More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3525 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
444 aa  922  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  68.2 
 
 
436 aa  609  1e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  64.97 
 
 
435 aa  602  1e-171  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  66.9 
 
 
437 aa  601  1e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  65.28 
 
 
437 aa  601  1e-171  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  65.35 
 
 
437 aa  594  1e-169  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.26 
 
 
433 aa  581  1e-165  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.36 
 
 
435 aa  538  1e-152  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  51.38 
 
 
434 aa  471  1e-131  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  49.54 
 
 
440 aa  454  1e-126  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.99 
 
 
442 aa  443  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.12 
 
 
429 aa  432  1e-120  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.13 
 
 
431 aa  428  1e-119  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.71 
 
 
433 aa  430  1e-119  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  47.42 
 
 
438 aa  418  1e-115  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.38 
 
 
432 aa  416  1e-115  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.5 
 
 
446 aa  386  1e-106  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  2.58003e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.43 
 
 
444 aa  388  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.94 
 
 
446 aa  375  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.43108e-05  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.89 
 
 
442 aa  369  1e-101  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  9.336e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.82 
 
 
440 aa  371  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  2.98883e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.08 
 
 
442 aa  360  3e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.0077e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.55 
 
 
436 aa  360  4e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  43.44 
 
 
483 aa  358  2e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.16 
 
 
450 aa  356  4e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.16014e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  41.08 
 
 
445 aa  355  7e-97  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.99 
 
 
469 aa  354  2e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.99 
 
 
469 aa  353  3e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.86 
 
 
445 aa  353  3e-96  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.82 
 
 
447 aa  352  1e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.31 
 
 
470 aa  351  2e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.38 
 
 
453 aa  350  2e-95  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  1.62674e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.09 
 
 
440 aa  350  3e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  7.30864e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  39.69 
 
 
445 aa  346  4e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.3464e-13  hitchhiker  3.00152e-20 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.16 
 
 
448 aa  346  5e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.30586e-35 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.37 
 
 
448 aa  346  6e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.99844e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.61 
 
 
444 aa  346  6e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.16 
 
 
448 aa  345  9e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  7.54849e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.84 
 
 
463 aa  345  1e-93  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.99 
 
 
486 aa  344  2e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.89 
 
 
449 aa  334  2e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  37.42 
 
 
455 aa  333  3e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  38.53 
 
 
440 aa  330  4e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  39.18 
 
 
439 aa  328  9e-89  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.07 
 
 
430 aa  328  2e-88  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.73 
 
 
431 aa  323  4e-87  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.99 
 
 
452 aa  319  6e-86  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  40.17 
 
 
458 aa  318  1e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  38.74 
 
 
432 aa  318  2e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  40.04 
 
 
450 aa  316  6e-85  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.74 
 
 
471 aa  315  8e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.5 
 
 
430 aa  315  1e-84  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  1.36513e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.44 
 
 
430 aa  314  2e-84  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.36 
 
 
430 aa  313  3e-84  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  39.06 
 
 
440 aa  312  6e-84  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.97 
 
 
450 aa  311  1e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.9 
 
 
435 aa  311  1e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.62 
 
 
450 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  39.2 
 
 
453 aa  310  4e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  3.95672e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  38.26 
 
 
452 aa  310  4e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  38.89 
 
 
471 aa  308  1e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.89 
 
 
438 aa  308  1e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  38.12 
 
 
454 aa  307  2e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  39.78 
 
 
466 aa  308  2e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.45 
 
 
427 aa  306  4e-82  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.44 
 
 
442 aa  306  6e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0233399  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.89 
 
 
440 aa  306  7e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.87 
 
 
436 aa  305  9e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.01 
 
 
470 aa  305  1e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.28 
 
 
440 aa  305  1e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
446 aa  304  2e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0728871  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  38.43 
 
 
462 aa  304  2e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  38.98 
 
 
472 aa  303  3e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4140  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.39 
 
 
441 aa  303  3e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.124095 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.77 
 
 
441 aa  302  7e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  38.77 
 
 
441 aa  302  7e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.77 
 
 
441 aa  302  7e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.77 
 
 
441 aa  302  7e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.77 
 
 
441 aa  302  7e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  38.77 
 
 
441 aa  302  7e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.77 
 
 
441 aa  302  7e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.77 
 
 
441 aa  302  7e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.77 
 
 
441 aa  302  8e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1639  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.72 
 
 
448 aa  302  8e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.981602 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.18 
 
 
440 aa  301  1e-80  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  37.78 
 
 
454 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.96 
 
 
531 aa  301  2e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0770  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.2 
 
 
457 aa  301  2e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.579434 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.19 
 
 
453 aa  301  2e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.87 
 
 
525 aa  300  3e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  38.08 
 
 
479 aa  299  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0160  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.26 
 
 
401 aa  299  6e-80  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.57 
 
 
449 aa  299  7e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.7 
 
 
441 aa  299  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.7 
 
 
441 aa  299  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.7 
 
 
441 aa  299  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.7 
 
 
441 aa  299  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.34 
 
 
449 aa  298  9e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  37.33 
 
 
454 aa  298  1e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.79 
 
 
458 aa  298  1e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>