296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0247 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0247  nitrogen-fixing NifU-like  100 
 
 		 188 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0463  nitrogen-fixing NifU-like  86.24 
 
 		 188 aa  336  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0585  nitrogen-fixing NifU-like  93.3 
 
 		 188 aa  326  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0040  putative nifU protein  81.58 
 
 		 189 aa  315  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15873  normal  0.567558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0457  Scaffold protein Nfu/NifU  84.83 
 
 		 188 aa  305  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0009  nitrogen-fixing NifU  73.33 
 
 		 190 aa  276  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.964123  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0016  nitrogen-fixing NifU-like  75.82 
 
 		 191 aa  276  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00443934  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0430  hypothetical protein  69.68 
 
 		 186 aa  273  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.255854  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0036  Scaffold protein Nfu/NifU  67.74 
 
 		 188 aa  268  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.231277 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0153  scaffold protein Nfu/NifU  69.79 
 
 		 190 aa  267  7e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4037  nitrogen-fixing NifU-like  69.84 
 
 		 189 aa  266  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0024  Scaffold protein Nfu/NifU  67.2 
 
 		 188 aa  264  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.419851 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1823  scaffold protein Nfu/NifU  68.62 
 
 		 186 aa  264  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.266684  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0036  scaffold protein Nfu/NifU  67.37 
 
 		 188 aa  259  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0881083  hitchhiker  0.0000181724 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1170  NifU family protein  64.89 
 
 		 192 aa  254  4e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.841091  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2900  Scaffold protein Nfu/NifU  63.83 
 
 		 187 aa  254  5e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.25177 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4429  Scaffold protein Nfu/NifU  66.67 
 
 		 187 aa  253  9e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.021918  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0140  NifU-related protein  67.54 
 
 		 190 aa  251  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0134  NifU-related protein  67.54 
 
 		 190 aa  251  3e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00825478  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3522  Scaffold protein Nfu/NifU  64.02 
 
 		 188 aa  251  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.128195  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3198  scaffold protein Nfu/NifU  64.02 
 
 		 188 aa  251  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.113842  normal  0.941743 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3394  Scaffold protein Nfu/NifU  64.02 
 
 		 188 aa  251  6e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3091  nitrogen-fixing NifU-like  61.17 
 
 		 187 aa  247  7e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.758224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0865  nitrogen-fixing NifU-like  63.83 
 
 		 187 aa  243  8e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0531  NifU domain-containing protein  64.36 
 
 		 184 aa  238  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1051  scaffold protein Nfu/NifU  65.43 
 
 		 187 aa  236  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.906453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0889  NifU domain-containing protein  60.62 
 
 		 186 aa  236  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0368383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3394  scaffold protein Nfu/NifU  64.21 
 
 		 187 aa  236  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.252706 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0644  scaffold protein Nfu/NifU  66.32 
 
 		 188 aa  234  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.728561 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2839  hypothetical protein  59.26 
 
 		 187 aa  231  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0061746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3611  scaffold protein Nfu/NifU  61.9 
 
 		 201 aa  232  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2214  nitrogen-fixing NifU  60.62 
 
 		 186 aa  226  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.731458  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2279  NifU domain-containing protein  59.59 
 
 		 186 aa  225  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.473385  normal  0.588083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3531  nitrogen-fixing NifU-like  56.91 
 
 		 183 aa  223  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2380  scaffold protein Nfu/NifU-like protein  57.22 
 
 		 192 aa  220  8e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2071  nitrogen-fixing NifU-like protein  54.74 
 
 		 190 aa  216  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0389413  normal  0.471165 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0988  nitrogen-fixing NifU-like  57.37 
 
 		 195 aa  209  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1775  NifU domain-containing protein  61.17 
 
 		 185 aa  207  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2095  Scaffold protein Nfu/NifU  55.79 
 
 		 187 aa  203  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.724202  normal  0.959854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0019  scaffold protein Nfu/NifU  54.55 
 
 		 189 aa  202  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.01661  normal  0.743316 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3028  NifU domain-containing protein  52.63 
 
 		 187 aa  196  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1075  NifU domain-containing protein  48.91 
 
 		 191 aa  186  2e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.152457  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30771  predicted protein  49.46 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.777457  normal  0.560204 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0817  NifU-like domain-containing protein  45.83 
 
 		 180 aa  179  2e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.946784  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG01900  iron ion homeostasis-related protein, putative  50 
 
