More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3234 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3234  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 437 aa  843    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3726  diaminopimelate decarboxylase  54.4 
 
 		 486 aa  423  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.575274  normal  0.503349 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2425  diaminopimelate decarboxylase  50.22 
 
 		 461 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.131973  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0317  diaminopimelate decarboxylase  49 
 
 		 461 aa  388  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.241285 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3940  diaminopimelate decarboxylase  49.3 
 
 		 461 aa  382  1e-105  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0878  diaminopimelate decarboxylase  49.1 
 
 		 465 aa  383  1e-105  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.109774  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4034  diaminopimelate decarboxylase  50.45 
 
 		 470 aa  380  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.84121  hitchhiker  0.00505776 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3652  diaminopimelate decarboxylase  50.23 
 
 		 470 aa  375  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1637  diaminopimelate decarboxylase  47.2 
 
 		 460 aa  374  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00899819  normal  0.731678 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4154  diaminopimelate decarboxylase  48.12 
 
 		 496 aa  369  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.753034  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19350  diaminopimelate decarboxylase  49.09 
 
 		 470 aa  365  1e-100  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.28871  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5579  diaminopimelate decarboxylase  50.82 
 
 		 451 aa  368  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09810  diaminopimelate decarboxylase  47.07 
 
 		 462 aa  365  1e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.735936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0629  diaminopimelate decarboxylase  49.06 
 
 		 500 aa  359  4e-98  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0587531  decreased coverage  0.000745702 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1792  diaminopimelate decarboxylase  45.21 
 
 		 459 aa  358  9.999999999999999e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3897  diaminopimelate decarboxylase  47.05 
 
 		 474 aa  355  8.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.468676  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3971  diaminopimelate decarboxylase  47.05 
 
 		 474 aa  355  8.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2466  diaminopimelate decarboxylase  46.3 
 
 		 463 aa  354  1e-96  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.093066  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3883  diaminopimelate decarboxylase  47.14 
 
 		 474 aa  354  1e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.29281  normal  0.98417 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1053  diaminopimelate decarboxylase  47.98 
 
 		 458 aa  352  1e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.861814  normal  0.885214 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4349  diaminopimelate decarboxylase  46.82 
 
 		 476 aa  351  2e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344454  normal  0.204157 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11320  diaminopimelate decarboxylase lysA (dap decarboxylase)  45.68 
 
 		 447 aa  350  3e-95  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2297  diaminopimelate decarboxylase  47.73 
 
 		 472 aa  349  5e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.808365 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29970  diaminopimelate decarboxylase  46.15 
 
 		 479 aa  349  6e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450757  normal  0.317185 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1198  diaminopimelate decarboxylase  46.99 
 
 		 465 aa  348  8e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1900  diaminopimelate decarboxylase  48.48 
 
 		 473 aa  347  2e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1743  diaminopimelate decarboxylase  47.48 
 
 		 466 aa  339  5e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.13647  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1229  diaminopimelate decarboxylase  44.32 
 
 		 453 aa  336  3.9999999999999995e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.972871  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2093  diaminopimelate decarboxylase  43.74 
 
 		 484 aa  333  5e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000338796  normal  0.0501266 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0279  diaminopimelate decarboxylase  43.68 
 
 		 451 aa  332  6e-90  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6754  diaminopimelate decarboxylase  47.07 
 
 		 423 aa  328  9e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00057855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  40.14 
 
 		 441 aa  328  1.0000000000000001e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1364  diaminopimelate decarboxylase  44.92 
 
 		 434 aa  327  3e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.844058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2357  diaminopimelate decarboxylase  41.85 
 
 		 490 aa  325  7e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000765789 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1914  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 438 aa  325  1e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  45.73 
 
 		 440 aa  325  1e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  40.05 
 
 		 445 aa  324  2e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1251  diaminopimelate decarboxylase  46.01 
 
 		 463 aa  322  9.999999999999999e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.254019  normal  0.196655 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0576  diaminopimelate decarboxylase  40.33 
 
 		 431 aa  322  9.999999999999999e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.757685  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1791  diaminopimelate decarboxylase  47.9 
 
 		 423 aa  320  3e-86  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0562  diaminopimelate decarboxylase  40.33 
 
 		 431 aa  320  3e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5547  diaminopimelate decarboxylase  44.29 
 
 		 468 aa  319  6e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.208469 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1280  diaminopimelate decarboxylase  47.89 
 
 		 455 aa  317  2e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.199446  normal  0.205657 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1141  diaminopimelate decarboxylase  41.05 
 
 		 438 aa  318  2e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1130  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 447 aa  316  6e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.153124  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  40.92 
 
 		 434 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2086  diaminopimelate decarboxylase  39.86 
 
