More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0055 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0080  rod shape-determining protein RodA  90.79 
 
 		 380 aa  690    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453004  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0055  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 380 aa  753    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00692025  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0063  rod shape-determining (RODA protein) transmembrane  82.11 
 
 		 380 aa  628  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.913941  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3363  rod shape-determining protein RodA  83.16 
 
 		 383 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3686  rod shape-determining protein RodA  82.89 
 
 		 383 aa  620  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.144684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4402  putative rod shape-determining protein, rodA  71.77 
 
 		 382 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0322  rod shape-determining protein RodA  71.5 
 
 		 382 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3052  rod shape-determining protein RodA  70.98 
 
 		 382 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6465  rod shape-determining protein RodA  70.71 
 
 		 382 aa  559  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.848347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3169  rod shape-determining protein RodA  71.24 
 
 		 382 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0940392  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2500  rod shape-determining protein RodA  70.45 
 
 		 382 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3114  rod shape-determining protein RodA  70.45 
 
 		 382 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.376248  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3130  rod shape-determining protein RodA  70.45 
 
 		 382 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.416509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0048  rod shape-determining protein RodA  71.05 
 
 		 382 aa  557  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2789  rod shape-determining protein RodA  69.92 
 
 		 382 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2290  rod shape-determining protein RodA  69.92 
 
 		 382 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765831  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0158  rod shape-determining protein RodA  69.92 
 
 		 382 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2370  rod shape-determining protein RodA  69.92 
 
 		 382 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0362  rod shape-determining protein RodA  69.66 
 
 		 382 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0177  rod shape-determining protein RodA  69.92 
 
 		 382 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0142  rod shape-determining protein RodA  70.45 
 
 		 382 aa  547  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0099283  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3111  rod shape-determining protein RodA  70.71 
 
 		 382 aa  545  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0166  rod shape-determining protein RodA  69.92 
 
 		 382 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215691  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3400  rod shape-determining protein RodA  66.76 
 
 		 384 aa  499  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.293133  normal  0.487857 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3371  rod shape-determining protein RodA  65.75 
 
 		 384 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0941  rod shape-determining protein RodA  65.52 
 
 		 384 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0846  rod shape-determining protein RodA  64.53 
 
 		 386 aa  482  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0813507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1486  rod shape-determining protein RodA  62.13 
 
 		 389 aa  483  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2957  rod shape-determining protein RodA  62.67 
 
 		 390 aa  477  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3647  rod shape-determining protein RodA  62.67 
 
 		 390 aa  477  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1091  rod shape-determining protein RodA  64.38 
 
 		 384 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1742  rod shape-determining protein RodA  65.16 
 
 		 383 aa  474  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0079  putative rod shape-determining transmembrane protein  63.16 
 
 		 385 aa  474  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2025  rod shape-determining protein RodA  65.78 
 
 		 383 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0161321  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0500  rod shape-determining protein RodA  61.73 
 
 		 384 aa  464  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0107532 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2191  rod shape-determining protein RodA  58.84 
 
 		 421 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.405813 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0112  rod shape-determining protein RodA  61.98 
 
 		 370 aa  404  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0240  rod shape-determining protein RodA  64.56 
 
 		 380 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0316  rod shape-determining protein RodA  57.67 
 
 		 366 aa  370  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2495  rod shape-determining protein RodA  56.39 
 
 		 364 aa  368  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0264  rod shape-determining protein RodA  56.4 
 
 		 366 aa  360  3e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.068566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  51.79 
 
 		 368 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  53.87 
 
 		 372 aa  350  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  51.79 
 
 		 367 aa  349  5e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  51.79 
 
 		 367 aa  349  6e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  51.79 
 
 		 367 aa  349  6e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  52.44 
 
 		 368 aa  345  7e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  51.79 
 
 		 368 aa  345  1e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1559  rod shape-determining protein RodA  50.55 
 
 		 374 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0999879  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  53.17 
 
