More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4252 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4957  oxidoreductase molybdopterin binding  88.63 
 
 
431 aa  806    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4368  twin-arginine translocation pathway signal  96 
 
 
425 aa  809    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4252  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
425 aa  877    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.82541  normal  0.253409 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1518  oxidoreductase molybdopterin binding  71.72 
 
 
440 aa  617  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.883795  normal  0.831721 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4161  oxidoreductase molybdopterin binding  69.43 
 
 
430 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3676  sulfur dehydrogenase subunit SoxC  71.84 
 
 
427 aa  601  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229371  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3913  hypothetical protein  65.37 
 
 
420 aa  561  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.44156 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2802  oxidoreductase  62.82 
 
 
425 aa  533  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.207777 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4155  oxidoreductase, molybdopterin binding  62.56 
 
 
430 aa  525  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.405582  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0148  oxidoreductase molybdopterin binding  57.21 
 
 
437 aa  495  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0156  Mo-Co oxidoreductase dimerisation subunit  50.23 
 
 
453 aa  457  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1665  oxidoreductase molybdopterin binding  53.89 
 
 
449 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879866  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3258  oxidoreductase molybdopterin binding subunit  54.36 
 
 
449 aa  436  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2286  molybdopterin-binding oxidoreductase  53.89 
 
 
451 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0386813  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1589  oxidoreductase molybdopterin binding  53 
 
 
445 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.45002  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0801  oxidoreductase, molybdopterin binding  49.88 
 
 
451 aa  425  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.325021  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2631  Mo-Co oxidoreductase dimerisation subunit  52.56 
 
 
443 aa  420  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492263  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3041  oxidoreductase, molybdopterin binding  48.8 
 
 
414 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3134  oxidoreductase molybdopterin binding subunit  49.75 
 
 
448 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0673188  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3784  oxidoreductase molybdopterin binding  51.15 
 
 
457 aa  405  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2060  twin-arginine translocation pathway signal  44.06 
 
 
445 aa  399  9.999999999999999e-111  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000389133  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2438  putative sulfite oxidase molybdopterin subunit  50.13 
 
 
457 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4886  putative sulfite oxidase (soxC)  49.87 
 
 
409 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.592405 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0587  oxidoreductase molybdopterin binding protein  46.63 
 
 
456 aa  395  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.271361  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0151  putative sulfite oxidase  50.13 
 
 
419 aa  388  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2166  putative sulfite oxidase, dehydrogenase subunit(SoxC)  47.42 
 
 
424 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1238  oxidoreductase, molybdopterin binding  49 
 
 
418 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6594  oxidoreductase, molybdopterin binding  49 
 
 
418 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0853456 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6198  oxidoreductase molybdopterin binding  48.76 
 
 
418 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0911  putative sulfite oxidase  48.79 
 
 
437 aa  384  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.911487  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5873  oxidoreductase molybdopterin binding  48.53 
 
 
414 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.342004  normal  0.20315 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7230  oxidoreductase molybdopterin binding  48.04 
 
 
406 aa  378  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8677  oxidoreductase molybdopterin binding  48.15 
 
 
429 aa  378  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.12671  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1504  sulfite oxidase SoxC, putative  46.79 
 
 
419 aa  373  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.545192  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3212  oxidoreductase molybdopterin binding  47.21 
 
 
423 aa  364  1e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1093  twin-arginine translocation pathway signal  44.71 
 
 
425 aa  356  5e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2086  sulfite oxidase SoxC, putative  48.2 
 
 
431 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.29998  normal  0.615224 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3202  LigA protein  44.34 
 
 
428 aa  352  7e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.152966  unclonable  0.00000538057 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3445  cytochrome c class I  44.34 
 
 
428 aa  352  7e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2867  Nitrate reductase (NADH)  43.27 
 
 
431 aa  351  1e-95  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3339  oxidoreductase molybdopterin binding  46.79 
 
 
406 aa  349  5e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.617225  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3664  oxidoreductase molybdopterin binding  46.79 
 
 
402 aa  348  8e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.185653  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2988  oxidoreductase, molybdopterin binding  44.63 
 
 
425 aa  345  1e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.548293  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2735  oxidoreductase molybdopterin binding protein  43.52 
 
 
415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.313353  hitchhiker  0.0000568946 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1615  oxidoreductase molybdopterin binding  43.3 
 
 
414 aa  323  5e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0561  sulfite dehydrogenase  42.75 
 
 
414 aa  323  5e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0340  oxidoreductase molybdopterin binding  40.53 
 