 		 447 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000557843  normal  0.888186 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08010  diaminopimelate decarboxylase  43.23 
 
 		 490 aa  313  3.9999999999999997e-84  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.426726  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 437 aa  312  5.999999999999999e-84  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1342  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 438 aa  312  6.999999999999999e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.369143  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6157  diaminopimelate decarboxylase  46.74 
 
 		 474 aa  312  9e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  41.13 
 
 		 439 aa  312  1e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  41.15 
 
 		 434 aa  311  1e-83  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  41.38 
 
 		 434 aa  311  2e-83  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  42.05 
 
 		 448 aa  311  2e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  44.98 
 
 		 435 aa  311  2e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2624  diaminopimelate decarboxylase  40.68 
 
 		 500 aa  311  2e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.372196  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1461  diaminopimelate decarboxylase  38.18 
 
 		 421 aa  310  2.9999999999999997e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1490  diaminopimelate decarboxylase  38.18 
 
 		 421 aa  310  2.9999999999999997e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00291349  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0970  diaminopimelate decarboxylase  38.42 
 
 		 421 aa  308  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3415  diaminopimelate decarboxylase  45.35 
 
 		 444 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.656066  normal  0.0355245 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1814  diaminopimelate decarboxylase  46.5 
 
 		 426 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.040954  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0732  diaminopimelate decarboxylase  44.71 
 
 		 443 aa  306  5.0000000000000004e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1303  diaminopimelate decarboxylase  39.47 
 
 		 438 aa  306  6e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1579  diaminopimelate decarboxylase  39.71 
 
 		 438 aa  306  6e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.111116  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1329  diaminopimelate decarboxylase  39.47 
 
 		 438 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1438  diaminopimelate decarboxylase  39.47 
 
 		 438 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  39.01 
 
 		 433 aa  305  8.000000000000001e-82  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1510  diaminopimelate decarboxylase  39.47 
 
 		 438 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156168 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1302  diaminopimelate decarboxylase  39.47 
 
 		 438 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  42.22 
 
 		 445 aa  305  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1542  diaminopimelate decarboxylase  39.23 
 
 		 438 aa  302  7.000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3871  diaminopimelate decarboxylase  39.23 
 
 		 438 aa  302  7.000000000000001e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.063243 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1473  diaminopimelate decarboxylase  39 
 
 		 438 aa  301  2e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0382  diaminopimelate decarboxylase  41.71 
 
 		 439 aa  299  6e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01670  diaminopimelate decarboxylase  41.36 
 
 		 452 aa  297  3e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.209967  hitchhiker  0.000000000000581642 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07140  diaminopimelate decarboxylase  36.9 
 
 		 448 aa  296  4e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.993125  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  36.24 
 
 		 430 aa  289  7e-77  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2991  diaminopimelate decarboxylase  36.97 
 
 		 435 aa  288  1e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000347646  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  38.52 
 
 		 436 aa  283  4.0000000000000003e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0262  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 464 aa  283  4.0000000000000003e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0013  diaminopimelate decarboxylase  40.09 
 
 		 443 aa  278  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.204017  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0667  diaminopimelate decarboxylase  37.83 
 
 		 430 aa  275  1.0000000000000001e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00422384  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4702  diaminopimelate decarboxylase  37.93 
 
 		 458 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.399114 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0771  diaminopimelate decarboxylase  34.68 
 
 		 427 aa  274  3e-72  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.129495  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0123  diaminopimelate decarboxylase  37.25 
 
 		 474 aa  272  7e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.251884  normal  0.0757404 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0912  diaminopimelate decarboxylase  37.3 
 
 		 464 aa  272  7e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0126  diaminopimelate decarboxylase  37.25 
 
 		 474 aa  272  7e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 459 aa  272  1e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4736  diaminopimelate decarboxylase  36.83 
 
 		 463 aa  271  1e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.775184  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1101  diaminopimelate decarboxylase  34.09 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11971  diaminopimelate decarboxylase  34.02 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1391  diaminopimelate decarboxylase  40.32 
 
 		 459 aa  265  2e-69  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  39.22 
 
 		 455 aa  264  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0842  diaminopimelate decarboxylase  36.67 
 
 		 477 aa  264  3e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0309438 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1365  diaminopimelate decarboxylase  34.26 
 
 		 423 aa  263  4e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00386973  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11961  diaminopimelate decarboxylase  33.73 
 
 		 457 aa  263  6.999999999999999e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11811  diaminopimelate decarboxylase  32.57 
 
 		 457 aa  261  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14901  diaminopimelate decarboxylase  37.12 
 
 		 454 aa  257  2e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.813083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0658  diaminopimelate decarboxylase  36.26 
 
 		 454 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>