260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_R0055 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  87.88 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3159t  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03029  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1109t  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.060013  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna016  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000103361  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 96 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna043  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna117  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1106t  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1111t  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.797073  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1123t  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3157t  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna009  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06826  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05459  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00325  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0048  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  86.89 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  83.13 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  83.13 
 
 		 126 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  83.13 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  84 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000331013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0043  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0020807  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2161  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000713726  normal  0.978327 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0048  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.292826 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2352  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.488752  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2353  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.448422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2705  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.296774  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2165  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00542927  normal  0.154256 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2065  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000178932  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2218  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00379666  normal  0.543792 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0007  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000441599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  84.29 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5040  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000507057  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  88.52 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0049  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0054  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0731881 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0049  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.710241  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0982572  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0043  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  83.82 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>