More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_2053 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 
450 aa  895  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  50 
 
 
436 aa  454  1e-126  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  52.46 
 
 
435 aa  452  1e-126  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.21997e-06  hitchhiker  7.85503e-07 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  47.39 
 
 
434 aa  418  1e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  46.74 
 
 
450 aa  409  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  53.52 
 
 
450 aa  410  1e-113  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.58 
 
 
449 aa  406  1e-112  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  51.83 
 
 
437 aa  402  1e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  44.84 
 
 
448 aa  400  1e-110  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  45.81 
 
 
450 aa  399  1e-110  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  45.81 
 
 
450 aa  399  1e-110  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  47.43 
 
 
449 aa  399  1e-110  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  45.81 
 
 
450 aa  400  1e-110  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  45.81 
 
 
450 aa  400  1e-110  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  44.84 
 
 
448 aa  400  1e-110  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  45.81 
 
 
450 aa  399  1e-110  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  45.81 
 
 
450 aa  399  1e-110  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  45.81 
 
 
450 aa  399  1e-110  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  45.81 
 
 
450 aa  398  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  45.58 
 
 
450 aa  397  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  45.81 
 
 
450 aa  398  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  44.24 
 
 
454 aa  398  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  44.6 
 
 
448 aa  398  1e-109  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  50.98 
 
 
439 aa  394  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  46.15 
 
 
471 aa  394  1e-108  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  46.74 
 
 
451 aa  394  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  7.47616e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.14 
 
 
438 aa  381  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  41.36 
 
 
434 aa  377  1e-103  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  42.21 
 
 
446 aa  367  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.51 
 
 
434 aa  362  7e-99  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.51 
 
 
434 aa  361  1e-98  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  42.68 
 
 
431 aa  349  7e-95  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.02 
 
 
456 aa  340  3e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  4.54579e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.24 
 
 
466 aa  328  1e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.36 
 
 
429 aa  327  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.26 
 
 
430 aa  324  2e-87  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.78 
 
 
429 aa  321  1e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.55 
 
 
434 aa  320  4e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.24 
 
 
417 aa  319  8e-86  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  5.62047e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.05 
 
 
432 aa  318  1e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.14049e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.86 
 
 
425 aa  317  3e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.67 
 
 
435 aa  315  1e-84  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  2.07484e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.91 
 
 
439 aa  313  3e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.34 
 
 
444 aa  313  4e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  35.97 
 
 
441 aa  313  4e-84  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.67 
 
 
438 aa  312  6e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.95 
 
 
441 aa  312  8e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  42.43 
 
 
436 aa  310  5e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.58 
 
 
444 aa  309  7e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.1 
 
 
449 aa  307  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.57 
 
 
442 aa  305  8e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.53 
 
 
431 aa  305  1e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  37.47 
 
 
438 aa  301  1e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.77 
 
 
442 aa  298  2e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  36.24 
 
 
458 aa  295  1e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.47 
 
 
434 aa  293  3e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  42.06 
 
 
440 aa  292  7e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  37.72 
 
 
446 aa  291  2e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.01 
 
 
434 aa  290  4e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.34 
 
 
421 aa  289  6e-77  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.17 
 
 
449 aa  288  1e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.96 
 
 
429 aa  287  3e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.17 
 
 
427 aa  286  6e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.65 
 
 
495 aa  280  3e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  37.76 
 
 
416 aa  275  1e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  38.05 
 
 
452 aa  273  5e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.92 
 
 
420 aa  273  5e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.33 
 
 
416 aa  273  5e-72  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  37.19 
 
 
440 aa  271  2e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.83 
 
 
409 aa  270  3e-71  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  35.32 
 
 
451 aa  269  6e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  2.10311e-07  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.49 
 
 
443 aa  268  1e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  36.61 
 
 
413 aa  268  1e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  36.07 
 
 
470 aa  268  1e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.28 
 
 
467 aa  268  2e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.63 
 
 
451 aa  267  3e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.35 
 
 
444 aa  265  1e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1484  RNA modification enzyme, MiaB family  36.14 
 
 
497 aa  262  8e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.58 
 
 
416 aa  259  6e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0570  RNA modification enzyme, MiaB family  35.79 
 
 
447 aa  257  2e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0549  RNA modification protein  37.41 
 
 
443 aa  258  2e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.92 
 
 
453 aa  257  3e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  37.47 
 
 
458 aa  257  4e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2092  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  34.68 
 
 
531 aa  255  1e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.5 
 
 
419 aa  253  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.3 
 
 
411 aa  254  3e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.37 
 
 
425 aa  253  5e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1112  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  34.83 
 
 
444 aa  253  5e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  2.42644e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1352  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.5 
 
 
514 aa  253  6e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.588965  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1378  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.5 
 
 
514 aa  253  6e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.66 
 
 
421 aa  252  7e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1197  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  35.43 
 
 
523 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  7.61282e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.26 
 
 
451 aa  251  2e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  3.49639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  39.51 
 
 
435 aa  251  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.46 
 
 
438 aa  249  5e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  38.15 
 
 
425 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3801  RNA modification enzyme, MiaB family  33.49 
 
 
445 aa  249  6e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.920944  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07660  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.05 
 
 
409 aa  249  8e-65  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.738464 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3871  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  34.16 
 
 
509 aa  249  9e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.25 
 
 
441 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>