 		 373 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  53.01 
 
 		 368 aa  340  2e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  52.15 
 
 		 368 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  52.15 
 
 		 368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  52.15 
 
 		 368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  52.15 
 
 		 368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  52.15 
 
 		 368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  52.42 
 
 		 368 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1714  rod shape-determining protein RodA  49.85 
 
 		 371 aa  336  5e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  51.16 
 
 		 373 aa  332  6e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0854  rod shape-determining protein RodA  51.58 
 
 		 368 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511765  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  51.01 
 
 		 372 aa  322  6e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  50.73 
 
 		 373 aa  322  6e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0173  rod shape-determining protein RodA  47.71 
 
 		 383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  49.14 
 
 		 371 aa  318  1e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1328  rod shape-determining protein rodA  48.22 
 
 		 372 aa  317  3e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  50.43 
 
 		 373 aa  315  9.999999999999999e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1270  rod shape-determining protein RodA  49.59 
 
 		 402 aa  314  1.9999999999999998e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.681615  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1325  rod shape-determining protein rodA  47.95 
 
 		 372 aa  312  5.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1180  cell wall shape-determining protein  48.35 
 
 		 370 aa  311  1e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0230726  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2965  cell wall shape-determining protein  48.76 
 
 		 370 aa  310  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01216  hypothetical protein  50.56 
 
 		 373 aa  309  5.9999999999999995e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3151  cell wall shape-determining protein  48.35 
 
 		 370 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0537844  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  46.05 
 
 		 403 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2196  rod shape-determining protein RodA  45.8 
 
 		 364 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465004 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2710  rod shape-determining protein RodA  50.44 
 
 		 361 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.217076  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1134  rod shape-determining protein RodA  48.34 
 
 		 366 aa  302  6.000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.536387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004223  rod shape-determining protein RodA  51.45 
 
 		 373 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000217373  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3022  cell wall shape-determining protein  49.45 
 
 		 370 aa  301  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00135301  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2950  cell wall shape-determining protein  49.45 
 
 		 370 aa  301  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00101238  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1850  cell wall shape-determining protein  49.18 
 
 		 370 aa  301  1e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4969  rod shape-determining protein RodA  49.18 
 
 		 380 aa  300  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1514  rod shape-determining protein  46.97 
 
 		 382 aa  300  4e-80  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0615  rod shape-determining protein RodA  48.54 
 
 		 381 aa  299  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.131957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1169  cell wall shape-determining protein  50.58 
 
 		 370 aa  299  5e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25541  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0681  cell wall shape-determining protein  49.86 
 
 		 370 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125336  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0755  cell wall shape-determining protein  49.86 
 
 		 370 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.850126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0799  cell wall shape-determining protein  49.86 
 
 		 370 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0574935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0741  cell wall shape-determining protein  49.86 
 
 		 370 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.175825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0695  cell wall shape-determining protein  49.86 
 
 		 370 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1009  rod shape-determining protein RodA  49 
 
 		 376 aa  298  1e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1091  cell wall shape-determining protein  49.86 
 
 		 370 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0654  cell wall shape-determining protein  49.13 
 
 		 370 aa  296  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00038599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2412  rod shape-determining protein RodA  47.97 
 
 		 380 aa  297  3e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.305525  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1634  rod shape-determining protein RodA  46.59 
 
 		 376 aa  296  4e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000283195  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1546  rod shape-determining protein RodA  47.86 
 
 		 381 aa  296  5e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.317218  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1485  rod shape-determining protein RodA  48.41 
 
 		 380 aa  296  6e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140754  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2992  rod shape-determining protein RodA  49.13 
 
 		 370 aa  295  7e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000333692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0723  cell wall shape-determining protein  49.13 
 
 		 370 aa  295  7e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000246706  normal  0.373531 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3011  cell wall shape-determining protein  49.13 
 
 		 370 aa  295  7e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000406019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0617  cell wall shape-determining protein  49.13 
 
 		 370 aa  295  7e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000737698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>