266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4006 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4006  Dihydrofolate reductase  100 
 
 
180 aa  366  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.813687  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2037  dihydrofolate reductase  76.4 
 
 
179 aa  276  8e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.473794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3353  dihydrofolate reductase  76.92 
 
 
179 aa  270  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0397175 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3263  dihydrofolate reductase  72.89 
 
 
171 aa  232  2e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.254952  normal  0.239963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6098  dihydrofolate reductase  65.27 
 
 
170 aa  228  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2350  dihydrofolate reductase region  66.46 
 
 
178 aa  220  8e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2729  dihydrofolate reductase  66.46 
 
 
178 aa  216  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2449  dihydrofolate reductase  53.94 
 
 
169 aa  177  9e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.110989 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2019  dihydrofolate reductase  55.69 
 
 
187 aa  171  4e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1398  dihydrofolate reductase  52.07 
 
 
172 aa  167  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1793  dihydrofolate reductase  51.81 
 
 
174 aa  164  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.928797  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1354  dihydrofolate reductase  52.07 
 
 
172 aa  164  5e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.340933  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0888  Dihydrofolate reductase  49.39 
 
 
167 aa  163  1e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.450678 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0817  Dihydrofolate reductase  48.78 
 
 
167 aa  162  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4526  dihydrofolate reductase  50.61 
 
 
166 aa  161  5e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85477  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0946  dihydrofolate reductase oxidoreductase protein  48.78 
 
 
167 aa  160  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0266319 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1090  dihydrofolate reductase  53.66 
 
 
163 aa  160  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0523811 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0700  dihydrofolate reductase region  52.73 
 
 
163 aa  159  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.694361  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2886  Dihydrofolate reductase  50.3 
 
 
166 aa  159  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1750  dihydrofolate reductase  52.05 
 
 
167 aa  159  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175283  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1420  dihydrofolate reductase  50.3 
 
 
178 aa  158  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112898  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2801  Dihydrofolate reductase  47.93 
 
 
172 aa  157  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22692  normal  0.836348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2781  Dihydrofolate reductase  48.52 
 
 
166 aa  155  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.258533 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2659  dihydrofolate reductase  50 
 
 
166 aa  155  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.691401 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2431  dihydrofolate reductase  47.24 
 
 
171 aa  155  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2542  Dihydrofolate reductase  47.93 
 
 
172 aa  155  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.929799 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2039  dihydrofolate reductase  49.39 
 
 
167 aa  155  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.570547  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0351  dihydrofolate reductase  46.43 
 
 
171 aa  154  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.312334 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1591  Dihydrofolate reductase  49.11 
 
 
164 aa  153  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00889611  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1729  dihydrofolate reductase  45.83 
 
 
198 aa  152  3e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000733059 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3262  dihydrofolate reductase  50.6 
 
 
169 aa  151  5e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.497325  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4811  Dihydrofolate reductase  45.29 
 
 
183 aa  150  7e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.431649  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1051  Dihydrofolate reductase  45.78 
 
 
163 aa  150  8e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3387  dihydrofolate reductase  48.82 
 
 
171 aa  150  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2964  Dihydrofolate reductase  45.56 
 
 
166 aa  150  9e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.159706  normal  0.451516 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0925  dihydrofolate reductase  48.17 
 
 
169 aa  150  9e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1020  dihydrofolate reductase  45.56 
 
 
166 aa  149  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831665  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2569  dihydrofolate reductase  46.11 
 
 
166 aa  147  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.858438  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1045  dihydrofolate reductase  43.79 
 
 
163 aa  146  1e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.46602  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0899  Dihydrofolate reductase  48.5 
 
 
177 aa  146  2e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1963  dihydrofolate reductase  45.66 
 
 
183 aa  146  2e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1674  dihydrofolate reductase  46.11 
 
 
219 aa  145  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.69831  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2819  dihydrofolate reductase  47.93 
 
 
173 aa  145  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.198345  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2360  dihydrofolate reductase  49.7 
 
 
165 aa  144  6e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.138466 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0914  dihydrofolate reductase  45.73 
 
 
166 aa  144  7e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0962  dihydrofolate reductase  47.56 
 
 
166 aa  144  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.505116  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4505  dihydrofolate reductase  43.64 
 
