More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2744 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  79.63 
 
 
437 aa  698  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  80.96 
 
 
437 aa  669  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  100 
 
 
437 aa  875  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  58.69 
 
 
459 aa  494  1e-138  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  57.73 
 
 
441 aa  488  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  60.23 
 
 
440 aa  484  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  57.82 
 
 
440 aa  469  1e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  46.26 
 
 
441 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  45.21 
 
 
446 aa  353  3e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  48.12 
 
 
446 aa  353  4e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  40.09 
 
 
444 aa  323  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  42.06 
 
 
439 aa  300  5e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0697  SufBD protein  40.43 
 
 
440 aa  286  6e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5107  FeS assembly protein SufD  40.43 
 
 
439 aa  280  5e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0193182 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  39.9 
 
 
440 aa  279  7e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  39.9 
 
 
440 aa  279  8e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  42.32 
 
 
448 aa  277  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  39.52 
 
 
440 aa  272  8e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  37.81 
 
 
437 aa  256  4e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2253  FeS assembly protein SufD  36.73 
 
 
425 aa  252  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0933  hypothetical protein  36.96 
 
 
425 aa  251  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478935  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0927  FeS assembly protein SufD  36.73 
 
 
425 aa  249  5e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.859558  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  34.3 
 
 
447 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  38 
 
 
424 aa  245  1e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.111297 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1897  FeS assembly protein SufD  37.62 
 
 
424 aa  242  8e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00363376 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1779  FeS assembly protein SufD  35.95 
 
 
422 aa  235  1e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.377637  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  36.55 
 
 
437 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  37.7 
 
 
430 aa  228  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  37.03 
 
 
425 aa  228  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  32.22 
 
 
433 aa  224  2e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  30.55 
 
 
438 aa  221  1e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  35.49 
 
 
439 aa  221  2e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  34.88 
 
 
446 aa  220  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  38.73 
 
 
399 aa  218  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  32.5 
 
 
441 aa  215  1e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  9.08978e-08 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2438  transport system  34.87 
 
 
424 aa  214  2e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.629208  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  36.8 
 
 
442 aa  214  2e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  33.82 
 
 
451 aa  214  3e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  7.88125e-08 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  32.74 
 
 
445 aa  213  5e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  34.25 
 
 
440 aa  211  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0812  FeS assembly protein SufD  29.29 
 
 
421 aa  210  5e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0156327  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  32.04 
 
 
475 aa  209  6e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  32.27 
 
 
425 aa  209  6e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  34.24 
 
 
430 aa  209  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  30.17 
 
 
426 aa  207  4e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  31.42 
 
 
426 aa  206  7e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  33.57 
 
 
454 aa  206  8e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  35.86 
 
 
442 aa  206  8e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  33.26 
 
 
447 aa  206  9e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  36.22 
 
 
434 aa  206  9e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  33.42 
 
 
428 aa  205  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  31.68 
 
 
434 aa  204  3e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  32.43 
 
 
439 aa  202  8e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  30.02 
 
 
453 aa  202  1e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  33.01 
 
 
430 aa  200  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  30.36 
 
 
439 aa  200  5e-50  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  35.89 
 
 
445 aa  199  6e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  34.34 
 
 
430 aa  199  1e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  32.75 
 
 
444 aa  198  1e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  30.17 
 
 
436 aa  198  2e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  34.69 
 
 
439 aa  196  5e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  34.18 
 
 
437 aa  196  8e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  35.11 
 
 
437 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1504  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.75 
 
 
423 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.429921  hitchhiker  3.49756e-08 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1970  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.5 
 
 
423 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  8.06248e-08 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  30.02 
 
 
439 aa  193  6e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.75 
 
 
423 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  2.06713e-09 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  27.27 
 
 
437 aa  191  2e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.5 
 
 
423 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  30.9 
 
 
428 aa  191  3e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  32.84 
 
 
448 aa  191  3e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  31.14 
 
 
428 aa  190  3e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.5 
 
 
423 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.87 
 
 
448 aa  184  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2592  SufBD protein  44.7 
 
 
343 aa  184  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.956009  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2091  SufBD protein  31.7 
 
 
427 aa  183  5e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.781657 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  35 
 
 
467 aa  183  5e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1626  sufD  32.74 
 
 
427 aa  183  7e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00443555 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  31.74 
 
 
427 aa  182  8e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.57 
 
 
423 aa  182  9e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  3.15224e-05 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  31.25 
 
 
441 aa  182  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.9 
 
 
448 aa  181  3e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  32.56 
 
 
423 aa  180  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01977  FeS assembly protein SufD  34.87 
 
 
420 aa  179  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.958218  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2395  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.47 
 
 
423 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087197  hitchhiker  0.000115041 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01640  hypothetical protein  32.14 
 
 
423 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000779694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01650  component of SufBCD complex  32.14 
 
 
423 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1762  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.14 
 
 
423 aa  177  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0210181  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1882  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.22 
 
 
423 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.077757  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.31 
 
 
423 aa  176  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  4.29728e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1950  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.14 
 
 
423 aa  177  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0520002  hitchhiker  2.20398e-06 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.89 
 
 
423 aa  175  1e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4731  FeS assembly protein SufD  28.11 
 
 
454 aa  175  2e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.85 
 
 
441 aa  174  2e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  33.33 
 
 
422 aa  174  3e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1246  SufBD  32.88 
 
 
426 aa  174  3e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  33.41 
 
 
454 aa  173  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1744  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.84 
 
 
441 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000189062  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.6 
 
 
441 aa  171  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1318  SufBD protein  39.76 
 
 
342 aa  171  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0362341  normal  0.436939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>