 		 309 aa  178  2.9999999999999997e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0800  nitrogen-fixing NifU, C-terminal  48.94 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0202  NifU domain-containing protein  44.97 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.419863  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00447  NifU-related protein (AFU_orthologue; AFUA_1G04680)  44.33 
 
 		 326 aa  170  9e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.215741  normal  0.563754 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82838  predicted protein  42.71 
 
 		 254 aa  167  7e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0133189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_16693  predicted protein  43.59 
 
 		 195 aa  151  5e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2934  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.08 
 
 		 183 aa  150  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0974289 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76567  predicted protein  42.86 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.000975228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0722  nitrogen-fixing NifU domain protein  37.7 
 
 		 198 aa  138  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0513742 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0365  thioredoxin-related protein  40.44 
 
 		 191 aa  137  6e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.299726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1676  NifU domain-containing protein  37.43 
 
 		 299 aa  124  7e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2479  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.5 
 
 		 200 aa  120  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40084  normal  0.245689 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4882  nitrogen-fixing NifU domain protein  36.79 
 
 		 198 aa  118  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.436115  normal  0.113106 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01075  NifU-like domain protein  31.41 
 
 		 305 aa  109  3e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0701  nitrogen-fixing NifU-like  32.04 
 
 		 186 aa  99.4  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1955  nitrogen-fixing NifU domain protein  30.17 
 
 		 299 aa  92.4  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1865  nitrogen-fixing NifU-like  26.37 
 
 		 186 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2988  nitrogen-fixing NifU domain protein  26.56 
 
 		 202 aa  72  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0889  nitrogen-fixing NifU domain protein  48.33 
 
 		 72 aa  68.2  0.00000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000213557  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3402  nitrogen-fixing NifU-like  43.24 
 
 		 80 aa  65.5  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.168954 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0522  NifU domain-containing protein  47.83 
 
 		 80 aa  64.3  0.0000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03110  nitrogen-fixing NifU domain protein  45.31 
 
 		 74 aa  64.7  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1148  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.56 
 
 		 79 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.52272 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1119  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.56 
 
 		 79 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0955  NifU domain-containing protein  41.67 
 
 		 80 aa  63.5  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0936  NifU domain-containing protein  41.67 
 
 		 80 aa  63.5  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00633324  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3554  NifU domain-containing protein  46.77 
 
 		 78 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3484  nitrogen-fixing NifU domain protein  44.44 
 
 		 74 aa  62.4  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000024465  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1070  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.25 
 
 		 76 aa  61.6  0.000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0330  nitrogen-fixing NifU-like protein  42.25 
 
 		 91 aa  61.2  0.000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1466  nitrogen-fixing NifU domain protein  47.37 
 
 		 73 aa  61.2  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15130  thioredoxin-like protein  42.86 
 
 		 76 aa  60.5  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.206063 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12230  thioredoxin-like protein  47.54 
 
 		 75 aa  60.5  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000175361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5056  nifU domain protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5086  NifU domain-containing protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4771  NifU domain-containing protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4821  NifU domain-containing protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4659  NifU domain-containing protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4678  NifU domain-containing protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5186  NifU domain-containing protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0962  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.85 
 
 		 81 aa  60.5  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5092  nifU domain protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0148  nifU domain protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5094  nifU domain protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3614  nitrogen-fixing NifU domain protein  50.88 
 
 		 73 aa  60.5  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0187737  normal  0.20097 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1782  NifU family protein  40.62 
 
 		 88 aa  60.1  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3034  nitrogen-fixing NifU-like  38.67 
 
 		 76 aa  60.1  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0110  conserved hypothetical protein, NifU family protein  43.08 
 
 		 91 aa  59.3  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000197902  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2023  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.89 
 
 		 81 aa  59.3  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3441  nitrogen-fixing NifU domain-containing protein  37.18 
 
 		 79 aa  59.3  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16946  predicted protein  40.54 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2331  NifU-like protein  48.33 
 
 		 103 aa  58.9  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00196281  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1107  nitrogen-fixing NifU domain protein  44.26 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162394  hitchhiker  0.0000000000000133842 
 
 
-
 
NC_002936  DET1632  NifU-like protein  46.48 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000186996  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2034  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.98 
 
 		 76 aa  58.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0101  Fe-S cluster assembly protein NifU  36.62 
 
 		 283 aa  58.5  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>