More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_4939 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  100 
 
 
242 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  1.73858e-05 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  100 
 
 
236 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  100 
 
 
236 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  99.15 
 
 
236 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  93.8 
 
 
242 aa  461  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  94.56 
 
 
262 aa  453  1e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  93.64 
 
 
236 aa  448  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  4.59632e-07 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  87.82 
 
 
245 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  86.55 
 
 
252 aa  417  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  87.71 
 
 
236 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  87.71 
 
 
236 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  87.71 
 
 
236 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  87.71 
 
 
236 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  87.71 
 
 
236 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  75.85 
 
 
236 aa  359  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  75.42 
 
 
236 aa  358  4e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  75.42 
 
 
236 aa  358  4e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  72.03 
 
 
236 aa  343  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  62.71 
 
 
234 aa  284  7e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  52.54 
 
 
244 aa  238  9e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 
238 aa  234  7e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  8.15382e-05  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  53.25 
 
 
238 aa  234  9e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  54.59 
 
 
236 aa  233  2e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.74992e-07  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  52.81 
 
 
238 aa  233  2e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  54.11 
 
 
236 aa  231  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  49.16 
 
 
235 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  47.62 
 
 
236 aa  223  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  5.82863e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  48.32 
 
 
235 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  49.16 
 
 
235 aa  221  8e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  47.9 
 
 
235 aa  220  2e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  51.75 
 
 
239 aa  219  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 
240 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.65 
 
 
229 aa  217  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  48.32 
 
 
288 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 
232 aa  216  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  48.32 
 
 
240 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  48.32 
 
 
240 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  50.21 
 
 
248 aa  216  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  48.54 
 
 
243 aa  216  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  48.32 
 
 
240 aa  215  6e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  48.29 
 
 
235 aa  214  1e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 
239 aa  213  2e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  50 
 
 
232 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  50 
 
 
232 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 
233 aa  209  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  50 
 
 
232 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.98 
 
 
247 aa  209  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  44.12 
 
 
244 aa  209  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  48.94 
 
 
247 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  48.29 
 
 
238 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.37 
 
 
247 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 
232 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0096  DNA-binding response regulator  47.48 
 
 
240 aa  208  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0972666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1517  DNA-binding response regulator  47.48 
 
 
240 aa  208  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.184346  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1144  DNA-binding response regulator  47.48 
 
 
240 aa  208  6e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  45.45 
 
 
234 aa  208  7e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.99191e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.47 
 
 
234 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  48.09 
 
 
233 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  47.68 
 
 
233 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  47.13 
 
 
279 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 
231 aa  204  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.86 
 
 
248 aa  204  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 
249 aa  204  8e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  46.78 
 
 
234 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  46.78 
 
 
234 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  46.78 
 
 
234 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.78 
 
 
234 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  47.6 
 
 
234 aa  203  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  44.4 
 
 
237 aa  202  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1844  DNA-binding transcriptional regulator RstA  46.19 
 
 
238 aa  202  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0426946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  47.64 
 
 
233 aa  201  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2580  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.42 
 
 
245 aa  201  1e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  43.1 
 
 
237 aa  200  1e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4494  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 
241 aa  200  1e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272926  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01694  two component response regulator transcription regulator protein  47.62 
 
 
259 aa  199  2e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1261  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 
241 aa  199  4e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.817763 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2275  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45 
 
 
245 aa  199  4e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1236  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 
241 aa  199  4e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178062  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 
234 aa  198  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1575  DNA-binding transcriptional regulator RstA  46.22 
 
 
243 aa  197  1e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1867  DNA-binding transcriptional regulator RstA  46.22 
 
 
243 aa  197  1e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0435355  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1584  DNA-binding transcriptional regulator RstA  46.22 
 
 
243 aa  197  1e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.163508  normal  0.857869 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1643  DNA-binding transcriptional regulator RstA  46.22 
 
 
243 aa  197  1e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.15633  normal  0.900528 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1699  DNA-binding transcriptional regulator RstA  46.22 
 
 
243 aa  197  1e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.205168  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01567  hypothetical protein  45.15 
 
 
242 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.244563  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1794  DNA-binding transcriptional regulator RstA  43.75 
 
 
242 aa  196  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0414199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01577  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with RstB  45.15 
 
 
242 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.223446  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1816  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.15 
 
 
239 aa  196  4e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0513956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2022  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.15 
 
 
239 aa  196  4e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1683  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.15 
 
 
239 aa  196  4e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.160047  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2035  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.15 
 
 
239 aa  196  4e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013009  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2318  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.15 
 
 
239 aa  195  5e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0386418  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1591  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.15 
 
 
239 aa  194  8e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00390701  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 
229 aa  194  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2300  DNA-binding transcriptional regulator RstA  43.44 
 
 
248 aa  193  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.475192 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1826  DNA-binding transcriptional regulator RstA  43.44 
 
 
248 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.494249  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1937  DNA-binding transcriptional regulator RstA  43.44 
 
 
248 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2590  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.71 
 
 
253 aa  192  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  43.46 
 
 
237 aa  192  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.99702e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 
237 aa  190  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.26315e-06  normal  0.467683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>