More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3865 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
307 aa  607  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.09 
 
 
307 aa  589  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.9 
 
 
301 aa  538  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.47 
 
 
301 aa  473  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.22 
 
 
304 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  72.32 
 
 
301 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.75 
 
 
300 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.04 
 
 
310 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.68 
 
 
300 aa  355  6.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.55 
 
 
301 aa  350  2e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.61 
 
 
305 aa  348  9e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.5 
 
 
310 aa  345  5e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  60 
 
 
300 aa  345  7e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
300 aa  345  8e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.39 
 
 
311 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1028  dipeptide ABC transporter, permease protein  68.16 
 
 
309 aa  339  4e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.29309  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.97 
 
 
300 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.13 
 
 
300 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.78 
 
 
300 aa  325  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397277  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.91 
 
 
311 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.3 
 
 
319 aa  322  4e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  58.25 
 
 
301 aa  322  5e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.71 
 
 
301 aa  321  9.000000000000001e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.39 
 
 
300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.23 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.68 
 
 
310 aa  320  3e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.28 
 
 
308 aa  320  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.69 
 
 
310 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.9 
 
 
311 aa  316  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428406  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.39 
 
 
304 aa  315  5e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.99 
 
 
296 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.23 
 
 
298 aa  311  1e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.41 
 
 
300 aa  308  5e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.61 
 
 
305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.78 
 
 
277 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.7 
 
 
304 aa  297  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  60.98 
 
 
304 aa  295  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.36 
 
 
304 aa  292  5e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.36 
 
 
304 aa  292  5e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.36 
 
 
304 aa  292  5e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  56.51 
 
 
313 aa  292  6e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  56.51 
 
 
313 aa  292  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  56.51 
 
 
313 aa  292  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 
313 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 
313 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 
313 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 
313 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.98 
 
 
304 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.65 
 
 
289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1444  ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 
313 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.85 
 
 
290 aa  283  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0195  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  57.68 
 
 
304 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.98 
 
 
304 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165085  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.12 
 
 
286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.15122  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.11 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
285 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4038  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  52.17 
 
 
278 aa  268  8e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.17 
 
 
278 aa  268  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3553  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  52.17 
 
 
278 aa  268  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.28 
 
 
299 aa  268  8.999999999999999e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
299 aa  265  5e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.02 
 
 
295 aa  263  4e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.9 
 
 
298 aa  256  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.9 
 
 
298 aa  255  6e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.44 
 
 
298 aa  255  6e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.37 
 
 
299 aa  255  8e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  44.9 
 
 
298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.9 
 
 
298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.9 
 
 
298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  44.9 
 
 
298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
305 aa  252  5.000000000000001e-66  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.52 
 
 
287 aa  252  5.000000000000001e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.56 
 
 
298 aa  252  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
303 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  47.1 
 
 
301 aa  251  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
298 aa  249  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  46.44 
 
 
299 aa  248  7e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  46.44 
 
 
299 aa  248  7e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  46.44 
 
 
299 aa  248  7e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  46.44 
 
 
299 aa  248  7e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  46.44 
 
 
299 aa  248  9e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 
293 aa  248  1e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.86 
 
 
299 aa  247  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.56 
 
 
294 aa  247  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.8 
 
 
303 aa  246  3e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  46.24 
 
 
295 aa  246  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  49.06 
 
 
282 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  45.52 
 
 
298 aa  245  8e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
310 aa  245  8e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.57 
 
 
285 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.94 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.82 
 
 
284 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  46.82 
 
 
282 aa  242  5e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.74 
 
 
280 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  47.86 
 
 
285 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
294 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.11 
 
 
280 aa  240  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.62 
 
 
306 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.99 
 
 
284 aa  240  2e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.82 
 
 
285 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>