More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_0304 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010655  Amuc_0304  ribosomal protein L3  100 
 
 
211 aa  431  1e-120  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.234109  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  52.83 
 
 
214 aa  212  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  50.94 
 
 
212 aa  209  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3338  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
212 aa  209  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000254045  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
212 aa  206  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  206  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 
214 aa  205  4e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
217 aa  205  5e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  203  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0858  ribosomal protein L3  48.86 
 
 
216 aa  203  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.451508  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  202  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  50.94 
 
 
212 aa  202  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  49.29 
 
 
211 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
211 aa  201  8e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0337  50S ribosomal protein L3  47.89 
 
 
217 aa  201  9e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000773756  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 
211 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  200  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  47.42 
 
 
218 aa  200  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  50.24 
 
 
209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0484  50S ribosomal protein L3  49.07 
 
 
212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000199127  normal  0.0280354 
 
 
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  48.6 
 
 
215 aa  199  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1854  50S ribosomal protein L3  47.42 
 
 
217 aa  198  6e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000292484  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  197  7.999999999999999e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0719  ribosomal protein L3  50.47 
 
 
212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000525785  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 
211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  48.82 
 
 
212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
207 aa  196  3e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  48.6 
 
 
212 aa  195  3e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000109318  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
209 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
207 aa  196  3e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
209 aa  196  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  47.85 
 
 
222 aa  196  3e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  51.2 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
209 aa  194  6e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
211 aa  194  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
211 aa  194  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
211 aa  194  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  46.89 
 
 
216 aa  194  7e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
211 aa  194  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
211 aa  194  7e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0338  50S ribosomal protein L3  47.17 
 
 
224 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274222  decreased coverage  0.000311926 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  46.98 
 
 
214 aa  194  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 
210 aa  193  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0226  ribosomal protein L3  46.7 
 
 
216 aa  193  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  48.58 
 
 
212 aa  193  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0278  50S ribosomal protein L3  47.64 
 
 
224 aa  193  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000211938  decreased coverage  0.00000000129288 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  49.06 
 
 
212 aa  193  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726152  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 
214 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0273  50S ribosomal protein L3  47.64 
 
 
224 aa  193  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.0000000000366458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  48.58 
 
 
212 aa  192  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000715109  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  46.7 
 
 
212 aa  193  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  49.06 
 
 
212 aa  192  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206645  decreased coverage  0.0000470561 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2840  50S ribosomal protein L3  47.89 
 
 
219 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  48.34 
 
 
212 aa  192  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
210 aa  192  4e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3447  50S ribosomal protein L3  47.42 
 
 
217 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000108395  normal  0.0130308 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
226 aa  192  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  46.19 
 
 
211 aa  192  4e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0059  50S ribosomal protein L3  47.37 
 
 
208 aa  192  4e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000158228  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0391  50S ribosomal protein L3  48.11 
 
 
224 aa  191  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000698132  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0295  ribosomal protein L3  48.36 
 
 
212 aa  191  8e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000479422  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145749  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1264  50S ribosomal protein L3  46.19 
 
 
224 aa  191  8e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00436289  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000142393  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000330914  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  49.53 
 
 
212 aa  191  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000358076  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2372  ribosomal protein L3  46.23 
 
 
211 aa  191  9e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0489  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
206 aa  191  9e-48  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.525282  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3317  50S ribosomal protein L3  43.87 
 
 
214 aa  191  9e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000449005  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  47.14 
 
 
213 aa  191  9e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0327  50S ribosomal protein L3  46.95 
 
 
216 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000900525  normal  0.0194513 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
209 aa  190  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3019  50S ribosomal protein L3  45.28 
 
 
220 aa  190  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000216849  hitchhiker  0.0059333 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
209 aa  190  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3068  50S ribosomal protein L3  47.66 
 
 
219 aa  190  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000718216  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2759  50S ribosomal protein L3  46.95 
 
 
217 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000332087  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
209 aa  190  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0348  50S ribosomal protein L3  46.95 
 
 
217 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000116037  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0276  50S ribosomal protein L3  46.48 
 
 
216 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000762346  normal  0.121842 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2632  50S ribosomal protein L3  47.2 
 
 
219 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.000000000488611  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3478  50S ribosomal protein L3  47.2 
 
 
219 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.00000000879138  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3776  50S ribosomal protein L3  47.2 
 
 
219 aa  189  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000325408  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1924  50S ribosomal protein L3  47.2 
 
 
219 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000132844  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3169  50S ribosomal protein L3  47.2 
 
 
219 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000263976  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3297  50S ribosomal protein L3  44.34 
 
 
217 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000538385  hitchhiker  0.0000807722 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3746  50S ribosomal protein L3  47.2 
 
 
219 aa  189  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000021686  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0267  50S ribosomal protein L3  46.48 
 
 
217 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000416166  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2950  50S ribosomal protein L3  44.34 
 
 
217 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.000000276942  decreased coverage  0.000000134206 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  48.58 
 
 
214 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>