286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3956 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR0144  PII uridylyl-transferase  45.85 
 
 		 934 aa  722    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0045  PII uridylyl-transferase  43.25 
 
 		 968 aa  687    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.893675 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0133  PII uridylyl-transferase  41.55 
 
 		 925 aa  667    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.633689  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1811  PII uridylyl-transferase  67.87 
 
 		 930 aa  1234    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0382  PII uridylyl-transferase  43.86 
 
 		 928 aa  716    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.267202 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0414  PII uridylyl-transferase  44.64 
 
 		 928 aa  723    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.394312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2833  PII uridylyl-transferase  62.5 
 
 		 943 aa  1138    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0031  PII uridylyl-transferase  43.76 
 
 		 949 aa  692    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000404003 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3543  PII uridylyl-transferase  43.9 
 
 		 935 aa  715    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.654766 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3539  PII uridylyl-transferase  43 
 
 		 936 aa  704    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2185  PII uridylyl-transferase  44.03 
 
 		 936 aa  710    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00224079  normal  0.664857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0032  PII uridylyl-transferase  43.65 
 
 		 932 aa  695    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.968292  normal  0.957944 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0682  PII uridylyl-transferase  43.72 
 
 		 912 aa  695    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0897  PII uridylyl-transferase  64.66 
 
 		 914 aa  1138    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.88473 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0458  PII uridylyl-transferase  67.76 
 
 		 930 aa  1231    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0418586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3602  PII uridylyl-transferase  45.91 
 
 		 931 aa  804    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0342  PII uridylyl-transferase  42.71 
 
 		 931 aa  698    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0116  PII uridylyl-transferase  42.94 
 
 		 933 aa  689    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0226  PII uridylyl-transferase  42.33 
 
 		 931 aa  691    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.952956  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0424  PII uridylyl-transferase  44.47 
 
 		 941 aa  687    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0469  PII uridylyl-transferase  68.93 
 
 		 930 aa  1249    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0882544 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0446  PII uridylyl-transferase  62.01 
 
 		 893 aa  1129    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2787  PII uridylyl-transferase  44.62 
 
 		 935 aa  698    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.565994  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0139  PII uridylyl-transferase  45.73 
 
 		 934 aa  720    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0284  PII uridylyl-transferase  43.6 
 
 		 969 aa  734    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.610069  normal  0.0372398 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4033  PII uridylyl-transferase  44.72 
 
 		 912 aa  717    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.23625  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0157  PII uridylyl-transferase  44.82 
 
 		 934 aa  737    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0335  PII uridylyl-transferase  43.86 
 
 		 928 aa  717    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0030  PII uridylyl-transferase  42.81 
 
 		 968 aa  681    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.892083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1147  PII uridylyl-transferase  44.79 
 
 		 1029 aa  720    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845695  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0594  PII uridylyl-transferase  42.65 
 
 		 933 aa  697    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3956  PII uridylyl-transferase  100 
 
 		 936 aa  1902    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.619091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3127  PII uridylyl-transferase  44.46 
 
 		 953 aa  671    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2799  PII uridylyl-transferase  43.59 
 
 		 937 aa  687    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7648  PII uridylyl-transferase  43.5 
 
 		 931 aa  706    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.285774 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0009  PII uridylyl-transferase  41.71 
 
 		 941 aa  618  1e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0914  PII uridylyl-transferase  40.56 
 
 		 938 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0300  PII uridylyl-transferase  38.19 
 
 		 989 aa  550  1e-155  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.940535  normal  0.172702 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1411  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  37.34 
 
 		 924 aa  534  1e-150  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1426  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  35.37 
 
 		 899 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.918297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1877  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.98 
 
 		 894 aa  505  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2333  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.51 
 
 		 894 aa  501  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3022  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  37.96 
 
 		 936 aa  478  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1820  protein-P-II uridylyltransferase, putative  33.37 
 
 		 902 aa  475  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.074397  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2384  metal dependent phosphohydrolase  34.03 
 
