More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0420 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03930  excinuclease ABC subunit A  67.4 
 
 
940 aa  1304    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.166439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3934  excinuclease ABC, A subunit  67.51 
 
 
940 aa  1307    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0546  excinuclease ABC, A subunit  55.36 
 
 
946 aa  1038    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0457921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3325  excinuclease ABC, A subunit  59.73 
 
 
937 aa  1151    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0483  excinuclease ABC subunit A  69.35 
 
 
944 aa  1370    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1010  excinuclease ABC subunit A  54.91 
 
 
954 aa  1061    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0427  excinuclease ABC subunit A  58.82 
 
 
944 aa  1142    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2694  excinuclease ABC, A subunit  67.3 
 
 
942 aa  1313    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0916  excinuclease ABC, A subunit  54.91 
 
 
931 aa  1050    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0420  excinuclease ABC subunit A  100 
 
 
954 aa  1966    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790766  normal  0.236129 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5271  excinuclease ABC subunit A  59.2 
 
 
958 aa  1154    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0920  excinuclease ABC, A subunit  66.25 
 
 
943 aa  1276    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1709  excinuclease ABC subunit A  56.77 
 
 
942 aa  1050    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0152505  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1104  excinuclease ABC subunit A  59.55 
 
 
974 aa  1142    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.807702  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4030  excinuclease ABC, A subunit  66.95 
 
 
950 aa  1306    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0654  excinuclease ABC, A subunit  69.77 
 
 
992 aa  1373    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5015  excinuclease ABC subunit A  59.2 
 
 
958 aa  1154    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.93666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4844  excinuclease ABC subunit A  59.31 
 
 
958 aa  1155    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4859  excinuclease ABC subunit A  59.2 
 
 
958 aa  1154    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3095  excinuclease ABC, A subunit  84.7 
 
 
955 aa  1653    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0451  excinuclease ABC subunit A  65.86 
 
 
951 aa  1293    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0427  excinuclease ABC subunit A  65.97 
 
 
951 aa  1290    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4520  excinuclease ABC subunit A  69.67 
 
 
961 aa  1372    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.308582 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1685  excinuclease ABC subunit A  62.59 
 
 
968 aa  1229    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0473  excinuclease ABC subunit A  74.63 
 
 
941 aa  1463    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.78914 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2024  excinuclease ABC subunit A  56.81 
 
 
945 aa  1087    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136428  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1323  excinuclease ABC subunit A  54.19 
 
 
980 aa  1023    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0367  excinuclease ABC subunit A  90.03 
 
 
954 aa  1783    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2710  excinuclease ABC subunit A  55.18 
 
 
1008 aa  1051    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00698098 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0436  excinuclease ABC subunit A  76 
 
 
940 aa  1489    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.64292  normal  0.354082 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1568  excinuclease ABC subunit A  61 
 
 
993 aa  1138    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3591  excinuclease ABC subunit A  53.77 
 
 
965 aa  1007    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.240208  normal  0.0431372 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0779  excinuclease ABC, A subunit  84.8 
 
 
955 aa  1657    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.159716  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3021  excinuclease ABC subunit A  65.03 
 
 
953 aa  1243    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5051  excinuclease ABC subunit A  70.29 
 
 
944 aa  1382    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0371407 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2966  excinuclease ABC subunit A  61.47 
 
 
952 aa  1133    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.741995  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0087  excinuclease ABC, A subunit  60.36 
 
 
937 aa  1154    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000141309  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6109  excinuclease ABC subunit A  83.95 
 
 
961 aa  1657    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2691  excinuclease ABC subunit A  53.54 
 
 
987 aa  1003    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0128  excinuclease ABC subunit A  59.83 
 
 
937 aa  1152    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0324  excinuclease ABC, A subunit  66.63 
 
 
935 aa  1276    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.71267  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5395  excinuclease ABC subunit A  59.2 
 
 
958 aa  1154    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1804  excinuclease ABC subunit A  53.19 
 
 
967 aa  1002    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0848  excinuclease ABC subunit A  53.33 
 
 
1003 aa  1009    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.23949 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2229  excinuclease ABC, A subunit  76.47 
 
 
944 aa  1504    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.748559  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1752  excinuclease ABC subunit A  59.9 
 
 
950 aa  1156    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.72619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0255  excinuclease ABC subunit A  59.98 
 
 
971 aa  1133    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0498  excinuclease ABC, A subunit  84.91 
 
 
981 aa  1674    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0382753  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1631  excinuclease ABC subunit A  57.08 
 
 
976 aa  1051    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.978501  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2715  excinuclease ABC subunit A  59.88 
 
 
1011 aa  1124    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.325053  normal  0.199737 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1192  excinuclease ABC subunit A  58.64 
 
