37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0083 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0083  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
102 aa  204  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.50356  hitchhiker  0.0000000163177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0080  tetratricopeptide domain-containing protein  98.02 
 
 
102 aa  201  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.163561  hitchhiker  0.00000000000757426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0080  TPR repeat-containing protein  96.08 
 
 
104 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0064  TPR domain-containing protein  96.08 
 
 
104 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000302311 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0015  TPR domain-containing protein  74.51 
 
 
104 aa  148  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0013  hypothetical protein  75.25 
 
 
104 aa  147  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00540742  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0051  TPR repeat-containing protein  73.74 
 
 
104 aa  146  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00160  TPR repeat-containing protein  70.59 
 
 
105 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46510  hypothetical protein  68.32 
 
 
107 aa  136  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0247352  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2284  TPR repeat-containing protein  60.61 
 
 
112 aa  121  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0435427  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0204  TPR repeat-containing protein  53.47 
 
 
110 aa  99  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0438861  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0023  TPR repeat-containing protein  52.53 
 
 
111 aa  97.4  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.727906  normal  0.110544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0354  TPR repeat-containing protein  51 
 
 
108 aa  92.8  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2621  TPR repeat-containing protein  46.53 
 
 
107 aa  86.3  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.606766 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4712  hypothetical protein  48.51 
 
 
108 aa  81.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.658591  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3205  tetratricopeptide TPR_2  36.36 
 
 
111 aa  71.2  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2265  TPR repeat-containing protein  44.55 
 
 
112 aa  69.7  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.073962 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3592  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 
109 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292213 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  35.9 
 
 
260 aa  50.1  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2406  tetratricopeptide TPR_2  32 
 
 
436 aa  47  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.38 
 
 
557 aa  46.6  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3565  hypothetical protein  28.57 
 
 
111 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.65733  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3633  hypothetical protein  28.57 
 
 
111 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3481  hypothetical protein  28.57 
 
 
111 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  30.77 
 
 
262 aa  43.9  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.18 
 
 
262 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 
262 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 
262 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43936  antiviral protein  39.62 
 
 
1413 aa  42.7  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.27 
 
 
261 aa  42  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0990  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  42.55 
 
 
410 aa  41.2  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113297  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1242  TPR repeat-containing protein  33 
 
 
103 aa  41.2  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  26.32 
 
 
3301 aa  40.8  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.49 
 
 
262 aa  40.4  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.49 
 
 
262 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.49 
 
 
262 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.49 
 
 
262 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>