More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0183 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0183  transcriptional regulator Fur family  100 
 
 		 138 aa  281  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3451  ferric uptake regulator family protein  87.5 
 
 		 140 aa  231  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4055  ferric uptake regulator, Fur family  86.82 
 
 		 139 aa  230  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4376  ferric uptake regulator, Fur family  86.05 
 
 		 139 aa  230  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.217188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3940  ferric uptake regulator family protein  70.99 
 
 		 136 aa  201  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.648829  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0738  ferric uptake regulator family protein  68.42 
 
 		 145 aa  194  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2174  ferric uptake regulator family protein  68.42 
 
 		 147 aa  193  8.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2086  ferric uptake regulator family protein  68.42 
 
 		 147 aa  193  8.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.941091  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1267  iron response regulator Irr  59.57 
 
 		 147 aa  179  8.000000000000001e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0493  ferric uptake regulator, Fur family  63.28 
 
 		 166 aa  177  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.147436 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2230  ferric uptake regulator family protein  63.28 
 
 		 164 aa  177  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0381  ferric uptake regulator, Fur family  63.28 
 
 		 164 aa  177  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2686  ferric uptake regulator family protein  60.16 
 
 		 171 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.176572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3637  ferric uptake regulator family protein  60.47 
 
 		 143 aa  168  3e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000386117 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3845  ferric uptake regulator family protein  65.81 
 
 		 208 aa  166  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0350  ferric uptake regulator family protein  60.16 
 
 		 164 aa  166  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0428  ferric uptake regulator, Fur family  59.54 
 
 		 149 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0071  ferric uptake regulator family protein  57.69 
 
 		 165 aa  162  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.259956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0614  ferric uptake regulator family protein  58.02 
 
 		 162 aa  160  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0043  ferric uptake regulator family protein  58.46 
 
 		 165 aa  160  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0035  ferric-uptake regulator  58.46 
 
 		 168 aa  160  6e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.232993 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0219  ferric-uptake regulator  57.25 
 
 		 162 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.690506  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0456  ferric uptake regulator, Fur family  62.5 
 
 		 166 aa  158  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.190057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0423  ferric-uptake regulator  62.5 
 
 		 166 aa  158  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.25434 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2583  ferric uptake regulator, Fur family  55.56 
 
 		 163 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0134426  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3788  ferric uptake regulator family protein  55.47 
 
 		 137 aa  150  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3651  ferric uptake regulator, Fur family  51.45 
 
 		 158 aa  150  5.9999999999999996e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.334174 
 
 
-
 
NC_004310  BR0364  FUR family transcriptional regulator  50 
 
 		 152 aa  142  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2346  ferric uptake regulator, Fur family  55.91 
 
 		 164 aa  141  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.766675 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0380  FUR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 195 aa  140  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1652  ferric uptake regulator family protein  50 
 
 		 174 aa  137  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0785232  normal  0.738354 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0183  ferric uptake regulator family protein  55.12 
 
 		 142 aa  137  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0310  ferric uptake regulator family protein  52.31 
 
 		 143 aa  137  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.583807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1011  ferric uptake regulator  50.74 
 
 		 138 aa  135  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3691  ferric uptake regulator, Fur family  53.12 
 
 		 158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0313697 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0977  ferric uptake regulator family protein  53.17 
 
 		 147 aa  130  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.053253  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3937  hypothetical protein  52.42 
 
 		 146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.303418  normal  0.704014 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1272  ferric uptake regulator, Fur family  50.4 
 
 		 158 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3916  ferric uptake regulator family protein  50.81 
 
 		 146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.766426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3179  ferric-uptake regulator  50.81 
 
 		 146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.773473  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0491  ferric uptake regulator family protein  50 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.781882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5877  FUR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 164 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.200275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2466  ferric uptake regulator, Fur family  40.16 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3233  ferric uptake regulator family protein  40.32 
 
 		 139 aa  99  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1955  transcriptional regulator, Fur family  45.67 
 
 		 131 aa  93.6  8e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1623  ferric uptake regulator, Fur family  45.67 
 
 		 141 aa  93.6  8e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.507578  hitchhiker  0.0000129248 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1714  ferric uptake regulator family protein  36.57 
 
 		 136 aa  85.9  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.382705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3521  ferric uptake regulator, Fur family  34.78 
 
 		 139 aa  84  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.145752  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1536  ferric uptake regulator, Fur family  35.54 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.514576  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2520  ferric uptake regulator, Fur family  30.15 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1597  ferric uptake regulator, Fur family  30.37 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.231223 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0844  ferric uptake regulator, Fur family  29.09 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000126283  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0062  ferric uptake regulator, Fur family  30.47 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2723  ferric uptake regulation protein  34.34 
 
 		 155 aa  62.4  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.259626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3531  ferric uptake regulator, Fur family  37.25 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2736  helix-turn-helix, AraC type  30.47 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000081899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0058  ferric uptake regulator family protein  34.62 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0235193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2727  ferric uptake regulator family protein  30.47 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.284846  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0767  ferric uptake regulator family protein  27.56 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.531572  normal  0.0222977 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1799  FUR family manganese uptake regulator  36.19 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1915  ferric uptake regulator family protein  30.25 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2468  ferric uptake regulator, Fur family  33.33 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0653957  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0020  ferric uptake regulator family protein  33.33 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0165645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1949  ferric-uptake regulator  30.25 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.869616  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2058  ferric uptake regulator, Fur family  34.38 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3967  ferric uptake regulator family protein  29.69 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.706026 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2668  ferric uptake regulator family protein  34.04 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.948328 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1405  ferric uptake regulator family protein  35.23 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0466  ferric uptake regulator family protein  32.41 
 
 		 151 aa  57  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.549538 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2859  ferric-uptake regulator  30.61 
 
 		 140 aa  57  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.141734 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1398  FUR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1879  ferric uptake regulator, Fur family  33.33 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00751157  normal  0.013308 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0592  FUR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.311415  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1915  ferric uptake regulator family protein  28 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.934218  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0282  ferric uptake regulation protein  34.38 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0454  ferric uptake regulator, Fur family  32.11 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2494  FUR family manganese uptake regulator  37.35 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.360985  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0223  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1161  ferric uptake regulator family protein  37.35 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.13561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0615  ferric uptake regulator, Fur family  35 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.12884  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0458  ferric uptake regulator, Fur family  34.38 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000485327 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1885  ferric uptake regulator family protein  30.71 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2338  ferric uptake regulator  31.18 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.807618  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2913  ferric uptake regulator family protein  36.26 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0237  Fur family ferric uptake regulator  30.83 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0265  ferric-uptake regulator family  30.17 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.460406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0984  ferric uptake regulator family protein  36.26 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.392033  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1593  ferric uptake regulator  32.22 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000083166  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0291  ferric uptake regulator family protein  30.17 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.420841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0459  ferric uptake regulator family protein  30.09 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00576361  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43000  Ferric-uptake regulator, fur  29.46 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1796  ferric uptake regulator  34.48 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0654147  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1672  FUR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0967  ferric uptake regulator, Fur family  33.33 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.924679  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0474  ferric uptake regulator family protein  33.72 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2050  ferric uptake regulator, Fur family  33.33 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3278  ferric uptake regulator, Fur family  34.26 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.351465 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1966  ferric uptake regulator family protein  35.11 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00359557  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4078  ferric uptake regulator, Fur family  33.33 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000739269  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0932  ferric uptake regulator family protein  37.35 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>