 
970 aa  1153    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.548367  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1160  excinuclease ABC, A subunit  54.04 
 
 
953 aa  1016    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.216625  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1723  excinuclease ABC subunit A  59.6 
 
 
957 aa  1122    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.30006 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3774  excinuclease ABC, A subunit  66.89 
 
 
1052 aa  1377    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.89198  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0993  excinuclease ABC subunit A  65.59 
 
 
946 aa  1294    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883407  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2757  excinuclease ABC subunit A  60.14 
 
 
1001 aa  1110    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.30708  normal  0.666672 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2426  excinuclease ABC subunit A  75.87 
 
 
939 aa  1488    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.106022  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4568  excinuclease ABC subunit A  70.36 
 
 
1019 aa  1411    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.168409 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4108  excinuclease ABC subunit A  84.78 
 
 
957 aa  1675    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3315  excinuclease ABC, A subunit  65.55 
 
 
978 aa  1266    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000294803  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1158  excinuclease ABC subunit A  56.23 
 
 
941 aa  1078    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2758  excinuclease ABC subunit A  59.78 
 
 
1008 aa  1122    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0448  excinuclease ABC subunit A  68.62 
 
 
957 aa  1312    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.775809  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2081  excinuclease ABC subunit A  59.06 
 
 
1013 aa  1125    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0851595  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1960  excinuclease ABC, A subunit  62.18 
 
 
968 aa  1221    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0313  excinuclease ABC subunit A  89.94 
 
 
955 aa  1776    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0776  excinuclease ABC subunit A  54.2 
 
 
981 aa  1015    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.839433  normal  0.0723742 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0694  excinuclease ABC subunit A  55.92 
 
 
1004 aa  1037    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.641362 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1098  excinuclease ABC subunit A  60.4 
 
 
963 aa  1145    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0926  excinuclease ABC subunit A  59 
 
 
967 aa  1128    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.160818  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2165  excinuclease ABC, A subunit  84.47 
 
 
961 aa  1651    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.611156  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2988  excinuclease ABC subunit A  57.7 
 
 
973 aa  1068    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2016  excinuclease ABC subunit A  57.04 
 
 
923 aa  1011    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0146  excinuclease ABC, A subunit  66.88 
 
 
942 aa  1293    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1396  excinuclease ABC subunit A  59.61 
 
 
970 aa  1128    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.398652  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0337  excinuclease ABC subunit A  55.92 
 
 
939 aa  1095    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0329  excinuclease ABC subunit A  55.6 
 
 
939 aa  1090    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1128  excinuclease ABC subunit A  66.77 
 
 
943 aa  1304    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0168519  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4529  excinuclease ABC subunit A  53.85 
 
 
1004 aa  1037    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.388668 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3421  excinuclease ABC subunit A  66.95 
 
 
950 aa  1307    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00603968  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0531  excinuclease ABC subunit A  66.84 
 
 
950 aa  1305    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0391224  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2748  excinuclease ABC subunit A  65.9 
 
 
940 aa  1264    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0880957  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3712  excinuclease ABC, A subunit  66.46 
 
 
953 aa  1284    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0944752  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0252  excinuclease ABC (subunit A)  56.09 
 
 
942 aa  1070    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00117135  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1885  excinuclease ABC subunit A  59.61 
 
 
957 aa  1133    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.414426  normal  0.621255 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2839  excinuclease ABC, A subunit  84.78 
 
 
961 aa  1673    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.696224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09180  excinuclease ABC subunit A  69.7 
 
 
945 aa  1363    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.533075 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2009  excinuclease ABC subunit A  56.44 
 
 
943 aa  1059    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.407568  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0374  excinuclease ABC subunit A  53.52 
 
 
952 aa  1015    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1317  excinuclease ATPase subunit  54.56 
 
 
953 aa  1036    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.133455  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1722  excinuclease ABC subunit A  56.93 
 
 
941 aa  1071    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2079  excinuclease ABC subunit A  55.81 
 
 
975 aa  1031    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.224045  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2779  excinuclease ABC, A subunit  84.47 
 
 
961 aa  1651    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3616  excinuclease ABC subunit A  59.6 
 
 
950 aa  1139    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0557208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3592  excinuclease ABC subunit A  66.74 
 
 
950 aa  1305    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0287106  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1109  excinuclease ABC subunit A  56.23 
 
 
947 aa  1074    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.57709  normal  0.229428 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3515  excinuclease ABC, A subunit  59.19 
 
 
954 aa  1125    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000620303  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2252  excinuclease ABC subunit A  61.02 
 
 
959 aa  1132    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174561  normal  0.0315795 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2524  excinuclease ABC subunit A  57.11 
 
 
1019 aa  1080    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.247426  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0514  excinuclease ABC, A subunit  66.11 
 
 
942 aa  1283    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>