More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0002 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0002  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  100 
 
 
322 aa  667    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.54 
 
 
348 aa  251  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0351849  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.91 
 
 
332 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.312343  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.25 
 
 
326 aa  231  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.15 
 
 
320 aa  204  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.19 
 
 
331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0424132  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.95 
 
 
331 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1008  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  33.75 
 
 
338 aa  169  6e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.720845  normal  0.076451 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 
330 aa  167  2e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
333 aa  160  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.094979  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1952  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
341 aa  159  6e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.755227  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
333 aa  159  6e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0793  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  32.81 
 
 
331 aa  155  8e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0274  dihydroflavonol 4-reductase family protein  31.17 
 
 
354 aa  154  1e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.522156 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
331 aa  154  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
358 aa  152  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01625  dihydroflavonol 4-reductase family protein  30.89 
 
 
333 aa  150  3e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  31.27 
 
 
342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1458  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.12 
 
 
329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000901734  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  31.29 
 
 
329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  31.29 
 
 
329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
333 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
329 aa  142  7e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0300237  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
392 aa  142  7e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  32.92 
 
 
333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2134  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
329 aa  140  3e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3275  hopanoid-associated sugar epimerase  32.09 
 
 
328 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  31.9 
 
 
336 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
333 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.956027  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  30.79 
 
 
363 aa  136  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
322 aa  135  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.733793  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  29.7 
 
 
329 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
328 aa  133  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  29.7 
 
 
329 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.85 
 
 
335 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1218  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.29 
 
 
327 aa  132  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  30.77 
 
 
340 aa  132  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
329 aa  132  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1280  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.85 
 
 
338 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0022  hypothetical protein  30.15 
 
 
336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2924  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.85 
 
 
335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0488644  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 
330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1263  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.88 
 
 
338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0976  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.88 
 
 
338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2237  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.88 
 
 
335 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.54 
 
 
361 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
335 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5420  hopanoid-associated sugar epimerase  30.77 
 
 
335 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4723  hopanoid-associated sugar epimerase  30.46 
 
 
335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  30.46 
 
 
335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5549  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.482021  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  27.71 
 
 
329 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  28.7 
 
 
336 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
355 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.129655 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0240  dihydroflavonol 4-reductase family protein  29.27 
 
 
329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00224634  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  29.25 
 
 
329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  27.62 
 
 
328 aa  126  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
328 aa  125  7e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
324 aa  125  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1017  nucleoside diphosphate sugar epimerase family protein  30.86 
 
 
328 aa  125  9e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.582194  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3239  hopanoid-associated sugar epimerase  30.34 
 
 
332 aa  125  9e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109011 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2241  dihydroflavonol-4-reductase family protein  28.7 
 
 
338 aa  125  9e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2290  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
329 aa  125  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
339 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0228638  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  28.19 
 
 
329 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
332 aa  123  4e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.19855 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
328 aa  123  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5422  hopanoid-associated sugar epimerase  31.71 
 
 
328 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.969886  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6351  hopanoid-associated sugar epimerase  29.81 
 
 
345 aa  123  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
355 aa  123  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  30.37 
 
 
347 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
333 aa  121  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.989614  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1831  hopanoid-associated sugar epimerase  30.43 
 
 
341 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2216  hopanoid-associated sugar epimerase  29.81 
 
 
341 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  29.97 
 
 
340 aa  119  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  29.81 
 
 
341 aa  119  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
328 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  32.82 
 
 
329 aa  116  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
339 aa  116  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0678518 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 
333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1958  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.27 
 
 
335 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.169655  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.06 
 
 
322 aa  109  6e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
340 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
319 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2986  oxidoreductase, putative  30.21 
 
 
349 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
340 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
324 aa  108  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
340 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
352 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000297127  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.36 
 
 
352 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 
347 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.862979  normal  0.686614 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 
342 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.529174  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2372  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.23 
 
 
339 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5780  dihydrokaempferol 4-reductase  27.43 
 
 
357 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.42555 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2547  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.83 
 
 
334 aa  99.8  6e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000238477  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
338 aa  99  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>