More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0703 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  100 
 
 		 269 aa  534  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4574  ribonuclease H  62.44 
 
 		 202 aa  224  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  58.05 
 
 		 248 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  56.34 
 
 		 217 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  56.34 
 
 		 217 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  60.96 
 
 		 248 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  57.21 
 
 		 210 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  55.05 
 
 		 199 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0120  ribonuclease HII  56.22 
 
 		 212 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  60 
 
 		 201 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  50.23 
 
 		 229 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  58.59 
 
 		 213 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1470  ribonuclease HII  56.22 
 
 		 212 aa  199  3e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  60.22 
 
 		 201 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  52.71 
 
 		 213 aa  198  9e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  60.99 
 
 		 218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  58.79 
 
 		 210 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  61.5 
 
 		 214 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  61.5 
 
 		 214 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  59.79 
 
 		 214 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  61.5 
 
 		 214 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3270  ribonuclease HII  61.5 
 
 		 214 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000737319  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1313  ribonuclease HII  61.5 
 
 		 214 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00162066  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2422  ribonuclease HII  61.5 
 
 		 214 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000428257  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  52.5 
 
 		 229 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2041  ribonuclease HII  61.5 
 
 		 214 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000010241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2568  ribonuclease HII  60.96 
 
 		 214 aa  194  9e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.446358  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  59.34 
 
 		 217 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  58.55 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  58.73 
 
 		 214 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  58.73 
 
 		 214 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  58.82 
 
 		 208 aa  192  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  57.59 
 
 		 249 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  57.69 
 
 		 202 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  59.89 
 
 		 207 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  59.89 
 
 		 207 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  51.6 
 
 		 212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  59.68 
 
 		 207 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  59.34 
 
 		 207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  54.69 
 
 		 226 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  54.82 
 
 		 229 aa  189  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  59.34 
 
 		 207 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2343  ribonuclease HII  57.54 
 
 		 292 aa  188  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.391883 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  55.9 
 
 		 230 aa  188  9e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1437  ribonuclease HII  59.26 
 
 		 196 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.480003  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  59.78 
 
 		 240 aa  186  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  53.66 
 
 		 232 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  56.99 
 
 		 198 aa  185  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  55.03 
 
 		 236 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  56.99 
 
 		 198 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  56.99 
 
 		 198 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  56.99 
 
 		 198 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  56.99 
 
 		 198 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  56.99 
 
 		 198 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  50.7 
 
 		 211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  54.07 
 
 		 214 aa  184  1.0000000000000001e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 203 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  53.43 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3147  ribonuclease HII  54.36 
 
 		 213 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.236655  normal  0.0126167 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  54.64 
 
 		 199 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2192  RNase HII  56.83 
 
 		 218 aa  184  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  51.76 
 
 		 210 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  55.38 
 
 		 199 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0521  ribonuclease HII  59.26 
 
 		 197 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0023  ribonuclease HII  55.28 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0404773  normal  0.332013 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0067  ribonuclease HII  56.78 
 
 		 212 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  55.32 
 
 		 198 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01115  ribonuclease HII  56.48 
 
 		 211 aa  182  4.0000000000000006e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0002331  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  58.47 
 
 		 198 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  55.32 
 
 		 197 aa  182  6e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 198 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 206 aa  181  8.000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  56.76 
 
 		 199 aa  181  9.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1103  ribonuclease HII  46.73 
 
 		 198 aa  181  1e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  56.02 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  58.12 
 
 		 209 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 198 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  58.12 
 
 		 209 aa  180  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  48.13 
 
 		 257 aa  179  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 198 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  54.01 
 
 		 198 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  54.01 
 
 		 198 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  50.25 
 
 		 218 aa  178  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1850  RNase HII  57.59 
 
 		 198 aa  178  9e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26934  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  55.38 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  55.38 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  52.97 
 
 		 201 aa  177  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  55.38 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0963  ribonuclease HII  54.26 
 
 		 198 aa  178  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.765501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  44.6 
 
 		 277 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  55.91 
 
 		 198 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  55.91 
 
 		 198 aa  177  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  55.91 
 
 		 198 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  52.08 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  55.91 
 
 		 198 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  55.32 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  53.48 
 
 		 198 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1596  Ribonuclease H  51.21 
 
 		 208 aa  176  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0869663 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  55.38 
 
 		 198 aa  176  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  55.38 
 
 		 198 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>