More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0726 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0726  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 187 aa  364  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.15869  normal  0.498503 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  64.37 
 
 		 169 aa  208  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  67.35 
 
 		 155 aa  202  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1656  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.21 
 
 		 151 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  67.63 
 
 		 156 aa  185  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.91 
 
 		 156 aa  182  3e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  66.67 
 
 		 145 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.19 
 
 		 145 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.85 
 
 		 146 aa  180  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  60.38 
 
 		 153 aa  180  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1981  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.15 
 
 		 157 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0594702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  56 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.96 
 
 		 145 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.89 
 
 		 145 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  64.49 
 
 		 141 aa  178  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0748  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.18 
 
 		 152 aa  178  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1667  TonB system transport protein ExbD  70.21 
 
 		 164 aa  177  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  64.23 
 
 		 164 aa  177  8e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1613  TonB system transport protein ExbD  70.21 
 
 		 164 aa  177  8e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  62.24 
 
 		 145 aa  175  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  66.67 
 
 		 145 aa  175  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  60.87 
 
 		 142 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  63.36 
 
 		 141 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  63.36 
 
 		 141 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  64.39 
 
 		 141 aa  169  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.18 
 
 		 141 aa  168  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  64.62 
 
 		 142 aa  167  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  63.85 
 
 		 142 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  63.85 
 
 		 142 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  63.85 
 
 		 142 aa  164  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  63.5 
 
 		 141 aa  163  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.71 
 
 		 142 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0921  biopolymer transport protein, ExbD  64.18 
 
 		 141 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284427  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.7 
 
 		 150 aa  159  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  55.86 
 
 		 151 aa  157  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  56.74 
 
 		 141 aa  157  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  60.47 
 
 		 143 aa  156  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  60.47 
 
 		 142 aa  155  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  56.74 
 
 		 141 aa  156  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  60.47 
 
 		 143 aa  156  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  60.16 
 
 		 143 aa  155  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.4 
 
 		 142 aa  154  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  61.83 
 
 		 141 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  61.83 
 
 		 141 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3544  biopolymer transport protein ExbD  56.55 
 
 		 156 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  62.6 
 
 		 139 aa  152  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  65.32 
 
 		 141 aa  151  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  61.07 
 
 		 141 aa  151  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  61.07 
 
 		 141 aa  151  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  61.07 
 
 		 141 aa  151  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  58.16 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  58.16 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  58.16 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  58.16 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  58.16 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  58.16 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  60.16 
 
 		 139 aa  149  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  58.16 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  58.16 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  58.16 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.16 
 
 		 149 aa  147  8e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0300188 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  55.91 
 
 		 141 aa  147  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  57.81 
 
 		 141 aa  146  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3966  TonB system transport protein ExbD  59.35 
 
 		 149 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1132  TonB system transport protein ExbD  59.5 
 
 		 157 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3332  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.72 
 
 		 150 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156003  normal  0.605878 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1268  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.35 
 
 		 156 aa  142  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0930334  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2306  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.35 
 
 		 156 aa  142  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426715  normal  0.290697 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1516  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.29 
 
 		 156 aa  139  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.890263  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0174  TonB system transport protein ExbD  45.77 
 
 		 152 aa  124  1e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.78 
 
 		 144 aa  116  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.83 
 
 		 136 aa  110  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  43.45 
 
 		 152 aa  110  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3696  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.3 
 
 		 147 aa  103  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  40.94 
 
 		 147 aa  101  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.57 
 
 		 154 aa  101  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.61 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  45.83 
 
 		 152 aa  98.6  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  48.74 
 
 		 134 aa  98.2  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  43.33 
 
 		 150 aa  97.8  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  43.33 
 
 		 150 aa  97.8  9e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  39.44 
 
 		 146 aa  97.4  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  43.33 
 
 		 150 aa  97.4  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  43.22 
 
 		 145 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.39 
 
 		 149 aa  96.3  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.07 
 
 		 144 aa  95.9  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.37 
 
 		 149 aa  95.5  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.37 
 
 		 149 aa  95.5  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  44.92 
 
 		 156 aa  95.5  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  42.37 
 
 		 148 aa  95.1  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  41.53 
 
 		 147 aa  94.7  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 		 154 aa  94  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  44.92 
 
 		 157 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  41.41 
 
 		 167 aa  92.8  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.53 
 
 		 149 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  44.92 
 
 		 151 aa  92.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  44.92 
 
 		 151 aa  92.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  42.5 
 
 		 152 aa  92.8  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>