79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1318 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  81.97 
 
 		 477 aa  727    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  100 
 
 		 477 aa  925    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  82.39 
 
 		 477 aa  717    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  71.82 
 
 		 477 aa  647    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  81.34 
 
 		 477 aa  727    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  65.21 
 
 		 480 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  63.83 
 
 		 476 aa  530  1e-149  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  60.81 
 
 		 475 aa  508  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  61.72 
 
 		 483 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  63.64 
 
 		 481 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  64.08 
 
 		 481 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  63.05 
 
 		 476 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  63.41 
 
 		 481 aa  484  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  59.27 
 
 		 484 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  58.82 
 
 		 475 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  58.61 
 
 		 475 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  58 
 
 		 478 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  56.78 
 
 		 481 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  61.39 
 
 		 475 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  58.4 
 
 		 473 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  57.98 
 
 		 473 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  54.33 
 
 		 459 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  56.47 
 
 		 479 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  56.47 
 
 		 479 aa  435  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  56.25 
 
 		 479 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  55.49 
 
 		 478 aa  427  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  53.46 
 
 		 459 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  50.54 
 
 		 475 aa  424  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  53.46 
 
 		 459 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  55.41 
 
 		 467 aa  418  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  53.3 
 
 		 465 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  36.07 
 
 		 472 aa  218  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  35.33 
 
 		 474 aa  218  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  34.88 
 
 		 474 aa  211  3e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  30.89 
 
 		 432 aa  159  9e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  32.55 
 
 		 433 aa  152  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.2 
 
 		 434 aa  144  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  28.97 
 
 		 434 aa  143  6e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  31.22 
 
 		 433 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  27.92 
 
 		 488 aa  127  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  29.05 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  26.74 
 
 		 487 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  26.74 
 
 		 487 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  25.16 
 
 		 477 aa  124  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  27.86 
 
 		 483 aa  123  6e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  29.62 
 
 		 449 aa  123  9e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  28.65 
 
 		 472 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  24.88 
 
 		 481 aa  119  7.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  30.11 
 
 		 449 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  29.3 
 
 		 449 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  24.85 
 
 		 472 aa  117  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  28.54 
 
 		 448 aa  114  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  28.72 
 
 		 448 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  28.14 
 
 		 438 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  28.57 
 
 		 450 aa  111  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  27.41 
 
 		 447 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  30 
 
 		 455 aa  110  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  28.33 
 
 		 478 aa  110  8.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  29.62 
 
 		 452 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  30.59 
 
 		 427 aa  107  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  27.41 
 
 		 447 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  29.87 
 
 		 459 aa  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  29.29 
 
 		 449 aa  100  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  29.92 
 
 		 458 aa  100  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  27.73 
 
 		 448 aa  100  8e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  27.63 
 
 		 457 aa  99.8  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  27.79 
 
 		 444 aa  99.8  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  29.35 
 
 		 447 aa  99.4  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  33.84 
 
 		 448 aa  99  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  28.54 
 
 		 459 aa  98.2  3e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  26.23 
 
 		 457 aa  97.4  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  28.21 
 
 		 433 aa  97.4  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  29.2 
 
 		 427 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  29.2 
 
 		 427 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  25.46 
 
 		 455 aa  92  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  31.9 
 
 		 512 aa  87.4  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  25.06 
 
 		 452 aa  86.7  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  35.57 
 
 		 463 aa  66.6  0.0000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  25.21 
 
 		 417 aa  54.3  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>