More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1584 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_1294  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 
91 aa  185  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  1.80262e-07  unclonable  2.0236e-11 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1584  DNA-binding protein HU family protein  100 
 
 
91 aa  185  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000100307  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 
91 aa  84  7e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  1.16647e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0875  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 
90 aa  83.6  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.757232  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  48.35 
 
 
91 aa  83.2  1e-15  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 
90 aa  82.8  2e-15  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 
90 aa  82.4  2e-15  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1275  histone family protein DNA-binding protein  46.15 
 
 
91 aa  81.6  3e-15  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.92942e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 
91 aa  80.1  1e-14  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0600  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 
90 aa  79.7  1e-14  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3008  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 
91 aa  79.7  1e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.341575 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2657  nucleoid protein Hbs  46.67 
 
 
91 aa  79.3  1e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000194133  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  43.33 
 
 
90 aa  79.7  1e-14  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 
90 aa  79.3  2e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0083  DNA-binding protein HU (DNA-binding protein II)  49.43 
 
 
90 aa  79.3  2e-14  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1967  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 
92 aa  78.6  3e-14  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00606172  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 
90 aa  78.2  3e-14  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2424  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 
91 aa  78.6  3e-14  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  3.94497e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0550  DNA-binding protein HU-beta  42.22 
 
 
92 aa  77.4  6e-14  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1105  DNA-binding protein HU  42.22 
 
 
91 aa  77.4  6e-14  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.965912  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 
93 aa  77  7e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  40.66 
 
 
91 aa  77  8e-14  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  2.4611e-05  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 
90 aa  77  8e-14  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0430  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 
90 aa  77  8e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719598  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 
90 aa  77  9e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  8.44989e-06  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 
91 aa  76.6  1e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  42.7 
 
 
91 aa  76.6  1e-13  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1118  HU family DNA-binding protein  42.22 
 
 
91 aa  76.3  1e-13  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  1.28568e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1250  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 
91 aa  76.3  1e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1918  histone family protein DNA-binding protein  42.86 
 
 
91 aa  75.5  2e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  8.97645e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2377  DNA-binding protein HU  46.07 
 
 
90 aa  75.9  2e-13  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1064  DNA-binding protein HU  41.11 
 
 
91 aa  75.5  2e-13  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.203306  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2477  DNA-binding protein HU  46.07 
 
 
90 aa  75.9  2e-13  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2407  DNA-binding protein HU  46.07 
 
 
90 aa  75.9  2e-13  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.020348  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2395  DNA-binding protein HU  46.07 
 
 
90 aa  75.9  2e-13  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  40.45 
 
 
92 aa  75.9  2e-13  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2213  DNA-binding protein HU  46.07 
 
 
90 aa  75.9  2e-13  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519209  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1701  HU-like DNA-binding protein alpha subunit  46.15 
 
 
91 aa  75.5  2e-13  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.512418  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2152  DNA-binding protein HU  46.07 
 
 
90 aa  75.9  2e-13  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0274093  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  40.45 
 
 
92 aa  75.9  2e-13  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  41.76 
 
 
92 aa  75.5  2e-13  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2136  DNA-binding protein HU  46.07 
 
 
90 aa  75.9  2e-13  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  40 
 
 
91 aa  75.1  3e-13  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43920  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 
90 aa  74.7  4e-13  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  40.45 
 
 
90 aa  74.7  4e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2184  histone family protein DNA-binding protein  46.07 
 
 
90 aa  74.7  4e-13  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.170143  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 
90 aa  74.3  5e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  42.7 
 
 
90 aa  74.3  5e-13  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  42.22 
 
 
91 aa  74.3  5e-13  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0507  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  74.3  5e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0267079  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3761  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  74.3  5e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.768478 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3325  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  74.3  5e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2203  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
91 aa  74.3  5e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0471577  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 
90 aa  74.3  5e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3817  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  74.3  5e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3943  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  74.3  5e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37618  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2342  DNA-binding protein HU  44.94 
 
 
90 aa  73.9  6e-13  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.868034  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2983  DNA-binding protein HU  44.94 
 
 
90 aa  73.9  6e-13  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0184  DNA-binding protein HU 1  43.82 
 
 
90 aa  73.9  6e-13  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3085  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 
91 aa  74.3  6e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000115471  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  41.11 
 
 
90 aa  73.9  7e-13  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2029  histone family protein DNA-binding protein  41.94 
 
 
95 aa  73.6  9e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  41.11 
 
 
90 aa  73.6  9e-13  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.46031e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0183  DNA-binding protein HU 1  42.7 
 
 
90 aa  73.2  1e-12  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  2.96943e-05  hitchhiker  2.26878e-36 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
91 aa  73.2  1e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0219  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 
96 aa  73.2  1e-12  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.132966  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1172  histone-like DNA-binding protein  40 
 
 
90 aa  73.6  1e-12  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.856335  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 
90 aa  73.2  1e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1763  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 
90 aa  73.2  1e-12  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.203917  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0121  DNA-binding protein HU  41.46 
 
 
88 aa  73.6  1e-12  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00022412 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 
91 aa  73.2  1e-12  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.17185e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 
90 aa  73.2  1e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  38.46 
 
 
94 aa  73.2  1e-12  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
91 aa  73.2  1e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  40.91 
 
 
94 aa  72.4  2e-12  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3494  histone family protein DNA-binding protein  41.57 
 
 
90 aa  72.4  2e-12  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  6.68206e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  44.44 
 
 
90 aa  72  2e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.65625e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 
90 aa  72.4  2e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  5.52537e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  41.76 
 
 
91 aa  72  2e-12  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  40.91 
 
 
94 aa  72.4  2e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0846  DNA-binding protein HU  40.66 
 
 
104 aa  72.4  2e-12  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  3.4735e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0115  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 
95 aa  72.4  2e-12  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552761  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  40.91 
 
 
94 aa  72.4  2e-12  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  37.78 
 
 
91 aa  72.4  2e-12  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2665  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 
91 aa  72  2e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00920373  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0139  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 
90 aa  72.4  2e-12  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0070  nucleoid protein Hbs  41.76 
 
 
92 aa  72.8  2e-12  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0240129  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 
90 aa  71.6  3e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  40.45 
 
 
90 aa  72  3e-12  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09623  probable DNA-binding protein HU  38.89 
 
 
90 aa  71.6  3e-12  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.355669  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0658  histone-like DNA-binding protein  40 
 
 
90 aa  72  3e-12  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3158  histone-like DNA-binding protein  38.89 
 
 
90 aa  71.6  3e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3858  DNA-binding protein HU  41.57 
 
 
90 aa  71.6  4e-12  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  5.87043e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  42.86 
 
 
94 aa  71.2  4e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.92025e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3778  DNA-binding protein HU  41.57 
 
 
90 aa  71.6  4e-12  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  7.04337e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3473  DNA-binding protein HU  41.57 
 
 
90 aa  71.6  4e-12  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.59147e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3574  DNA-binding protein HU  41.57 
 
 
90 aa  71.6  4e-12  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.04463e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3486  DNA-binding protein HU  41.57 
 
 
90 aa  71.6  4e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.48823e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  41.57 
 
 
90 aa  71.2  4e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  71.2  4e-12  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>