More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0087 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1741  excinuclease ABC subunit A  60.71 
 
 
973 aa  1162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.806378 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0609  excinuclease ABC, A subunit  60.74 
 
 
957 aa  1132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386582  normal  0.048507 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4572  excinuclease ABC subunit A  60.7 
 
 
940 aa  1150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0596  excinuclease ABC, A subunit  56.26 
 
 
943 aa  1103  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  1.56752e-16 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0339  excinuclease ABC, A subunit  60.84 
 
 
1032 aa  1134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.32789  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2242  excinuclease ABC, A subunit  63.54 
 
 
1025 aa  1178  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1528  excinuclease ABC subunit A  59.62 
 
 
965 aa  1109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.890561  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2697  excinuclease ABC, A subunit  60.88 
 
 
961 aa  1134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.44187  normal  0.109276 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1610  excinuclease ABC, A subunit  59.66 
 
 
965 aa  1128  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0303  excinuclease ABC, A subunit  59.29 
 
 
989 aa  1117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1586  excinuclease ABC subunit A  59.62 
 
 
971 aa  1107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2499  excinuclease ABC, A subunit  62.81 
 
 
970 aa  1163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2790  excinuclease ABC, A subunit  60.78 
 
 
961 aa  1128  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735295  normal  0.176229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0638  excinuclease ABC, A subunit  60.59 
 
 
945 aa  1145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0349555  hitchhiker  0.000237571 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1568  excinuclease ABC, A subunit  63.87 
 
 
1033 aa  1184  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.216793 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4720  excinuclease ABC subunit A  61.16 
 
 
944 aa  1171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.207707 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4520  excinuclease ABC subunit A  60.7 
 
 
940 aa  1150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0275  excinuclease ABC, A subunit  60.04 
 
 
954 aa  1131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04893  excinuclease ABC subunit A  60.53 
 
 
988 aa  1144  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  5.82008e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2036  Excinuclease ABC subunit A  63.15 
 
 
944 aa  1228  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0663505  hitchhiker  0.000130956 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0538  excinuclease ABC subunit A  61.33 
 
 
970 aa  1129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.566614  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5561  excinuclease ABC subunit A  60.59 
 
 
940 aa  1149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.543966  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0447  excinuclease ABC subunit A  60.34 
 
 
942 aa  1151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2467  excinuclease ABC, A subunit  60.98 
 
 
934 aa  1122  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4649  excinuclease ABC subunit A  60.28 
 
 
941 aa  1147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.768489 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4511  excinuclease ABC subunit A  60.28 
 
 
941 aa  1147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0206  excinuclease ABC, A subunit  72.9 
 
 
947 aa  1434  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000261219  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00223  excinuclease ABC subunit A  61.12 
 
 
943 aa  1151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.44866  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4503  excinuclease ABC subunit A  60.28 
 
 
941 aa  1146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.638684  normal  0.38667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4597  excinuclease ABC subunit A  60.28 
 
 
941 aa  1147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4598  excinuclease ABC subunit A  60.17 
 
 
941 aa  1146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1118  excinuclease ABC subunit A  60.86 
 
 
996 aa  1145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3156  excinuclease ABC subunit A  61.55 
 
 
1005 aa  1183  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0704  excinuclease ABC, A subunit  75.13 
 
 
939 aa  1451  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0037  excinuclease ABC subunit A  58.6 
 
 
920 aa  1108  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4360  excinuclease ABC, A subunit  63.51 
 
 
1022 aa  1177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.654706  normal  0.931375 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3969  excinuclease ABC subunit A  60.7 
 
 
940 aa  1150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0893236 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3851  excinuclease ABC subunit A  60.91 
 
 
947 aa  1150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0294  excinuclease ABC, A subunit  64.82 
 
 
946 aa  1238  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0569  excinuclease ABC, A subunit  60.23 
 
 
947 aa  1134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.194002  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4440  excinuclease ABC subunit A  60.38 
 
 
943 aa  1146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732631  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4027  excinuclease ABC, A subunit  60.65 
 
 
945 aa  1134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.30275e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4610  excinuclease ABC subunit A  60.7 
 
 
940 aa  1150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4300  excinuclease ABC subunit A  60.7 
 
 
940 aa  1150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03708  excinuclease ABC subunit A  61.4 
 
 
940 aa  1152  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4419  excinuclease ABC, A subunit  56.8 
 
 
1043 aa  1134  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.834068  normal  0.3832 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1820  excinuclease ABC subunit A  61.37 
 
 
954 aa  1184  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.315317  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4315  excinuclease ABC, A subunit  64.26 
 
 
1039 aa  1204  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3045  excinuclease ABC, A subunit  63.87 
 
 
1025 aa  1207  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0893625  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1084  excinuclease ABC, A subunit  57.37 
 
 
936 aa  1099  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.293507  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3761  excinuclease ABC subunit A  60.91 
 
