More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0004 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03582  DNA gyrase subunit B  68.53 
 
 
804 aa  1147    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0004  DNA gyrase, B subunit  68.53 
 
 
804 aa  1147    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0462  DNA gyrase subunit B  46.88 
 
 
804 aa  716    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4119  DNA gyrase, B subunit  54.99 
 
 
874 aa  850    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0784571  normal  0.168166 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  55.94 
 
 
795 aa  835    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0013  DNA gyrase subunit B  97.52 
 
 
806 aa  1606    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.571026  unclonable  0.0000003087 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0004  DNA gyrase, B subunit  70.56 
 
 
805 aa  1167    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.279894  hitchhiker  0.0000731139 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0003  DNA gyrase subunit B  55.77 
 
 
877 aa  869    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3030  DNA gyrase, B subunit  65.33 
 
 
804 aa  1054    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0112  DNA gyrase, B subunit  51.1 
 
 
795 aa  797    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.153062  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3440  DNA gyrase subunit B  57.57 
 
 
842 aa  918    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.683175  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0004  DNA gyrase, B subunit  69.69 
 
 
805 aa  1152    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0004  DNA gyrase, B subunit  66.71 
 
 
814 aa  1112    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0003  DNA gyrase subunit B  50.55 
 
 
769 aa  747    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0125  DNA gyrase subunit B  54.61 
 
 
810 aa  832    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0011  DNA gyrase, B subunit  69.32 
 
 
805 aa  1149    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0004  DNA gyrase, subunit B  89.7 
 
 
805 aa  1492    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2235  DNA gyrase subunit B  58.33 
 
 
822 aa  932    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0003  DNA gyrase subunit B  56.17 
 
 
851 aa  889    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1224  DNA gyrase, B subunit  63.83 
 
 
807 aa  1035    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.060887  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0003  DNA gyrase subunit B  58.33 
 
 
822 aa  932    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0925325  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  68.11 
 
 
805 aa  1120    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  68.24 
 
 
805 aa  1120    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0004  DNA gyrase subunit B  89.83 
 
 
805 aa  1494    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0004  DNA gyrase subunit B  60.31 
 
 
871 aa  986    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0729554  hitchhiker  0.0000403413 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0003  DNA gyrase subunit B  55.16 
 
 
834 aa  872    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0123108  hitchhiker  0.00974324 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0003  DNA gyrase subunit B  56.32 
 
 
841 aa  893    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150441  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0417  DNA gyrase subunit B  50.67 
 
 
798 aa  801    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0006  DNA gyrase subunit B  54.9 
 
 
811 aa  828    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000311968 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0003  DNA gyrase subunit B  59.68 
 
 
823 aa  927    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0004  DNA gyrase subunit B  54.96 
 
 
813 aa  823    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0791906 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0299  DNA gyrase subunit B  58.33 
 
 
822 aa  932    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.281677  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0019  DNA gyrase, B subunit  64.45 
 
 
807 aa  1056    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0004  DNA gyrase subunit B  89.83 
 
 
805 aa  1495    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000624139  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1346  DNA gyrase subunit B  54.78 
 
 
811 aa  823    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.427072  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0004  DNA gyrase, B subunit  54.04 
 
 
795 aa  811    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.158205  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3184  DNA gyrase subunit B  57.04 
 
 
824 aa  921    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505435  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2850  DNA gyrase subunit B  58.33 
 
 
822 aa  932    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.60732  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4146  DNA gyrase subunit B  55.52 
 
 
868 aa  865    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.66151 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0005  DNA gyrase subunit B  70.97 
 
 
804 aa  1182    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.645478  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0004  DNA gyrase subunit B  56.03 
 
 
795 aa  840    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00743221  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0003  DNA gyrase subunit B  49.7 
 
 
797 aa  729    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.561355  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0012  DNA gyrase, B subunit  66.17 
 
 
813 aa  1083    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00964713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0101  DNA gyrase subunit B  58.33 
 
 
822 aa  932    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0003  DNA gyrase subunit B  48.2 
 
 
769 aa  716    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0003  DNA gyrase subunit B  58.9 
 
 
810 aa  937    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.835475  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0004  DNA gyrase subunit B  53.28 
 
 
802 aa  803    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0003  DNA gyrase subunit B  58.33 
 
 
822 aa  932    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3241  DNA gyrase subunit B  58.33 
 
 
822 aa  936    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0004  DNA gyrase subunit B  49.13 
 
 
795 aa  733    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0005  DNA gyrase subunit B  55.02 
 
