285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS668_1058 on replicon NC_009074
Organism: Burkholderia pseudomallei 668



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  48.89 
 
 
762 aa  772  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  99.47 
 
 
759 aa  1563  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2345  lysine decarboxylase  96.71 
 
 
759 aa  1499  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.964996  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1204  Lysine decarboxylase  75.49 
 
 
755 aa  1224  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  3.45453e-10  normal  0.552697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2252  Lysine decarboxylase  69.92 
 
 
789 aa  1145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2020  lysine decarboxylase  70.95 
 
 
777 aa  1166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.605875  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2762  ornithine decarboxylase  69.79 
 
 
789 aa  1144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  100 
 
 
759 aa  1571  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3498  lysine decarboxylase  70.53 
 
 
772 aa  1142  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0638037 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2437  lysine decarboxylase  96.57 
 
 
759 aa  1498  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0716187  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3465  lysine decarboxylase  47.46 
 
 
749 aa  716  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583785  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1925  ornithine decarboxylase  74.41 
 
 
753 aa  1179  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2126  lysine decarboxylase  70.35 
 
 
762 aa  1155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2967  ornithine decarboxylase  75.16 
 
 
757 aa  1227  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.482503  normal  0.818361 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0915  lysine decarboxylase  77.73 
 
 
746 aa  1234  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2578  Lysine decarboxylase  79.3 
 
 
759 aa  1269  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.181221 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2479  lysine decarboxylase  96.84 
 
 
759 aa  1501  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.506785  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  48.96 
 
 
751 aa  744  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1020  Lysine decarboxylase  90.53 
 
 
761 aa  1435  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2186  lysine decarboxylase  93.68 
 
 
760 aa  1461  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0975891 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1821  lysine decarboxylase  96.57 
 
 
759 aa  1498  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  79.95 
 
 
754 aa  1276  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3257  lysine decarboxylase  70.01 
 
 
793 aa  1141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3477  ornithine decarboxylase  90.39 
 
 
761 aa  1437  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2415  ornithine decarboxylase  71.47 
 
 
764 aa  1168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.413293 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1059  ornithine decarboxylase  77.73 
 
 
746 aa  1234  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5763  lysine decarboxylase  96.71 
 
 
759 aa  1501  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.318981 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2188  ornithine decarboxylase  49.61 
 
 
751 aa  739  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  100 
 
 
759 aa  1571  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2174  Lysine decarboxylase  79.69 
 
 
759 aa  1273  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0762291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3712  lysine decarboxylase  47.98 
 
 
757 aa  729  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709841  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2365  biodegradative arginine decarboxylase protein  79.69 
 
 
759 aa  1275  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0493181 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0651  lysine decarboxylase  76.02 
 
 
755 aa  1235  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2068  lysine decarboxylase  48.83 
 
 
747 aa  738  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.014755  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1886  lysine decarboxylase  74.27 
 
 
751 aa  1188  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0862  lysine decarboxylase  96.71 
 
 
759 aa  1500  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774343  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  48.37 
 
 
749 aa  741  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5196  lysine decarboxylase  51.12 
 
 
756 aa  783  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.586753  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  49.09 
 
 
751 aa  748  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1088  Lysine decarboxylase  73.95 
 
 
753 aa  1203  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2432  lysine decarboxylase  96.57 
 
 
759 aa  1498  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0158753  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2738  Lysine decarboxylase  72.06 
 
 
767 aa  1159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29580  Ornithine/lysine/arginine decarboxylase  49.48 
 
 
746 aa  704  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2964  lysine decarboxylase  69.94 
 
 
871 aa  1140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10226  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2106  ornithine decarboxylase  76.55 
 
 
747 aa  1226  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.543581  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  100 
 
 
759 aa  1571  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  44.71 
 
 
767 aa  643  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  76.97 
 
 
742 aa  1219  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  100 
 
 
759 aa  1571  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1590  Lysine decarboxylase  78.84 
 
 
747 aa  1241  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.334363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  100 
 
 
759 aa  1571  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  100 
 
 
759 aa  1571  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  100 
 
 
759 aa  1571  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  79.16 
 
 
756 aa  1268  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  41.38 
 
 
769 aa  609  1e-173  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0779  arginine decarboxylase  41.1 
 
