More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1197 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
313 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.26 
 
 
313 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  84.98 
 
 
313 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  87.54 
 
 
313 aa  527  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.9 
 
 
313 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.88 
 
 
314 aa  424  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.65 
 
 
313 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.01 
 
 
313 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.86 
 
 
313 aa  403  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.54 
 
 
315 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.98 
 
 
313 aa  378  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  61.41 
 
 
298 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.27 
 
 
313 aa  362  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.29 
 
 
311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.55 
 
 
313 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5089  branched-chain amino acid ABC transporter membrane protein  57.69 
 
 
311 aa  354  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.242511  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.51 
 
 
313 aa  347  2e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.589529  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.39 
 
 
311 aa  342  4e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.153142  normal  0.0602666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.62 
 
 
308 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.92 
 
 
313 aa  291  7e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
313 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
313 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 
313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.28 
 
 
313 aa  277  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  45.05 
 
 
306 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
306 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
306 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  45.05 
 
 
306 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  45.05 
 
 
306 aa  277  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  45.05 
 
 
306 aa  277  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  45.05 
 
 
306 aa  277  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  46.33 
 
 
313 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  45.05 
 
 
306 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
334 aa  276  3e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  44.73 
 
 
306 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
311 aa  272  6e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 
313 aa  271  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
317 aa  269  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  46.28 
 
 
314 aa  269  4e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
308 aa  269  5e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  43.45 
 
 
306 aa  268  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  43.45 
 
 
306 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  43.45 
 
 
306 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  43.45 
 
 
306 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  43.45 
 
 
306 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 
333 aa  268  1e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.13 
 
 
306 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  43.13 
 
 
307 aa  264  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
306 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
306 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
306 aa  261  8.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
306 aa  261  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.95 
 
 
306 aa  261  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
306 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
315 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.95 
 
 
313 aa  259  4e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
334 aa  259  4e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  43.13 
 
 
306 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  43.13 
 
 
306 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 
334 aa  259  5.0000000000000005e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
306 aa  259  6e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
335 aa  258  6e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
306 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
306 aa  258  7e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
306 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.13 
 
 
306 aa  258  9e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
307 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  42.81 
 
 
306 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.85 
 
 
306 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.45 
 
 
315 aa  256  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  42.81 
 
 
327 aa  256  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
307 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.49 
 
 
306 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  42.49 
 
 
306 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.49 
 
 
306 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.49 
 
 
306 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  46.3 
 
 
317 aa  255  7e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.11 
 
 
336 aa  254  9e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.81 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.98 
 
 
317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  40.72 
 
 
334 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
334 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  40.65 
 
 
339 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  41.62 
 
 
336 aa  253  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  41.02 
 
 
336 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
334 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
306 aa  252  6e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  40.36 
 
 
339 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  40.36 
 
 
339 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  40.36 
 
 
339 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  40.36 
 
 
339 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  40.36 
 
 
339 aa  251  8.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  42.95 
 
 
313 aa  251  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  40.06 
 
 
339 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  40.06 
 
 
339 aa  251  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
336 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>