949  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorA apoprotein  32.61 
 
 
412 aa  136  8e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443239  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3748  oxidoreductase molybdopterin binding  33.65 
 
 
372 aa  136  8e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5264  sulfite oxidase  32.79 
 
 
361 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522428  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3022  oxidoreductase, molybdopterin binding  31.23 
 
 
400 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1455  oxidoreductase molybdopterin binding  31.7 
 
 
406 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431852  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5267  oxidoreductase molybdopterin binding  34.16 
 
 
407 aa  133  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.873576  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8664  oxidoreductase molybdopterin binding  32.71 
 
 
401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1978  oxidoreductase, molybdopterin binding  32.42 
 
 
416 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.956228  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1622  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit A  30.7 
 
 
446 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3242  oxidoreductase molybdopterin binding  31.21 
 
 
410 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.842559 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0686  oxidoreductase molybdopterin binding protein  28.87 
 
 
453 aa  131  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51607  normal  0.0249066 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3951  nitrate reductase (NADH)  33.33 
 
 
369 aa  130  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5388  oxidoreductase molybdopterin binding  30.19 
 
 
403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.359711  normal  0.947595 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0813  sulfite:cytochrome C oxidoreductase subunit A  31.56 
 
 
379 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.310327 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3083  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorA apoprotein  30.81 
 
 
417 aa  127  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741387  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5280  sulfite oxidase  33.77 
 
 
359 aa  127  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.591678  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2864  sulfite oxidase  29.85 
 
 
363 aa  123  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0084  oxidoreductase molybdopterin binding  29.73 
 
 
412 aa  123  8e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000111038  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4215  oxidoreductase molybdopterin binding  30.75 
 
 
402 aa  122  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.223271 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8530  oxidoreductase molybdopterin binding  29.46 
 
 
349 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4929  oxidoreductase, molybdopterin-binding  29.31 
 
 
414 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3931  Sulfite oxidase  31.37 
 
 
407 aa  121  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0432  Sulfite oxidase  29.32 
 
 
409 aa  120  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.203271 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1487  oxidoreductase, molybdopterin binding  26.91 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3066  oxidoreductase molybdopterin binding protein  32.08 
 
 
465 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.419919  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3624  oxidoreductase molybdopterin binding protein  29.04 
 
 
411 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.564315  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4081  twin-arginine translocation pathway signal  27.95 
 
 
461 aa  114  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0916  twin-arginine translocation pathway signal  27.95 
 
 
461 aa  114  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2781  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorA apoprotein  29.88 
 
 
434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.446362  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4218  oxidoreductase molybdopterin binding  27.18 
 
 
407 aa  111  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.486287  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2692  oxidoreductase, molybdopterin binding  27.38 
 
 
408 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.339066  normal  0.961864 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08449  nitrate reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G10420)  31.47 
 
 
1016 aa  110  5e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.92163  normal  0.772146 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37938  predicted protein  31.88 
 
 
866 aa  110  5e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.590439  normal  0.879833 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>