More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1794 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1794  DNA-binding transcriptional regulator RstA  100 
 
 		 242 aa  495  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0414199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01577  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with RstB  97.93 
 
 		 242 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.223446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2035  two component transcriptional regulator, winged helix family  97.93 
 
 		 239 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013009  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2022  DNA-binding transcriptional regulator RstA  97.93 
 
 		 239 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1816  DNA-binding transcriptional regulator RstA  97.93 
 
 		 239 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0513956  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01567  hypothetical protein  97.93 
 
 		 242 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.244563  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1683  DNA-binding transcriptional regulator RstA  97.93 
 
 		 239 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.160047  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2318  DNA-binding transcriptional regulator RstA  97.52 
 
 		 239 aa  456  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0386418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1591  DNA-binding transcriptional regulator RstA  96.28 
 
 		 239 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1867  DNA-binding transcriptional regulator RstA  83.06 
 
 		 243 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0435355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1575  DNA-binding transcriptional regulator RstA  83.06 
 
 		 243 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1643  DNA-binding transcriptional regulator RstA  83.06 
 
 		 243 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.15633  normal  0.900528 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1699  DNA-binding transcriptional regulator RstA  83.06 
 
 		 243 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.205168  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1584  DNA-binding transcriptional regulator RstA  83.06 
 
 		 243 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.163508  normal  0.857869 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1844  DNA-binding transcriptional regulator RstA  80.58 
 
 		 238 aa  377  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0426946 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  72.02 
 
 		 247 aa  348  4e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  71.54 
 
 		 248 aa  348  4e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2590  DNA-binding transcriptional regulator RstA  73.97 
 
 		 253 aa  341  5e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2580  DNA-binding transcriptional regulator RstA  73.97 
 
 		 245 aa  341  7e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1937  DNA-binding transcriptional regulator RstA  72.24 
 
 		 248 aa  336  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1826  DNA-binding transcriptional regulator RstA  72.24 
 
 		 248 aa  336  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.494249  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2300  DNA-binding transcriptional regulator RstA  72.24 
 
 		 248 aa  336  1.9999999999999998e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.475192 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2275  DNA-binding transcriptional regulator RstA  72.73 
 
 		 245 aa  333  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.41 
 
 		 234 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  43.85 
 
 		 232 aa  214  9e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  45.15 
 
 		 238 aa  210  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  44.12 
 
 		 237 aa  210  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  44.58 
 
 		 248 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 235 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 238 aa  209  3e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  44.21 
 
 		 235 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  43.7 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  44.96 
 
 		 237 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  44.77 
 
 		 234 aa  209  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.96 
 
 		 237 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  44.96 
 
 		 237 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  46.28 
 
 		 235 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  44.96 
 
 		 237 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  45.42 
 
 		 252 aa  208  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  43.88 
 
 		 238 aa  208  8e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  45 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  45 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  45 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  44.58 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  45 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  43.7 
 
 		 237 aa  207  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  44.58 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  45 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  45 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  45.23 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  44.58 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  44.58 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  43.28 
 
 		 237 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  45.64 
 
 		 239 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  44.12 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  44.58 
 
 		 262 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  44.12 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000324706  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  44.12 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000126315  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  44.12 
 
 		 237 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  45.57 
 
 		 244 aa  206  3e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  43.7 
 
 		 237 aa  205  6e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  44.81 
 
 		 236 aa  204  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.55 
 
 		 229 aa  204  8e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  41.91 
 
 		 238 aa  203  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 239 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  46.78 
 
 		 236 aa  201  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  43.7 
 
 		 244 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  41 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  45.92 
 
 		 236 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  43.28 
 
 		 236 aa  198  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  42.19 
 
 		 240 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  44.86 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 233 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 233 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 236 aa  195  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  40.59 
 
 		 236 aa  195  7e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.55 
 
 		 234 aa  194  9e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  46.03 
 
 		 249 aa  193  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.19 
 
 		 247 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  39.17 
 
 		 237 aa  192  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  42.31 
 
 		 234 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  43.21 
 
 		 233 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  41.84 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  41.91 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 232 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  42.08 
 
 		 243 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 232 aa  188  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  41.77 
 
 		 247 aa  188  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 232 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.74 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  41 
 
 		 288 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  41 
 
 		 240 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  41 
 
 		 240 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 232 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 235 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>