More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0060 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1177 aa  2370    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  75.63 
 
 
1180 aa  1732    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  31.34 
 
 
1143 aa  369  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2446  UvrD/REP helicase  29.8 
 
 
1141 aa  330  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  30.9 
 
 
1142 aa  329  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0055  UvrD/REP helicase  32.13 
 
 
1112 aa  311  5e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4135  UvrD/REP helicase  36.61 
 
 
1143 aa  256  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401536  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.34 
 
 
831 aa  248  6.999999999999999e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.58 
 
 
729 aa  244  7.999999999999999e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.84 
 
 
715 aa  238  7e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.89 
 
 
765 aa  235  4.0000000000000004e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.74 
 
 
773 aa  233  1e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.52 
 
 
754 aa  232  3e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  31.69 
 
 
742 aa  229  2e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.07 
 
 
732 aa  229  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  28.09 
 
 
724 aa  229  2e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  31.28 
 
 
751 aa  229  2e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.79 
 
 
833 aa  229  3e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  29.89 
 
 
787 aa  228  6e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1339  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.79 
 
 
828 aa  227  9e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.574982  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.85 
 
 
671 aa  226  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  29.02 
 
 
1019 aa  223  9.999999999999999e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  27.2 
 
 
765 aa  223  1.9999999999999999e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.21 
 
 
718 aa  222  3e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  26.03 
 
 
735 aa  221  3.9999999999999997e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.91 
 
 
857 aa  222  3.9999999999999997e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.06 
 
 
838 aa  221  7e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.41 
 
 
763 aa  221  7.999999999999999e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.31 
 
 
851 aa  219  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  30.44 
 
 
671 aa  219  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.34 
 
 
858 aa  219  2e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.74 
 
 
829 aa  219  2e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.99 
 
 
802 aa  219  2.9999999999999998e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.04 
 
 
806 aa  218  4e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.95 
 
 
662 aa  218  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1845  UvrD/REP helicase  30.95 
 
 
662 aa  218  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  30.3 
 
 
671 aa  218  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  26.32 
 
 
625 aa  218  5.9999999999999996e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1202  UvrD/REP helicase  27.29 
 
 
1112 aa  218  7e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.32 
 
 
781 aa  218  8e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  31.66 
 
 
707 aa  217  9e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.17 
 
 
658 aa  217  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.01 
 
 
781 aa  217  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  29.28 
 
 
685 aa  216  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.65 
 
 
755 aa  216  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.99 
 
 
753 aa  215  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  30.63 
 
 
739 aa  215  4.9999999999999996e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0389  UvrD/REP helicase  31.22 
 
 
759 aa  214  5.999999999999999e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.335066 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.36 
 
 
830 aa  214  5.999999999999999e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.31 
 
 
795 aa  214  7e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.4 
 
 
729 aa  214  9e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.85 
 
 
753 aa  214  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.03 
 
 
713 aa  213  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.8 
 
 
837 aa  213  2e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.85 
 
 
671 aa  213  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.34 
 
 
741 aa  213  2e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  29.5 
 
 
665 aa  213  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  29.24 
 
 
762 aa  213  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.99 
 
 
730 aa  212  3e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.99 
 
 
730 aa  212  3e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.44 
 
 
858 aa  212  4e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  28.79 
 
 
786 aa  211  7e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  28.03 
 
 
668 aa  211  7e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.25 
 
 
737 aa  211  7e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.16 
 
 
670 aa  211  7e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.74 
 
 
786 aa  211  8e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.29 
 
 
725 aa  210  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.7 
 
 
742 aa  210  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.44 
 
 
797 aa  210  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.85 
 
 
747 aa  210  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.46 
 
 
785 aa  209  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.93 
 
 
730 aa  209  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  30.63 
 
 
709 aa  209  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  29.49 
 
 
678 aa  209  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.82 
 
 
762 aa  209  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  30.63 
 
 
709 aa  209  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.21 
 
 
794 aa  209  3e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  27.71 
 
 
753 aa  208  4e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  30.7 
 
 
741 aa  209  4e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.71 
 
 
751 aa  209  4e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.81 
 
 
766 aa  208  4e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.71 
 
 
751 aa  208  4e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  30.54 
 
 
726 aa  208  5e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  30.85 
 
 
705 aa  208  5e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.71 
 
 
747 aa  208  5e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  27.71 
 
 
751 aa  208  5e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.67 
 
 
757 aa  208  5e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  28.61 
 
 
696 aa  208  5e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.65 
 
 
672 aa  208  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  31.26 
 
 
797 aa  208  6e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  29.78 
 
 
706 aa  207  7e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.06 
 
 
748 aa  207  7e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  28.55 
 
 
743 aa  207  9e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  28.15 
 
 
671 aa  207  9e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.12 
 
 
759 aa  206  1e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.82 
 
 
734 aa  207  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 
706 aa  206  2e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.57 
 
 
747 aa  206  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.53 
 
 
817 aa  206  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  31.12 
 
 
797 aa  206  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>