More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2748 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
318 aa  594  1e-169  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.589805  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05560  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  71.34 
 
 
337 aa  392  1e-108  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0332044  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.39 
 
 
314 aa  325  6e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.72 
 
 
314 aa  323  3e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.55 
 
 
314 aa  308  9e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  55.16 
 
 
314 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7174  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  55.34 
 
 
314 aa  300  3e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.07 
 
 
311 aa  295  5e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.3 
 
 
329 aa  288  8e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0558965  normal  0.0907281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.7 
 
 
315 aa  283  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.586464 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.19 
 
 
313 aa  259  6e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.65 
 
 
315 aa  250  2e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.21 
 
 
338 aa  244  9.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.3 
 
 
316 aa  244  9.999999999999999e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
317 aa  224  1e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000398499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4833  putative ABC transporter (permease protein)  41.23 
 
 
333 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.97 
 
 
319 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
319 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  44.77 
 
 
316 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.83 
 
 
316 aa  206  4e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112233  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
316 aa  195  8.000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.544656  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  40.52 
 
 
336 aa  192  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18680  ABC transporter, inner membrane permease component  41.83 
 
 
318 aa  192  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.158207  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.3 
 
 
319 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  40.2 
 
 
316 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
332 aa  186  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.191743 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.87 
 
 
316 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
321 aa  186  6e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
319 aa  182  8.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1600  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  42.48 
 
 
313 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7203  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.19 
 
 
348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0566155  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.28 
 
 
323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
315 aa  172  5.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
312 aa  169  4e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3604  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
321 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.1 
 
 
313 aa  168  1e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00533013  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
306 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
336 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
336 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.08 
 
 
306 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  33.44 
 
 
306 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  37.15 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.15 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.15 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.15 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  37.15 
 
 
306 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
340 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
306 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
306 aa  162  8.000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.15 
 
 
306 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  37.15 
 
 
306 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
316 aa  161  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
340 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  34.85 
 
 
306 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
315 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  36.43 
 
 
327 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  34.85 
 
 
306 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  34.85 
 
 
306 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  34.89 
 
 
323 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  34.53 
 
 
306 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2591  ABC transporter permease  34.66 
 
 
326 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.140744 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7271  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  34.56 
 
 
326 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.26 
 
 
314 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  34.53 
 
 
306 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
327 aa  160  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  33.55 
 
 
306 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.2 
 
 
306 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2383  dipeptide ABC transporter  39.67 
 
 
323 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
311 aa  160  3e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
306 aa  159  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
319 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
336 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
338 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
306 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
306 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.16 
 
 
340 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
306 aa  159  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  36.28 
 
 
313 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
306 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.86 
 
 
330 aa  158  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
306 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
306 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
306 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
323 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
326 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.12 
 
 
306 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
327 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
306 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
306 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>