113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3321 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3321  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
213 aa  429  1e-119  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0397857  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0094  RNA polymerase factor sigma-70  45.1 
 
 
216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000196498  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0269  RNA polymerase factor sigma-70  46.53 
 
 
214 aa  192  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000122079  normal  0.0102214 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0090  RNA polymerase factor sigma-70  43.48 
 
 
238 aa  192  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0093  RNA polymerase factor sigma-70  46.91 
 
 
219 aa  191  5e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000440627  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0093  RNA polymerase factor sigma-70  46.91 
 
 
218 aa  191  5e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000966245  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0090  RNA polymerase factor sigma-70  46.91 
 
 
218 aa  191  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.822440000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0089  RNA polymerase factor sigma-70  46.91 
 
 
218 aa  191  5e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000740123  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0093  RNA polymerase factor sigma-70  46.91 
 
 
218 aa  191  5e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000656402  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0124  RNA polymerase factor sigma-70  46.91 
 
 
218 aa  191  5e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000124346  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5212  RNA polymerase factor sigma-70  46.91 
 
 
219 aa  191  5e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000000417002  unclonable  7.821880000000001e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0104  RNA polymerase factor sigma-70  46.91 
 
 
218 aa  191  5e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.05753e-61 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2351  RNA polymerase factor sigma-70  48.28 
 
 
216 aa  191  6e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0946718  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0114  RNA polymerase factor sigma-70  46.91 
 
 
219 aa  191  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000174821  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0407  RNA polymerase factor sigma-70  46.53 
 
 
215 aa  190  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000161705  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0088  RNA polymerase factor sigma-70  47.42 
 
 
220 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000937894  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2479  RNA polymerase factor sigma-70  46.12 
 
 
217 aa  190  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000414905  hitchhiker  0.0088894 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0198  RNA polymerase factor sigma-70  46.53 
 
 
214 aa  189  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000245155  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0088  RNA polymerase factor sigma-70  46.39 
 
 
219 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000106454  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2728  RNA polymerase factor sigma-70  46.27 
 
 
223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.191075  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0176  RNA polymerase factor sigma-70  48.29 
 
 
213 aa  188  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000382421  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2059  RNA polymerase factor sigma-70  49.28 
 
 
214 aa  188  5e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.116438  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0192  RNA polymerase factor sigma-70  45.05 
 
 
216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000106571  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3319  RNA polymerase factor sigma-70  43.87 
 
 
214 aa  181  8.000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000496723  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0402  RNA polymerase factor sigma-70  46.67 
 
 
217 aa  176  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.38021e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01000  RNA polymerase factor sigma-70  43.56 
 
 
215 aa  176  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000027918  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0850  RNA polymerase factor sigma-70  41.63 
 
 
214 aa  175  5e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000558431  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2418  RNA polymerase factor sigma-70  42.36 
 
 
215 aa  168  4e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000693947  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2732  RNA polymerase factor sigma-70  42.36 
 
 
215 aa  168  5e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.814856  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2041  RNA polymerase factor sigma-70  41.79 
 
 
244 aa  166  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000162862  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.89 
 
 
216 aa  144  7.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.355338  normal  0.202273 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16490  RNA polymerase factor sigma-70  38.16 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000101762  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.23 
 
 
209 aa  90.5  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1140  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.15 
 
 
221 aa  87.8  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.311277  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3088  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.45 
 
 
209 aa  86.3  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2812  RNA polymerase factor sigma-70  31.12 
 
 
206 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0140144  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0387  RNA polymerase factor sigma-70  30.26 
 
 
193 aa  78.2  0.00000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0403  RNA polymerase factor sigma-70  30.26 
 
 
193 aa  78.2  0.00000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.181976  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0232  RNA polymerase factor sigma-70  29.23 
 
 
207 aa  77.8  0.0000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0346  RNA polymerase factor sigma-70  24.87 
 
 
212 aa  66.6  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0285516  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0041  RNA polymerase factor sigma-70  28.57 
 
 
206 aa  63.9  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0878225  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2655  sporulation sigma factor SigK  26.29 
 
 
232 aa  52  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2423  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  30.05 
 
