More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A3283 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  65.09 
 
 
551 aa  754    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
553 aa  1141    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  64.77 
 
 
549 aa  746    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  64.4 
 
 
549 aa  739    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  65.93 
 
 
546 aa  760    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  70.02 
 
 
545 aa  805    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  54.56 
 
 
546 aa  622  1e-177  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  56.8 
 
 
543 aa  622  1e-177  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  55.11 
 
 
544 aa  619  1e-176  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.56 
 
 
589 aa  618  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.21 
 
 
542 aa  616  1e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.17 
 
 
547 aa  617  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  52.47 
 
 
546 aa  613  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.13 
 
 
560 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.55 
 
 
546 aa  614  9.999999999999999e-175  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.01 
 
 
546 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.58 
 
 
547 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.93 
 
 
542 aa  612  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.01 
 
 
546 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.09 
 
 
547 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.26 
 
 
545 aa  614  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.09 
 
 
584 aa  611  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.76 
 
 
541 aa  609  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.4 
 
 
547 aa  608  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6172  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.58 
 
 
569 aa  611  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489705  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.48 
 
 
541 aa  608  1e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.2 
 
 
542 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.58 
 
 
569 aa  611  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.65 
 
 
542 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.03 
 
 
542 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.01 
 
 
544 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.01 
 
 
544 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.01 
 
 
544 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.01 
 
 
544 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.11 
 
 
558 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.37 
 
 
545 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.62 
 
 
561 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.37 
 
 
545 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.44 
 
 
562 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.2 
 
 
534 aa  604  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  51.55 
 
 
547 aa  602  1.0000000000000001e-171  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2456  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.81 
 
 
548 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  52.01 
 
 
542 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.65 
 
 
556 aa  600  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.08 
 
 
547 aa  597  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1367  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.03 
 
 
547 aa  598  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0878998  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4392  AMP-dependent synthetase and ligase  53.56 
 
 
542 aa  594  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2455  putative acyl-CoA synthetase  51.56 
 
 
542 aa  590  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.680464  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2733  AMP-dependent synthetase and ligase  54.13 
 
 
542 aa  591  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.996251  normal  0.088635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4934  putative acyl-CoA synthetase  50.83 
 
 
542 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115365  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1165  putative acyl-CoA synthetase  50.83 
 
 
542 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431504  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1267  putative acyl-CoA synthetase  50.09 
 
 
542 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.511865 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  52.4 
 
 
551 aa  587  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  51.09 
 
 
549 aa  586  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  53.15 
 
 
550 aa  584  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4187  AMP-dependent synthetase and ligase  51.2 
 
 
545 aa  570  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554867  normal  0.517417 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.18 
 
 
549 aa  571  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0759  putative acyl-CoA synthetase  49.82 
 
 
542 aa  570  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153349  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1315  AMP-dependent synthetase and ligase  50.64 
 
 
965 aa  562  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689219  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2845  AMP-dependent synthetase and ligase  51.58 
 
 
540 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  50.37 
 
 
534 aa  561  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0495  AMP-dependent synthetase and ligase  49 
 
 
553 aa  561  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.61838  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0437  AMP-dependent synthetase and ligase  49.82 
 
 
547 aa  553  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809367  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  48.99 
 
 
539 aa  548  1e-154  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.240297 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1180  AMP-dependent synthetase and ligase  51.75 
 
 
534 aa  541  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.941071  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2639  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.24 
 
 
480 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  47.83 
 
 
533 aa  526  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0260985  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1771  AMP-dependent synthetase and ligase  50.64 
 
 
539 aa  522  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0380  putative acyl-CoA synthetase  49.63 
 
 
545 aa  521  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0605  AMP-dependent synthetase and ligase  47.85 
 
 
516 aa  510  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.194166  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5711  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.78 
 
 
546 aa  505  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5421  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.59 
 
 
546 aa  504  1e-141  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5332  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.59 
 
 
546 aa  504  1e-141  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.7188  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4136  AMP-dependent synthetase and ligase  48.15 
 
 
587 aa  499  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.679053  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1316  AMP-dependent synthetase and ligase  50 
 
 
546 aa  501  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561388  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  47.52 
 
 
544 aa  498  1e-139  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  45.16 
 
 
542 aa  498  1e-139  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.97 
 
 
536 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.894837  normal  0.430514 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.08 
 
 
543 aa  491  1e-137  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102582  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3248  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.08 
 
 
543 aa  491  1e-137  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11076  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.83 
 
 
543 aa  489  1e-137  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0440642 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.08 
 
 
543 aa  491  1e-137  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.894285  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0767  AMP-dependent synthetase and ligase  48.88 
 
 
542 aa  488  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  46 
 
 
537 aa  483  1e-135  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  47.62 
 
 
544 aa  484  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  45.76 
 
 
544 aa  478  1e-133  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  47.29 
 
 
533 aa  475  1e-133  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.62 
 
 
537 aa  474  1e-132  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  45.25 
 
 
537 aa  472  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  45.54 
 
 
565 aa  474  1e-132  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.62 
 
 
537 aa  474  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.23 
 
 
537 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.88 
 
 
537 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.07 
 
 
537 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.02 
 
 
537 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.02 
 
 
537 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.88 
 
 
537 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.07 
 
 
537 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8848  AMP-dependent synthetase and ligase  44.38 
 
 
541 aa  468  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  45.42 
 
 
539 aa  462  1e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>