5309 genes were found for organism Pseudomonas putida W619



Page 1 of 54    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
PputW619_0001  CDS  NC_010501  386  1921  1536  chromosomal replication initiation protein  YP_001746876  normal  0.424003  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0002  CDS  NC_010501  1962  3065  1104  DNA polymerase III subunit beta  YP_001746877  normal  0.121469  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0003  CDS  NC_010501  3081  4184  1104  recombination protein F  YP_001746878  normal  0.510695  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0004  CDS  NC_010501  4189  6609  2421  DNA gyrase subunit B  YP_001746879  normal  0.727488  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0005  CDS  NC_010501  7447  8085  639  hypothetical protein  YP_001746880  normal  0.25819  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0006  CDS  NC_010501  8066  10024  1959  integrase catalytic region  YP_001746881  normal  0.418357  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0007  CDS  NC_010501  10021  10980  960  AAA ATPase  YP_001746882  normal  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0008  CDS  NC_010501  11056  12972  1917  hypothetical protein  YP_001746883  normal  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0009  CDS  NC_010501  13029  13388  360  hypothetical protein  YP_001746884  normal  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0010  CDS  NC_010501  13760  14092  333  hypothetical protein  YP_001746885  normal  0.430167  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0011  CDS  NC_010501  14190  14645  456  hypothetical protein  YP_001746886  normal  0.680921  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0012  CDS  NC_010501  14635  15414  780  hypothetical protein  YP_001746887  normal  0.276969  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0013  CDS  NC_010501  15424  16539  1116  copper resistance B precursor  YP_001746888  normal  0.188743  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0014  CDS  NC_010501  16529  16870  342  hypothetical protein  YP_001746889  normal  0.204027  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0015  CDS  NC_010501  16867  18825  1959  CopA family copper resistance protein  YP_001746890  normal  0.275431  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0016  CDS  NC_010501  19008  19214  207  hypothetical protein  YP_001746891  normal  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0017  CDS  NC_010501  19381  20058  678  two component heavy metal response transcriptional regulator  YP_001746892  normal  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0018  CDS  NC_010501  20058  21464  1407  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  YP_001746893  normal  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0019  CDS  NC_010501  21564  21848  285  hypothetical protein  YP_001746894  normal  0.417471  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0020  CDS  NC_010501  21935  23188  1254  outer membrane efflux protein  YP_001746895  normal  0.257437  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0021  CDS  NC_010501  23185  24651  1467  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001746896  normal  0.249144  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0022  CDS  NC_010501  24648  27806  3159  CzcA family heavy metal efflux protein  YP_001746897  normal  normal  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0023  CDS  NC_010501  27803  28150  348  hypothetical protein  YP_001746898  normal  normal  0.803739  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0024  CDS  NC_010501  28565  29224  660  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  YP_001746899  normal  normal  0.740206  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0025  CDS  NC_010501  29221  29496  276  hypothetical protein  YP_001746900  normal  normal  0.699949  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0026  CDS  NC_010501  29522  29977  456  hypothetical protein  YP_001746901  normal  normal  0.894547  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0027  CDS  NC_010501  30116  31138  1023  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  YP_001746902  normal  normal  0.802386  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0028  CDS  NC_010501  31404  31595  192  heavy metal transport/detoxification protein  YP_001746903  normal  normal  0.408622  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0029  CDS  NC_010501  31942  34329  2388  copper-translocating P-type ATPase  YP_001746904  normal  0.747408  normal  0.269109  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0030  CDS  NC_010501  34741  34947  207  putative transcriptional regulator  YP_001746905  normal  normal  0.514853  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0031  CDS  NC_010501  35679  36488  810  hypothetical protein  YP_001746906  normal  normal  0.770133  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0032  CDS  NC_010501  36672  36977  306  hypothetical protein  YP_001746907  normal  normal  0.472988  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0033  CDS  NC_010501  37235  38023  789  silent information regulator protein Sir2  YP_001746908  normal  normal  0.483046  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0034  CDS  NC_010501  38230  38886  657  hypothetical protein  YP_001746909  normal  normal  0.468022  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0035  CDS  NC_010501  39299  39607  309  hypothetical protein  YP_001746910  normal  normal  0.545781  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0036  CDS  NC_010501  39630  40172  543  hypothetical protein  YP_001746911  