50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1800 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1800  GALA protein  100 
 
 		 401 aa  771    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0919922 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1801  GALA protein 3  51.6 
 
 		 522 aa  322  8e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.578004  normal  0.0997916 
 
 
-
 
NC_003296  RS01686  GALA protein 1  44.2 
 
 		 661 aa  246  4e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02003  GALA protein  41.56 
 
 		 518 aa  229  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128117  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1579  hypothetical protein  46.78 
 
 		 464 aa  225  1e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1356  GALA protein 4  39.1 
 
 		 620 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222227  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01777  GALA protein  35.18 
 
 		 981 aa  186  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.254341  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1357  GALA protein 5  34.21 
 
 		 647 aa  143  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.146674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0458  leucine-rich repeat-containing ribonuclease inhibitor  37.05 
 
 		 516 aa  129  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.363451  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4051  hypothetical protein  35.8 
 
 		 400 aa  116  6.9999999999999995e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1007  hypothetical protein  31.36 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34199  predicted protein  30.11 
 
 		 471 aa  92  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.499516 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1120  hypothetical protein  27.86 
 
 		 781 aa  91.3  3e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.829881 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42557  predicted protein  31.92 
 
 		 692 aa  89  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1542  Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype  25.21 
 
 		 344 aa  87  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.400143  hitchhiker  0.0000648259 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1477  hypothetical protein  30.91 
 
 		 614 aa  83.6  0.000000000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0112  cyclin domain-containing protein  32.99 
 
 		 770 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1436  hypothetical protein  29.33 
 
 		 815 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0147013 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3843  Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype  27.74 
 
 		 474 aa  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40174  predicted protein  29.41 
 
 		 897 aa  75.9  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0526  hypothetical protein  30.64 
 
 		 372 aa  73.6  0.000000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1227  hypothetical protein  35.44 
 
 		 430 aa  73.2  0.000000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00643545 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_2293  predicted protein  31.3 
 
 		 432 aa  72  0.00000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.531902 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34148  predicted protein  31.12 
 
 		 466 aa  68.2  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0271154  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_1199  predicted protein  25.62 
 
 		 486 aa  67.8  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1852  hypothetical protein  31.25 
 
 		 553 aa  67.8  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47188  predicted protein  29 
 
 		 916 aa  67.8  0.0000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1857  hypothetical protein  31.25 
 
 		 553 aa  67  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1493  small GTP-binding protein domain-containing protein  29.41 
 
 		 1107 aa  65.1  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5076  leucine-rich repeat-containing protein typical subtype  29.49 
 
 		 472 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.597323 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_5718  predicted protein  31.58 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0287737  decreased coverage  0.00877055 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_88061  predicted protein  30.45 
 
 		 936 aa  60.1  0.00000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0276819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0110  hypothetical protein  36.54 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0725  hypothetical protein  26.09 
 
 		 510 aa  55.8  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.426015 
 
 
-
 
NC_002950  PG0350  internalin-related protein  31.49 
 
 		 484 aa  55.8  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0909966 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6624  hypothetical protein  36.63 
 
 		 175 aa  54.3  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.299419  normal  0.194539 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_39238  predicted protein  26.77 
 
 		 591 aa  53.9  0.000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.975604  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3648  Serine/threonine protein kinase-related protein  21.01 
 
 		 1655 aa  52.8  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.152194  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1940  hypothetical protein  28.77 
 
 		 534 aa  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1383  hypothetical protein  27.02 
 
 		 465 aa  50.1  0.00007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1833  leucine-rich repeat-containing protein typical subtype  25.18 
 
 		 476 aa  48.9  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113448  normal  0.602761 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0025  cyclin domain-containing protein  30.18 
 
 		 807 aa  48.9  0.0002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03670  adenylate cyclase, putative  25.98 
 
 		 1344 aa  48.5  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338751  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1995  cell surface protein  23.55 
 
 		 1882 aa  46.6  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  unclonable  0.00993075  normal  0.508368 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0729  hypothetical protein  25.44 
 
 		 476 aa  44.7  0.003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1864  leucine-rich protein  28.37 
 
 		 1266 aa  44.7  0.003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_50414  predicted protein  33.57 
 
 		 262 aa  44.3  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0185184  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19830  leucine-rich repeat protein  26.07 
 
 		 531 aa  43.9  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_41374  predicted protein  33.57 
 
 		 262 aa  44.3  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00887084  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0620  hypothetical protein  29.81 
 
 		 219 aa  44.3  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>