 
947 aa  1149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.162646  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3709  excinuclease ABC subunit A  64.25 
 
 
956 aa  1256  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2200  excinuclease ABC subunit A  62.1 
 
 
974 aa  1184  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0554  excinuclease ABC, A subunit  60.15 
 
 
960 aa  1142  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2940  excinuclease ABC subunit A  58.97 
 
 
995 aa  1101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.316727  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2057  excinuclease ABC subunit A  59.94 
 
 
965 aa  1129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0577341  normal  0.730418 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0632  excinuclease ABC, A subunit  62.63 
 
 
943 aa  1196  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.198677  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1809  excinuclease ABC subunit A  62.94 
 
 
953 aa  1174  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3697  excinuclease ABC subunit A  62.42 
 
 
969 aa  1184  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0512  excinuclease ABC subunit A  61.16 
 
 
944 aa  1168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1053  excinuclease ABC, A subunit  62.18 
 
 
927 aa  1208  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00826345  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4958  excinuclease ABC subunit A  64.1 
 
 
959 aa  1247  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3891  excinuclease ABC, A subunit  63.4 
 
 
1093 aa  1173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.240466  normal  0.243765 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0751  excinuclease ABC subunit A  61.02 
 
 
947 aa  1151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.10562 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0375  excinuclease ABC, A subunit  61.37 
 
 
954 aa  1185  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00180738  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1104  excinuclease ABC subunit A  56.7 
 
 
939 aa  1087  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0536  excinuclease ABC, A subunit  61.2 
 
 
961 aa  1138  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.215634  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0819  excinuclease ABC, A subunit  56.43 
 
 
1037 aa  1086  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56673  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0260  excinuclease ABC, A subunit  60.06 
 
 
947 aa  1168  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0669187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0579  excinuclease ABC, A subunit  60.25 
 
 
960 aa  1145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0529034  normal  0.0189499 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18501  excinuclease ABC subunit A  55.73 
 
 
979 aa  1069  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.95453  normal  0.0541711 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0157  excinuclease ABC, A subunit  56.05 
 
 
954 aa  1070  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.352383  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4583  excinuclease ABC, A subunit  56.04 
 
 
1013 aa  1115  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3339  excinuclease ABC subunit A  58.33 
 
 
987 aa  1118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.535422  hitchhiker  0.000450974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0866  excinuclease ABC subunit A  60.78 
 
 
945 aa  1159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4831  excinuclease ABC subunit A  56.12 
 
 
978 aa  1074  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2851  excinuclease ABC, A subunit  58.34 
 
 
960 aa  1096  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.149004  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0024  excinuclease ABC, A subunit  60.36 
 
 
940 aa  1113  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3661  excinuclease ABC subunit A  61.48 
 
 
944 aa  1151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0737166  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3174  excinuclease ABC subunit A  66.7 
 
 
955 aa  1277  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1824  excinuclease ABC, A subunit  65.38 
 
 
945 aa  1222  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00152877  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2992  excinuclease ABC, A subunit  58.8 
 
 
1055 aa  1099  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00155304  hitchhiker  0.00399188 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3956  excinuclease ABC, A subunit  65.64 
 
 
963 aa  1243  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  2.93672e-06  hitchhiker  0.00020375 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0411  excinuclease ABC, A subunit  66.13 
 
 
957 aa  1254  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1422  excinuclease ABC, A subunit  58.87 
 
 
963 aa  1110  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0151035  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1251  excinuclease ABC subunit A  59.05 
 
 
971 aa  1122  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15150  Excinuclease ABC subunit A  58.79 
 
 
958 aa  1091  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.096343  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1406  excinuclease ABC, A subunit  58.2 
 
 
935 aa  1117  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07070  Excinuclease ABC subunit A  60.93 
 
 
954 aa  1141  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.478607 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13060  Excinuclease ABC subunit A  56.95 
 
 
968 aa  1088  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10450  Excinuclease ABC subunit A  58.04 
 
 
960 aa  1110  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0436929  hitchhiker  6.51145e-08 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3893  excinuclease ABC subunit A  57.17 
 
 
957 aa  1088  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968231 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002360  excinuclease ABC subunit A  60.98 
 
 
940 aa  1149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2191  excinuclease ABC, A subunit  60.47 
 
 
946 aa  1129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.109423  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1834  excinuclease ABC, A subunit  55.41 
 
 
941 aa  1079  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2823  excinuclease ABC, A subunit  58.8 
 
 
980 aa  1124  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.179729  normal  0.122251 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3018  excinuclease ABC, A subunit  59.37 
 
 
948 aa  1106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.244171  normal  0.490973 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1999  excinuclease ABC subunit A  60.42 
 
 
946 aa  1169  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0576024  normal  0.88061 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2422  excinuclease ABC, A subunit  59.03 
 
 
952 aa  1109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1949  excinuclease ABC, A subunit  59.15 
 
 
957 aa  1120  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0876147  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>