 		 898 aa  473  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2691  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.04 
 
 		 900 aa  452  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.79049  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1343  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.51 
 
 		 905 aa  441  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1512  protein-P-II uridylyltransferase  31.78 
 
 		 906 aa  431  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  33.29 
 
 		 900 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  33.05 
 
 		 900 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  33.05 
 
 		 900 aa  429  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  32.74 
 
 		 900 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.16 
 
 		 894 aa  422  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  33.57 
 
 		 899 aa  418  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.02 
 
 		 893 aa  418  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0567  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.9 
 
 		 887 aa  414  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  32.29 
 
 		 892 aa  410  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  32.85 
 
 		 900 aa  412  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  32.12 
 
 		 900 aa  412  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  33.73 
 
 		 899 aa  412  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  33.7 
 
 		 899 aa  410  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2766  (protein-PII) uridylyltransferase  45.99 
 
 		 487 aa  412  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.66342  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  32.82 
 
 		 898 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0561  PII uridylyl-transferase  33.21 
 
 		 891 aa  403  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.113275  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  33.13 
 
 		 877 aa  399  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  32.51 
 
 		 900 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1270  metal dependent phosphohydrolase  29.76 
 
 		 897 aa  399  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.439382 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0574  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.46 
 
 		 864 aa  397  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.342423  normal  0.895428 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2550  PII uridylyl-transferase  32.24 
 
 		 881 aa  398  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3792  PII uridylyl-transferase  32.08 
 
 		 892 aa  394  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.991129  hitchhiker  0.000938474 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  32.58 
 
 		 900 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1341  PII uridylyl-transferase  32.69 
 
 		 898 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2253  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.77 
 
 		 930 aa  392  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00165  PII uridylyl-transferase  32.07 
 
 		 890 aa  389  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3436  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.07 
 
 		 890 aa  387  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00164  hypothetical protein  32.07 
 
 		 890 aa  389  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.920413  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2983  PII uridylyl-transferase  32.15 
 
 		 890 aa  389  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0177  PII uridylyl-transferase  32.07 
 
 		 890 aa  388  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2164  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.13 
 
 		 930 aa  388  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191815  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0159  PII uridylyl-transferase  32.07 
 
 		 890 aa  389  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0691765  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1468  metal dependent phosphohydrolase  32.19 
 
 		 889 aa  388  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3493  PII uridylyl-transferase  32.07 
 
 		 890 aa  389  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.761936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0169  PII uridylyl-transferase  32.07 
 
 		 890 aa  388  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0253  PII uridylyl-transferase  32.74 
 
 		 890 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1692  metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 930 aa  385  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.427674  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1011  PII uridylyl-transferase  32.14 
 
 		 893 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0170  PII uridylyl-transferase  32.07 
 
 		 890 aa  385  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.751876  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0235  PII uridylyl-transferase  32.87 
 
 		 890 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0251  PII uridylyl-transferase  32.87 
 
 		 890 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.372246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0175  PII uridylyl-transferase  31.83 
 
 		 890 aa  386  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0452861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1064  PII uridylyl-transferase  32.14 
 
 		 912 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3437  PII uridylyl-transferase  32.14 
 
 		 893 aa  384  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0235  PII uridylyl-transferase  32.87 
 
 		 890 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.862739  normal  0.902468 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0238  PII uridylyl-transferase  32.74 
 
 		 890 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0939  PII uridylyl-transferase  31.57 
 
 		 904 aa  382  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119925  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3167  PII uridylyl-transferase  32.14 
 
 		 893 aa  382  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1287  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  29.27 
 
 		 888 aa  380  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.934135  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1853  PII uridylyl-transferase  31.64 
 
 		 881 aa  381  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172176  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1679  PII uridylyl-transferase  32.54 
 
 		 859 aa  381  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894657  normal  0.0862944 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1433  PII uridylyl-transferase  32.21 
 
 		 857 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000939305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>