normal  normal  0.32465  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0037  CDS  NC_010501  40313  41848  1536  transposase IS66  YP_001746912  normal  normal  0.321823  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0038  CDS  NC_010501  41912  42247  336  IS66 Orf2 family protein  YP_001746913  normal  normal  0.244042  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0039  CDS  NC_010501  42244  42564  321  transposase IS3/IS911 family protein  YP_001746914  normal  normal  0.251766  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0040  CDS  NC_010501  42765  43496  732  hypothetical protein  YP_001746915  normal  normal  0.28336  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0041  CDS  NC_010501  44291  44419  129  hypothetical protein  YP_001746916  normal  normal  0.350182  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0042  CDS  NC_010501  44542  46239  1698  hypothetical protein  YP_001746917  normal  normal  0.281715  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0043  CDS  NC_010501  47123  48028  906  cation diffusion facilitator family transporter  YP_001746918  normal  0.381731  normal  0.307096  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0044  CDS  NC_010501  48186  48536  351  hypothetical protein  YP_001746919  normal  0.185478  normal  0.287254  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0045  CDS  NC_010501  48569  48895  327  hypothetical protein  YP_001746920  normal  0.0387192  normal  0.279288  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0046  CDS  NC_010501  49585  50259  675  two component heavy metal response transcriptional regulator  YP_001746921  normal  0.398344  normal  0.151204  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0047  CDS  NC_010501  50256  51674  1419  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  YP_001746922  normal  0.0750608  normal  0.18051  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0048  CDS  NC_010501  51732  52319  588  hypothetical protein  YP_001746923  normal  0.273824  normal  0.158617  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0049  CDS  NC_010501  52586  52807  222  hypothetical protein  YP_001746924  normal  0.592947  normal  0.13474  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0050  CDS  NC_010501  52890  54344  1455  glycosyl transferase family protein  YP_001746925  normal  normal  0.127538  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0051  CDS  NC_010501  54338  55321  984  ribonuclease III  YP_001746926  normal  normal  0.106494  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0052  CDS  NC_010501  55287  55706  420  GtrA family protein  YP_001746927  normal  normal  0.0615558  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0053  CDS  NC_010501  55964  56932  969  LysR family transcriptional regulator  YP_001746928  normal  normal  0.0674011  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0054  CDS  NC_010501  57143  58450  1308  phosphate-selective porin O and P  YP_001746929  normal  0.289636  normal  0.0466968  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0055  CDS  NC_010501  58470  58604  135  hypothetical protein  YP_001746930  normal  normal  0.0321567  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0056  CDS  NC_010501  58749  59774  1026  hypothetical protein  YP_001746931  normal  normal  0.0237469  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0057  CDS  NC_010501  59902  60126  225  hypothetical protein  YP_001746932  normal  normal  0.0191793  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0058  CDS  NC_010501  60219  62216  1998  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001746933  normal  normal  0.0364244  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0059  CDS  NC_010501  62419  62742  324  hypothetical protein  YP_001746934  normal  normal  0.0209485  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0060  CDS  NC_010501  62905  66066  3162  CzcA family heavy metal efflux protein  YP_001746935  normal  hitchhiker  0.00890967  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0061  CDS  NC_010501  66091  67341  1251  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001746936  normal  hitchhiker  0.00204779  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0062  CDS  NC_010501  67410  68681  1272  outer membrane efflux protein  YP_001746937  normal  hitchhiker  0.000405972  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0063  CDS  NC_010501  69085  70428  1344  outer membrane porin  YP_001746938  normal  hitchhiker  0.000166078  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0064  CDS  NC_010501  70917  71591  675  two component heavy metal response transcriptional regulator  YP_001746939  normal  hitchhiker  0.000118539  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0065  CDS  NC_010501  71709  72032  324  hypothetical protein  YP_001746940  normal  hitchhiker  0.000100889  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0066  CDS  NC_010501  72134  72661  528  hypothetical protein  YP_001746941  normal  hitchhiker  4.34153e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0067  CDS  NC_010501  72851  74317  1467  hypothetical protein  YP_001746942  normal  hitchhiker  2.4884e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0068  CDS  NC_010501  74330  74779  450  hypothetical protein  YP_001746943  normal  hitchhiker  1.54676e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0069  CDS  NC_010501  75471  75896  426  integral membrane protein-like protein  YP_001746944  normal  0.494759  hitchhiker  1.46869e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0070  CDS  NC_010501  76031  77335  1305  putative sigma54 specific transcriptional