More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5188 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  96.77 
 
 		 341 aa  677    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  96.48 
 
 		 341 aa  653    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  97.36 
 
 		 341 aa  660    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  100 
 
 		 341 aa  696    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  91.15 
 
 		 341 aa  623  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  73.35 
 
 		 341 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  73.35 
 
 		 341 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  74.92 
 
 		 340 aa  499  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  62.84 
 
 		 340 aa  431  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  60.77 
 
 		 341 aa  430  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  60.24 
 
 		 347 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  59.7 
 
 		 340 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4694  extracellular solute-binding protein  63.92 
 
 		 349 aa  418  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  60.51 
 
 		 351 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  59.81 
 
 		 351 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  59.49 
 
 		 351 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  55.77 
 
 		 345 aa  368  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  50.3 
 
 		 336 aa  325  5e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50 
 
 		 336 aa  324  1e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.15 
 
 		 339 aa  318  7.999999999999999e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5871  extracellular solute-binding protein family 1  48.25 
 
 		 342 aa  317  2e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0432658  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  46.48 
 
 		 358 aa  309  5.9999999999999995e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  46.48 
 
 		 358 aa  308  9e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  46.48 
 
 		 358 aa  308  9e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  46.48 
 
 		 358 aa  308  9e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  46.48 
 
 		 358 aa  308  9e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  46.48 
 
 		 358 aa  308  9e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  46.48 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  49.68 
 
 		 346 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  50.47 
 
 		 335 aa  306  4.0000000000000004e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  45.92 
 
 		 358 aa  305  6e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  46.2 
 
 		 358 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  46.75 
 
 		 351 aa  303  4.0000000000000003e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  49.04 
 
 		 356 aa  300  3e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  37.24 
 
 		 339 aa  233  5e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  38.84 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  35.25 
 
 		 343 aa  162  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  34.78 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  30.96 
 
 		 342 aa  156  6e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  34.25 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1363  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 		 340 aa  146  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.634696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  36.33 
 
 		 340 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.63 
 
 		 344 aa  143  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  31.67 
 
 		 346 aa  142  6e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  30.42 
 
 		 337 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  33.59 
 
 		 344 aa  142  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  32.58 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  32.57 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  30.33 
 
 		 342 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.53 
 
 		 341 aa  136  6.0000000000000005e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.53 
 
 		 341 aa  135  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  32.36 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  30.5 
 
 		 378 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  30.36 
 
 		 343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.45 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  31.85 
 
 		 341 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  29.45 
 
 		 347 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 344 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  28.62 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  28.48 
 
 		 350 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1638  iron ABC transporter substrate-binding protein  33.8 
 
 		 266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0009  extracellular solute-binding protein family 1  30.37 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.892782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 350 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 		 322 aa  126  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.44 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2736  extracellular solute-binding protein family 1  31.03 
 
 		 325 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4649  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 335 aa  119  7.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  30.1 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  31 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04090  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  27.69 
 
 		 367 aa  116  5e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.510256 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  30.29 
 
 		 325 aa  113  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2025  extracellular solute-binding protein family 1  30.6 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.727103  hitchhiker  0.0000000026678 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  32.3 
 
 		 364 aa  112  7.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2481  extracellular solute-binding protein family 1  30.16 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.37214  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2031  ABC-type transporter, periplasmic component  28.36 
 
 		 331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.702659  hitchhiker  0.000664756 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0120  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  28.34 
 
 		 333 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3474  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.62 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.586797  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1078  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  26.6 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 368 aa  102  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1485  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 		 470 aa  102  7e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0472403  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0223  hypothetical protein  25.96 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5572  putative lipoprotein  30.13 
 
 		 344 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5382  putative lipoprotein  30.13 
 
 		 344 aa  100  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5376  putative lipoprotein  28.52 
 
 		 344 aa  100  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 327 aa  99.4  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5430  putative lipoprotein  28.15 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4941  ABC transporter substrate-binding protein  27.78 
 
 		 344 aa  98.6  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4956  ABC transporter substrate-binding protein  29.29 
 
 		 344 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 338 aa  98.2  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0223  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.32 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5110  putative lipoprotein  28.87 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5501  putative lipoprotein  28.87 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5052  putative lipoprotein  28.23 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5350  putative lipoprotein  28.87 
 
 		 344 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>