 
779 aa  607  1e-172  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0975108  normal  0.0520497 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4345  lysine decarboxylase  41.49 
 
 
779 aa  606  1e-172  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.913675  hitchhiker  0.000705117 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4861  lysine decarboxylase  41.61 
 
 
779 aa  607  1e-172  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112463  hitchhiker  0.00183644 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6447  lysine decarboxylase  41.85 
 
 
771 aa  599  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.295731 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4010  response regulator receiver protein  41.41 
 
 
794 aa  601  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.622198  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4356  response regulator receiver protein  41.41 
 
 
794 aa  601  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3514  response regulator receiver protein  41.15 
 
 
766 aa  598  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0354739 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2074  response regulator receiver domain-containing protein  41.02 
 
 
766 aa  598  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0189662  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3701  lysine decarboxylase  42.03 
 
 
780 aa  590  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0757971  normal  0.27436 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4642  biodegradative arginine decarboxylase  37.58 
 
 
756 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4560  biodegradative arginine decarboxylase  37.58 
 
 
756 aa  548  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4551  biodegradative arginine decarboxylase  37.58 
 
 
756 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4691  biodegradative arginine decarboxylase  37.58 
 
 
756 aa  548  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4642  biodegradative arginine decarboxylase  37.58 
 
 
756 aa  548  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5631  biodegradative arginine decarboxylase  37.32 
 
 
756 aa  539  1e-152  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3875  Arginine decarboxylase  37.32 
 
 
756 aa  538  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03949  hypothetical protein  37.19 
 
 
756 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4583  biodegradative arginine decarboxylase  37.32 
 
 
756 aa  538  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4671  biodegradative arginine decarboxylase  37.32 
 
 
756 aa  538  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3910  arginine decarboxylase  37.32 
 
 
756 aa  538  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.143171  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03988  biodegradative arginine decarboxylase  37.19 
 
 
756 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4358  biodegradative arginine decarboxylase  37.32 
 
 
756 aa  538  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.959174  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4614  biodegradative arginine decarboxylase  37.24 
 
 
756 aa  538  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2860  lysine decarboxylase  37.47 
 
 
768 aa  529  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.041352  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2781  biodegradative arginine decarboxylase  37.47 
 
 
768 aa  528  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1325  biodegradative arginine decarboxylase  37.34 
 
 
768 aa  526  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483387  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0224  Ornithine decarboxylase  36.9 
 
 
779 aa  507  1e-142  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.514878 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2491  lysine decarboxylase  38.49 
 
 
712 aa  502  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00205  lysine decarboxylase  37.5 
 
 
724 aa  498  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03964  hypothetical protein  36.98 
 
 
715 aa  496  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850085  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04002  lysine decarboxylase 1  36.98 
 
 
715 aa  496  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.82832  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3896  lysine decarboxylase  36.98 
 
 
715 aa  496  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4372  lysine decarboxylase, constitutive  36.98 
 
 
715 aa  496  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.152714  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3860  Lysine decarboxylase  36.98 
 
 
715 aa  496  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2658  lysine decarboxylase, inducible  37.69 
 
 
733 aa  496  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4686  lysine decarboxylase homolog, constitutive  36.98 
 
 
715 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002189  lysine decarboxylase  37.19 
 
 
711 aa  496  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000318347  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5647  lysine decarboxylase, constitutive  36.98 
 
 
715 aa  496  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4600  lysine decarboxylase, constitutive  36.98 
 
 
715 aa  496  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.416329  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0256  lysine decarboxylase, constitutive  38.14 
 
 
713 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0272  lysine decarboxylase, constitutive  38.14 
 
 
713 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.549018  normal  0.511484 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0261  lysine decarboxylase, constitutive  37.59 
 
 
713 aa  492  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.658449  normal  0.265457 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0956  Ornithine decarboxylase  36.27 
 
 
781 aa  493  1e-138  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.790787 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0275  lysine decarboxylase, constitutive  37.73 
 
 
713 aa  493  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3417  Lysine decarboxylase  37.19 
 
 
713 aa  491  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>