263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_434 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_434  ribosomal protein L30/L7E  100 
 
 
60 aa  119  1e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00214762  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0492  50S ribosomal protein L30  96.67 
 
 
60 aa  116  1e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278097  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0469  50S ribosomal protein L30  96.61 
 
 
60 aa  115  2e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.19229e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4008  50S ribosomal protein L30  60 
 
 
75 aa  82.8  2e-15  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000205864  hitchhiker  6.50866e-05 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  62.71 
 
 
61 aa  80.9  6e-15  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1167  50S ribosomal protein L30  60.71 
 
 
78 aa  77.4  6e-14  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00970814  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  55.93 
 
 
61 aa  75.5  2e-13  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  58.93 
 
 
63 aa  72.4  2e-12  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6596  ribosomal protein L30  52.54 
 
 
61 aa  72  2e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1203  50S ribosomal protein L30  55.93 
 
 
60 aa  71.6  4e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0386344 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  59.32 
 
 
60 aa  71.2  5e-12  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3006  50S ribosomal protein L30  52.83 
 
 
65 aa  70.9  6e-12  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.319275  hitchhiker  0.00803225 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  48.33 
 
 
60 aa  70.5  7e-12  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  58.62 
 
 
59 aa  70.5  7e-12  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1166  ribosomal protein L30  56.67 
 
 
60 aa  69.7  1e-11  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0608924  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2315  ribosomal protein L30  56.67 
 
 
60 aa  67.8  5e-11  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0059609  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1310  50S ribosomal protein L30  64.71 
 
 
67 aa  67.8  5e-11  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  9.88415e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1376  50S ribosomal protein L30  64.71 
 
 
67 aa  67.8  5e-11  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0327114  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04160  LSU ribosomal protein L30P  49.15 
 
 
60 aa  67.4  7e-11  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4932  ribosomal protein L30  52.63 
 
 
62 aa  67  8e-11  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0130019  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
59 aa  66.2  1e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
61 aa  66.6  1e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
59 aa  66.2  1e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1340  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  66.6  1e-10  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168719  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5029  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
61 aa  65.9  2e-10  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  1.28267e-05  normal  0.550586 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
60 aa  65.9  2e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4361  ribosomal protein L30  59.32 
 
 
59 aa  65.1  3e-10  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  8.36724e-05  normal  0.0761791 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
60 aa  65.5  3e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0706  ribosomal protein L30  49.15 
 
 
60 aa  65.1  3e-10  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.214746 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
60 aa  65.5  3e-10  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  64.7  4e-10  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  50.85 
 
 
60 aa  64.3  5e-10  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23290  LSU ribosomal protein L30P  58.82 
 
 
64 aa  63.9  7e-10  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0884067  hitchhiker  5.65029e-06 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  63.5  8e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.814e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  63.5  8e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  63.5  8e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  50.88 
 
 
66 aa  63.9  8e-10  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  63.5  8e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  4.62232e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0128  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  63.5  8e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.11905e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0124  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  63.5  8e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.37518e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  63.5  8e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  63.5  8e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
62 aa  63.5  8e-10  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0776  50S ribosomal protein L30  57.63 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.0093e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10736  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 
65 aa  63.2  1e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.07725e-06  normal  0.417501 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0440  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
60 aa  63.2  1e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0122  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  63.2  1e-09  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000141296  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0123  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
60 aa  62.8  1e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  3.2367e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0949  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 
60 aa  63.2  1e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235553  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  47.46 
 
 
60 aa  62.8  1e-09  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
62 aa  63.2  1e-09  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4303  ribosomal protein L30  50.85 
 
 
60 aa  63.2  1e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
65 aa  62  2e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5177  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
60 aa  62.4  2e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.38401e-09  unclonable  1.00774e-25 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3125  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 
62 aa  62.4  2e-09  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  47.46 
 
 
61 aa  62  3e-09  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2383  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
59 aa  61.6  3e-09  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000813224  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0645  ribosomal protein L30  45.76 
 
 
60 aa  61.2  4e-09  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  56.9 
 
 
59 aa  61.2  5e-09  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 
61 aa  61.2  5e-09  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  47.46 
 
 
60 aa  61.2  5e-09  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3688  ribosomal protein L30  50.85 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  2.84143e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  45.76 
 
 
60 aa  59.7  1e-08  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1465  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  2.01439e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2641  ribosomal protein L30  45.76 
 
 
60 aa  59.7  1e-08  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.64675e-07  unclonable  3.8279e-08 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2628  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  59.7  1e-08  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115062  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  51.67 
 
 
60 aa  59.3  2e-08  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3887  50S ribosomal protein L30  44.07 
 
 
60 aa  58.5  3e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0387  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
61 aa  58.5  3e-08  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23620  LSU ribosomal protein L30P  47.37 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844957  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0412  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
61 aa  58.5  3e-08  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2921  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  58.2  4e-08  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  7.49762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3987  ribosomal protein L30  50.91 
 
 
61 aa  58.2  4e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0158731  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1143  ribosomal protein L30  53.33 
 
 
61 aa  58.2  4e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  2.5708e-07  normal  0.0109898 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1556  ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  58.2  4e-08  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000500993  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3399  ribosomal protein L30  47.46 
 
 
59 aa  57.8  5e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34793  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1920  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
58 aa  57.8  5e-08  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  48.28 
 
 
58 aa  57  8e-08  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.60316e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
58 aa  56.6  1e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.99402e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1165  ribosomal protein L30  45.76 
 
 
60 aa  56.2  1e-07  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0238575  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0620  ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  56.2  1e-07  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.752078 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5142  ribosomal protein L30  45.76 
 
 
61 aa  56.6  1e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.632245 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1141  ribosomal protein L30  47.27 
 
 
67 aa  56.6  1e-07  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.529136  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
60 aa  56.6  1e-07  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
58 aa  56.6  1e-07  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05810  ribosomal protein L30  48.28 
 
 
59 aa  55.8  2e-07  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0612  50S ribosomal protein L30  45 
 
 
61 aa  55.8  2e-07  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0237089  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  47.37 
 
 
58 aa  55.5  2e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  7.5211e-08 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1633  ribosomal protein L30  56.14 
 
 
61 aa  55.1  3e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1833  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
63 aa  55.1  3e-07  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0785  50S ribosomal protein L30  49.18 
 
 
61 aa  55.1  3e-07  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00447996  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2405  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
61 aa  55.1  4e-07  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0137776  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2278  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  55.1  4e-07  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  4.49635e-09  hitchhiker  0.00309208 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1244  50S ribosomal protein L30P  43.4 
 
 
74 aa  54.7  5e-07  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0186097  hitchhiker  0.00279952 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1062  50S ribosomal protein L30  46.81 
 
 
59 aa  54.3  6e-07  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.000861748  normal  0.537655 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2670  50S ribosomal protein L30  46.3 
 
 
63 aa  54.3  6e-07  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245822  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3649  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 
60 aa  53.9  7e-07  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  8.66459e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0243  ribosomal protein L30  48 
 
 
51 aa  53.9  8e-07  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0212  LSU ribosomal protein L30P  50.88 
 
 
63 aa  53.5  9e-07  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161029  normal  0.28126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>