 
170 aa  144  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.13858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2025  dihydrofolate reductase  51.27 
 
 
173 aa  143  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.517984  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0423  dihydrofolate reductase  48.17 
 
 
166 aa  143  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0200309 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0874  dihydrofolate reductase  44.97 
 
 
160 aa  143  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0789491  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0959  dihydrofolate reductase  43.56 
 
 
160 aa  142  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0958  dihydrofolate reductase  46.95 
 
 
195 aa  141  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2571  dihydrofolate reductase  45.35 
 
 
195 aa  141  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115778  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2858  dihydrofolate reductase  43.98 
 
 
165 aa  140  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000404405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3214  dihydrofolate reductase  44.72 
 
 
160 aa  140  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.871101  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2952  dihydrofolate reductase  45.12 
 
 
167 aa  139  2e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.700087  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0664  Dihydrofolate reductase  43.37 
 
 
163 aa  139  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.618324  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0096  Dihydrofolate reductase  45.88 
 
 
161 aa  138  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0235  dihydrofolate reductase  43.03 
 
 
165 aa  138  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3646  dihydrofolate reductase  44.1 
 
 
160 aa  138  5e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2842  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
167 aa  137  5e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.551792  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3120  dihydrofolate reductase  42.77 
 
 
160 aa  138  5e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2811  Dihydrofolate reductase  47.27 
 
 
292 aa  137  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  6.27481e-07  hitchhiker  3.05943e-05 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0387  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
167 aa  137  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2729  dihydrofolate reductase  45.12 
 
 
172 aa  137  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0802679  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0903  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
167 aa  137  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2530  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
167 aa  137  7e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0244  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
167 aa  137  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2902  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
167 aa  137  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.95504  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2221  dihydrofolate reductase  45.12 
 
 
209 aa  137  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4209  dihydrofolate reductase  43.82 
 
 
176 aa  137  8e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0571  dihydrofolate reductase  46.34 
 
 
160 aa  137  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0782  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
166 aa  136  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.039834 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6452  Dihydrofolate reductase  39.88 
 
 
164 aa  136  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.816768  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3786  dihydrofolate reductase  49.7 
 
 
162 aa  137  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.1214 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1855  Dihydrofolate reductase  46.06 
 
 
171 aa  137  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.513687  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0972  dihydrofolate reductase  48.23 
 
 
160 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.415398  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3318  Dihydrofolate reductase  48.23 
 
 
160 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1074  dihydrofolate reductase  47.52 
 
 
160 aa  135  3e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0303057  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2947  dihydrofolate reductase  45.78 
 
 
161 aa  135  3e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.631471  normal  0.0218136 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0857  dihydrofolate reductase  43.21 
 
 
160 aa  135  3e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.535024  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1041  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
166 aa  135  3e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1041  dihydrofolate reductase  47.52 
 
 
160 aa  135  3e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0691593  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4196  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
166 aa  135  3e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1082  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
166 aa  135  3e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48110  Dihydrofolate reductase  47.06 
 
 
171 aa  135  3e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000576537  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2922  dihydrofolate reductase  44.1 
 
 
160 aa  135  3e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.8363e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2748  Dihydrofolate reductase  44.85 
 
 
162 aa  135  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2773  dihydrofolate reductase  47.46 
 
 
166 aa  134  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0219199 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1640  dihydrofolate reductase  37.95 
 
 
162 aa  134  6e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00601598  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0932  dihydrofolate reductase  45.78 
 
 
163 aa  134  7e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0573  dihydrofolate reductase  40.12 
 
 
175 aa  134  8e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0603  Dihydrofolate reductase  48.75 
 
 
174 aa  133  1e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2264  dihydrofolate reductase  37.35 
 
 
162 aa  133  1e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.24191e-31 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0900  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
160 aa  134  1e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.131279  normal  0.732147 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3007  Dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
172 aa  134  1e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.035164  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4971  dihydrofolate reductase  46.24 
 
 
166 aa  133  1e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0984  dihydrofolate reductase  40.96 
 
 
160 aa  132  2e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.69665  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00805  hypothetical protein  40.85 
 
 
159 aa  132  2e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2062  dihydrofolate reductase  37.35 
 
 
162 aa  133  2e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000278641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>