 
405 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1894  twin-arginine translocation pathway signal precursor  38.04 
 
 
427 aa  302  7.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2351  oxidoreductase, molybdopterin binding protein  36.63 
 
 
376 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4894  oxidoreductase molybdopterin binding  32.6 
 
 
369 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.344343 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2626  Sulfite oxidase  32.94 
 
 
370 aa  151  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6027  oxidoreductase molybdopterin binding  32.29 
 
 
369 aa  149  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0144452 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2981  putative molydopterin binding oxidoreductase  33.57 
 
 
420 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0686  oxidoreductase molybdopterin binding  31.97 
 
 
369 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.300119 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2981  oxidoreductase molybdopterin binding protein  33.44 
 
 
415 aa  146  9e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000198483  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5008  oxidoreductase molybdopterin binding  33.66 
 
 
338 aa  144  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6301  oxidoreductase molybdopterin binding protein  32.69 
 
 
400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.386808  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2704  oxidoreductase molybdopterin binding  29.76 
 
 
402 aa  141  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8369  oxidoreductase molybdopterin binding  29.97 
 
 
403 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4891  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit A  30.77 
 
 
410 aa  139  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.935481  normal  0.0507087 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3394  twin-arginine translocation pathway signal  32.09 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6453  oxidoreductase molybdopterin binding  31.33 
 
 
401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.662727 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3098  sulfite oxidase and related enzyme  31.45 
 
 
451 aa  136  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.57715  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2672  oxidoreductase molybdopterin binding  29.95 
 
 
405 aa  132  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.125752 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3748  oxidoreductase molybdopterin binding  31.63 
 
 
372 aa  132  7.999999999999999e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0255  oxidoreductase molybdopterin binding  29.95 
 
 
405 aa  132  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3242  oxidoreductase molybdopterin binding  31.01 
 
 
410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.842559 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5264  sulfite oxidase  32.14 
 
 
361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522428  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5388  oxidoreductase molybdopterin binding  30.02 
 
 
403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.359711  normal  0.947595 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8664  oxidoreductase molybdopterin binding  31.53 
 
 
401 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3022  oxidoreductase, molybdopterin binding  30.67 
 
 
400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4055  Nitrate reductase (NADH)  30.03 
 
 
414 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1978  oxidoreductase, molybdopterin binding  31.5 
 
 
416 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.956228  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1455  oxidoreductase molybdopterin binding  30.43 
 
 
406 aa  126  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431852  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3083  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorA apoprotein  28.82 
 
 
417 aa  126  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741387  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0686  oxidoreductase molybdopterin binding protein  30.72 
 
 
453 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51607  normal  0.0249066 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4929  oxidoreductase, molybdopterin-binding  29 
 
 
414 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3951  nitrate reductase (NADH)  30.77 
 
 
369 aa  125  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4627  oxidoreductase molybdopterin binding  30.72 
 
 
414 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4215  oxidoreductase molybdopterin binding  29.89 
 
 
402 aa  123  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.223271 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0813  sulfite:cytochrome C oxidoreductase subunit A  29.09 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.310327 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1622  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit A  28.95 
 
 
446 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0949  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorA apoprotein  30.12 
 
 
412 aa  120  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443239  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0084  oxidoreductase molybdopterin binding  30.03 
 
 
412 aa  120  7e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000111038  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5280  sulfite oxidase  31.79 
 
 
359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.591678  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3066  oxidoreductase molybdopterin binding protein  31.7 
 
 
465 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.419919  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8530  oxidoreductase molybdopterin binding  28.24 
 
 
349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2864  sulfite oxidase  28.66 
 
 
363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4081  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
461 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0916  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
461 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5267  oxidoreductase molybdopterin binding  31.06 
 
 
407 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.873576  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2781  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorA apoprotein  31.1 
 
 
434 aa  118  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.446362  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3931  Sulfite oxidase  28.76 
 
 
407 aa  112  9e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1487  oxidoreductase, molybdopterin binding  26.96 
 
 
406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0432  Sulfite oxidase  27.71 
 
 
409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.203271 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2692  oxidoreductase, molybdopterin binding  27.4 
 
 
408 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.339066  normal  0.961864 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3624  oxidoreductase molybdopterin binding protein  30.21 
 
 
411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.564315  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0981  oxidoreductase molybdopterin binding  27.86 
 
 
408 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.036164  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37938  predicted protein  28.78 
 
 
866 aa  109  7.000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.590439  normal  0.879833 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0460  oxidoreductase molybdopterin binding protein  27.05 
 
 
415 aa  107  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>