 
813 aa  827    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.974369 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3310  DNA gyrase subunit B  54.61 
 
 
835 aa  832    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0029  DNA gyrase subunit B  50.55 
 
 
769 aa  746    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.147794  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0721  DNA gyrase, B subunit  52.1 
 
 
783 aa  776    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0620  DNA gyrase, B subunit  50.43 
 
 
798 aa  799    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0004  DNA gyrase subunit B  56.51 
 
 
805 aa  842    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0003  DNA gyrase, B subunit  54.88 
 
 
870 aa  863    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.41249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0004  DNA gyrase subunit B  72.19 
 
 
808 aa  1199    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00999238  normal  0.275353 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0005  DNA gyrase subunit B  54.57 
 
 
813 aa  811    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0003  DNA gyrase subunit B  61.27 
 
 
798 aa  962    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0221229  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0003  DNA gyrase subunit B  54.65 
 
 
874 aa  856    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0319468  normal  0.972723 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4460  DNA gyrase subunit B  57.7 
 
 
823 aa  928    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.318757  normal  0.407237 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0004  DNA gyrase, B subunit  70.06 
 
 
805 aa  1152    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.236407  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0004  DNA gyrase subunit B  54.79 
 
 
813 aa  823    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0004  DNA gyrase subunit B  70.92 
 
 
805 aa  1181    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0004  DNA gyrase subunit B  54.96 
 
 
813 aa  826    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0771659  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0006  DNA gyrase, B subunit  60.31 
 
 
871 aa  989    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.44586  hitchhiker  0.00403609 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0003  DNA gyrase subunit B  55.85 
 
 
841 aa  881    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0131  DNA gyrase, B subunit  62.17 
 
 
802 aa  1031    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.155863  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0008  DNA gyrase subunit B  47.6 
 
 
879 aa  707    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.938168  normal  0.282222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0007  DNA gyrase subunit B  55.86 
 
 
805 aa  856    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.197226  normal  0.376081 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2972  DNA gyrase, B subunit  53.76 
 
 
858 aa  821    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0506352 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2555  DNA gyrase subunit B  58.1 
 
 
824 aa  927    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  55.58 
 
 
644 aa  641    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0004  DNA gyrase, B subunit  69.07 
 
 
806 aa  1144    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3603  DNA gyrase subunit B  55.99 
 
 
815 aa  863    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0087  DNA gyrase subunit B  58.33 
 
 
822 aa  932    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1346  DNA gyrase subunit B  55.61 
 
 
809 aa  852    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0003  DNA gyrase, B subunit  55.48 
 
 
868 aa  865    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1708  DNA gyrase subunit B  66.38 
 
 
807 aa  1083    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0004  DNA gyrase subunit B  69.57 
 
 
805 aa  1149    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.850847  unclonable  0.0000000000498396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0004  DNA gyrase subunit B  69.69 
 
 
805 aa  1150    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.666874  normal  0.0301328 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0004  DNA gyrase subunit B  65.14 
 
 
805 aa  1061    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.477519 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0004  DNA gyrase, B subunit  69.81 
 
 
805 aa  1160    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0166192  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0003  DNA gyrase, B subunit  55.9 
 
 
832 aa  867    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0014  DNA gyrase subunit B  54.23 
 
 
800 aa  832    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0003  DNA gyrase subunit B  57.45 
 
 
824 aa  927    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00050  DNA gyrase subunit B  85.24 
 
 
806 aa  1420    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0005  DNA gyrase, B subunit  48.83 
 
 
798 aa  697    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0003  DNA gyrase subunit B  58.1 
 
 
824 aa  927    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  56.99 
 
 
628 aa  654    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2689  DNA gyrase, B subunit  50.68 
 
 
808 aa  764    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000692964  decreased coverage  0.000240377 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0006  DNA gyrase subunit B  59.85 
 
 
812 aa  947    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0012  DNA gyrase subunit B  69.32 
 
 
805 aa  1143    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257607 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0003  DNA gyrase subunit B  48.25 
 
 
773 aa  694    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.380476  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0004  DNA gyrase, B subunit  52.63 
 
 
802 aa  789    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0015  DNA gyrase subunit B  54.78 
 
 
811 aa  823    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0416  DNA gyrase subunit B  55.76 
 
 
812 aa  843    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0016  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  71.06 
 
 
805 aa  1165    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.976365  hitchhiker  0.00112252 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3717  DNA gyrase, B subunit  66.87 
 
 
809 aa  1116    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468303  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>