 
210 aa  50.8  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0647995  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  26.94 
 
 
275 aa  47  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1231  RNA polymerase, sigma 28 subunit  32.69 
 
 
294 aa  46.6  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.927052  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05860  sporulation sigma factor SigK  31.87 
 
 
232 aa  46.2  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000165586  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1008  RNA polymerase, sigma 28 subunit  29.08 
 
 
289 aa  45.8  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000100967  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0599  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.1 
 
 
190 aa  44.3  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.63 
 
 
195 aa  44.3  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2471  sporulation sigma factor SigK  31.37 
 
 
236 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  24.54 
 
 
281 aa  43.5  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1421  sigma 28 (flagella/sporulation)  32 
 
 
326 aa  43.5  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000137657  normal  0.258497 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0517  sporulation sigma factor SigK  30.56 
 
 
244 aa  43.5  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0447  sporulation sigma factor SigE  31.97 
 
 
244 aa  43.9  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000743913  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  29.73 
 
 
244 aa  43.9  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000445498  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  34.21 
 
 
243 aa  43.9  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09150  sporulation sigma factor SigE  30.71 
 
 
245 aa  44.3  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000261644  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0982  sporulation sigma factor SigK  30.39 
 
 
245 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4421  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
265 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4236  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4074  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4084  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4566  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1813  RNA polymerase, sigma 28 subunit  33.33 
 
 
304 aa  43.1  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.130349  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  35.71 
 
 
242 aa  43.1  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3065  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4190  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1862  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.62 
 
 
247 aa  43.1  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.347265  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1975  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  30.59 
 
 
285 aa  43.1  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.438407  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4472  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1770  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  34.62 
 
 
287 aa  43.1  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.283313 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4459  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177817  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1900  sporulation sigma factor SigE  28 
 
 
239 aa  43.1  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2342  RNA polymerase sigm-70 factor family  30.59 
 
 
285 aa  43.1  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.127683  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0778  sporulation sigma factor SigK  32.65 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.377161  hitchhiker  0.0088749 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4418  RNA polymerase sigma-K factor  33.33 
 
 
149 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1582  sporulation sigma factor SigK  31.58 
 
 
226 aa  42.7  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000492275  normal  0.195753 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  22.17 
 
 
285 aa  42.7  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  37.5 
 
 
248 aa  42.7  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2469  sporulation sigma factor SigE  35.05 
 
 
246 aa  42.7  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130703  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00957  RNA polymerase sigma factor FliA  33.78 
 
 
251 aa  42.7  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.651524  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06209  RNA polymerase sigma factor FliA  33.78 
 
 
251 aa  42.7  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.795953  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1310  sporulation sigma factor SigE  27.03 
 
 
239 aa  42.7  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000184343  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1661  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  26.22 
 
 
253 aa  42.7  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.691015  normal  0.251698 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  27.1 
 
 
285 aa  42.4  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.71 
 
 
191 aa  42.4  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1739  putative RNA polymerase sigma factor SigI  24.65 
 
 
252 aa  42.4  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1525  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30.53 
 
 
328 aa  42.4  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  34.72 
 
 
232 aa  42  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  33.7 
 
 
244 aa  42.4  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3949  sporulation sigma factor SigE  29.21 
 
 
239 aa  42  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000781708  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3755  sporulation sigma factor SigE  29.21 
 
 
239 aa  42  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00369355  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3646  sporulation sigma factor SigE  29.21 
 
 
239 aa  42  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000510031  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3663  sporulation sigma factor SigE  29.21 
 
 
239 aa  42  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000395259  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2553  sporulation sigma factor SigE  29.21 
 
 
239 aa  42  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000344705  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3731  sporulation sigma factor SigE  29.21 
 
 
239 aa  42  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000278458  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.17 
 
 
288 aa  42  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3957  sporulation sigma factor SigE  29.21 
 
 
239 aa  42  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000112899  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1236  sporulation sigma factor SigE  29.21 
 
 
239 aa  42  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000024975  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3918  sporulation sigma factor SigE  29.21 
 
 
239 aa  42  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000071882 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>