regulator  YP_001746945  normal  0.364137  hitchhiker  1.58676e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0071  CDS  NC_010501  77559  78443  885  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001746946  normal  0.62064  hitchhiker  1.0593e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0072  CDS  NC_010501  78483  79754  1272  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001746947  normal  0.245934  hitchhiker  1.48909e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0073  CDS  NC_010501  79751  80569  819  hypothetical protein  YP_001746948  normal  0.268722  hitchhiker  1.24112e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0074  CDS  NC_010501  80558  81445  888  LysR family transcriptional regulator  YP_001746949  normal  0.183793  hitchhiker  2.65009e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0075  CDS  NC_010501  81572  83218  1647  glucose-methanol-choline oxidoreductase  YP_001746950  normal  0.0217236  hitchhiker  1.66725e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0076  CDS  NC_010501  83316  84935  1620  general substrate transporter  YP_001746951  hitchhiker  0.00192863  decreased coverage  1.46156e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0077  CDS  NC_010501  85113  85883  771  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001746952  decreased coverage  1.91625e-07  decreased coverage  8.2307e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0078  CDS  NC_010501  85944  86471  528  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_001746953  hitchhiker  0.00148807  hitchhiker  7.75783e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0079  CDS  NC_010501  86475  88526  2052  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001746954  normal  0.248487  decreased coverage  2.35888e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0080  CDS  NC_010501  88523  89470  948  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001746955  normal  0.352778  decreased coverage  8.95825e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0081  CDS  NC_010501  89554  90105  552  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_001746956  normal  0.462301  hitchhiker  5.90719e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0082  CDS  NC_010501  90147  91034  888  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  YP_001746957  normal  hitchhiker  7.0481e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0083  CDS  NC_010501  91151  91459  309  TPR repeat-containing protein  YP_001746958  normal  0.50356  hitchhiker  1.63177e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0084  CDS  NC_010501  91471  92844  1374  potassium transporter peripheral membrane component  YP_001746959  normal  0.409393  hitchhiker  5.49949e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0085  CDS  NC_010501  92867  94177  1311  sun protein  YP_001746960  normal  0.273968  hitchhiker  1.36476e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0086  CDS  NC_010501  94174  95106  933  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_001746961  normal  0.2251  hitchhiker  9.86218e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0087  CDS  NC_010501  95166  95672  507  peptide deformylase  YP_001746962  normal  0.68939  hitchhiker  1.33405e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0088  CDS  NC_010501  95879  96976  1098  DNA protecting protein DprA  YP_001746963  normal  0.226637  hitchhiker  2.26151e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0089  CDS  NC_010501  97015  97572  558  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  YP_001746964  normal  0.314093  hitchhiker  5.10467e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0090  CDS  NC_010501  97956  98258  303  hypothetical protein  YP_001746965  normal  0.218001  hitchhiker  1.47409e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0091  CDS  NC_010501  98366  99343  978  alcohol dehydrogenase  YP_001746966  normal  0.547437  hitchhiker  2.21127e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0092  CDS  NC_010501  99478  100389  912  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001746967  normal  0.469648  hitchhiker  2.33392e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0093  CDS  NC_010501  100415  101239  825  shikimate 5-dehydrogenase  YP_001746968  normal  0.275997  hitchhiker  2.33392e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0094  CDS  NC_010501  101331  102896  1566  sulphate transporter  YP_001746969  normal  0.317812  hitchhiker  9.1476e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0095  CDS  NC_010501  103050  103973  924  choline ABC transporter, periplasmic binding protein  YP_001746970  normal  0.582516  hitchhiker  7.31437e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0096  CDS  NC_010501  103988  105505  1518  choline-sulfatase  YP_001746971  normal  0.574472  hitchhiker  9.26567e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0097  CDS  NC_010501  105615  106514  900  LysR family transcriptional regulator  YP_001746972  normal  0.603539  hitchhiker  7.31437e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0098  CDS  NC_010501  106608  107156  549  hypothetical protein  YP_001746973  normal  hitchhiker  6.60133e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0099  CDS  NC_010501  107210  107542  333  DOPA 45-dioxygenase  YP_001746974  normal  hitchhiker  5.61986e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
PputW619_0100  CDS  NC_010501  107591  108400  810  tryptophan synthase subunit alpha  YP_001746975  normal  0.882504  hitchhiker  0.000187613  Pseudomonas putida W619  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 54    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>